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万見
- PDB-5a8h: cryo-ET subtomogram averaging of BG505 SOSIP.664 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a8h
タイトルcryo-ET subtomogram averaging of BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4, 17b, and 8ANC195
要素
  • (FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY ...) x 4
  • HIV-1 GP120
  • T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX (ウイルス性) / VIRUS (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation ...helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Alpha-defensins / positive regulation of kinase activity / regulation of T cell activation / extracellular matrix structural constituent / T cell receptor complex / Other interleukin signaling / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Dectin-2 family / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / regulation of calcium ion transport / macrophage differentiation / Generation of second messenger molecules / T cell differentiation / PD-1 signaling / positive regulation of protein kinase activity / Binding and entry of HIV virion / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / T細胞 / positive regulation of interleukin-2 production / protein tyrosine kinase binding / host cell endosome membrane / Vpu mediated degradation of CD4 / calcium-mediated signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of T cell activation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Downstream TCR signaling / virus receptor activity / MHC class II protein complex binding / Clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 獲得免疫系 / defense response to Gram-negative bacterium / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of viral entry into host cell / エンドソーム / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / viral protein processing / 細胞接着 / 免疫応答 / 脂質ラフト / positive regulation of protein phosphorylation / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / 小胞体 / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / virion attachment to host cell / protein kinase binding / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Envelope glycoprotein Gp160 ...CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD4 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23 Å
データ登録者Scharf, L. / Wang, H. / Gao, H. / Chen, S. / McDowall, A. / Bjorkman, P.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Broadly Neutralizing Antibody 8ANC195 Recognizes Closed and Open States of HIV-1 Env.
著者: Louise Scharf / Haoqing Wang / Han Gao / Songye Chen / Alasdair W McDowall / Pamela J Bjorkman /
要旨: The HIV-1 envelope (Env) spike contains limited epitopes for broadly neutralizing antibodies (bNAbs); thus, most neutralizing antibodies are strain specific. The 8ANC195 epitope, defined by crystal ...The HIV-1 envelope (Env) spike contains limited epitopes for broadly neutralizing antibodies (bNAbs); thus, most neutralizing antibodies are strain specific. The 8ANC195 epitope, defined by crystal and electron microscopy (EM) structures of bNAb 8ANC195 complexed with monomeric gp120 and trimeric Env, respectively, spans the gp120 and gp41 Env subunits. To investigate 8ANC195's gp41 epitope at higher resolution, we solved a 3.58 Å crystal structure of 8ANC195 complexed with fully glycosylated Env trimer, revealing 8ANC195 insertion into a glycan shield gap to contact gp120 and gp41 glycans and protein residues. To determine whether 8ANC195 recognizes the CD4-bound open Env conformation that leads to co-receptor binding and fusion, one of several known conformations of virion-associated Env, we solved EM structures of an Env/CD4/CD4-induced antibody/8ANC195 complex. 8ANC195 binding partially closed the CD4-bound trimer, confirming structural plasticity of Env by revealing a previously unseen conformation. 8ANC195's ability to bind different Env conformations suggests advantages for potential therapeutic applications.
履歴
登録2015年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3096
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 GP120
B: T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4
C: FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 17B
D: FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 17B
E: FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 8ANC195 VARIANT G52K5
F: FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 8ANC195 VARIANT G52K5
G: HIV-1 GP120
H: T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4
I: FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 17B
J: FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 17B
K: FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 8ANC195 VARIANT G52K5
L: FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 8ANC195 VARIANT G52K5
M: HIV-1 GP120
N: T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4
O: FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 17B
P: FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 17B
Q: FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 8ANC195 VARIANT G52K5
R: FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 8ANC195 VARIANT G52K5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)468,13463
ポリマ－458,17918
非ポリマー9,95445
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 AGMBHN

#1: タンパク質 HIV-1 GP120


分子量: 34838.691 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: PTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK-6E / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P35961*PLUS
#2: タンパク質 T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 / T-CELL SURFACE ANTIGEN T4/LEU-3 / CD4


分子量: 20503.260 Da / 分子数: 3 / Fragment: SOLUBLE CD4 D1-D2 DOMAINS, RESIDUES26-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK-6E / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01730

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抗体 , 4種, 12分子 CIODJPEKQFLR

#3: 抗体 FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 17B


分子量: 23399.898 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK-6E / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#4: 抗体 FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 17B


分子量: 24457.387 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK-6E / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#5: 抗体 FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 8ANC195 VARIANT G52K5


分子量: 23401.984 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK-6E / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#6: 抗体 FAB OF BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 8ANC195 VARIANT G52K5


分子量: 26125.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK-6E / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)

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糖 , 1種, 45分子

#7: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 電子線トモグラフィー法

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試料調製

構成要素名称: SOLUBLE HIV-1 ENV TRIMER BG505 SOSIP.664 IN COMPLEX WITH SOLUBLE CD4S (D1-D2), BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 17B FABS, AND BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY 8ANC195 VARIANT G32K5 FABS
タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 20MM TRIS, 50MM NACL / pH: 8 / 詳細: 20MM TRIS, 50MM NACL
試料濃度: 0.06 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 95, TEMPERATURE- 70, INSTRUMENT- FEI

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2015年1月25日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 41000 X / Cs: 2.2 mm
試料ホルダ傾斜角・最大: 60 ° / 傾斜角・最小: -60 °
撮影電子線照射量: 120 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 25
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2EMAN2３次元再構成
3IMOD３次元再構成
4PEET３次元再構成
CTF補正詳細: EACH MICROGRAPH
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: SUBTOMOGRAM AVERAGING / 解像度: 23 Å / 粒子像の数: 1745 / ピクセルサイズ（実測値）: 2.6 Å
詳細: SUBTOMOGRAM AVERAGING SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3096. (DEPOSITION ID: 13596).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY
原子モデル構築PDB-ID: 1RZK

1rzk

精密化最高解像度: 23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31242 0 630 0 31872

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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