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万見
- PDB-5a33: Electron cryo-microscopy of Cowpea Mosaic Virus (CPMV) empty viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a33
タイトルElectron cryo-microscopy of Cowpea Mosaic Virus (CPMV) empty virus like particle (eVLP)
要素(RNA2 POLYPROTEIN) x 2
キーワードVIRUS (ウイルス) / CPMV / EVLP / COMOVIRIDAE / PICORNAVIRALES. (ピコルナウイルス目)
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / GTP binding / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Large coat protein / RNA2 polyprotein / Large coat protein / Small coat protein / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種COWPEA MOSAIC VIRUS (ササゲモザイクウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Hesketh, E.L. / Meshcheriakova, Y. / Dent, K.C. / Saxena, P. / Thompson, R. / Cockburn, J.J. / Lomonossoff, G.P. / Ranson, N.A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Mechanisms of assembly and genome packaging in an RNA virus revealed by high-resolution cryo-EM.
著者: Emma L Hesketh / Yulia Meshcheriakova / Kyle C Dent / Pooja Saxena / Rebecca F Thompson / Joseph J Cockburn / George P Lomonossoff / Neil A Ranson /
要旨: Cowpea mosaic virus is a plant-infecting member of the Picornavirales and is of major interest in the development of biotechnology applications. Despite the availability of >100 crystal structures of ...Cowpea mosaic virus is a plant-infecting member of the Picornavirales and is of major interest in the development of biotechnology applications. Despite the availability of >100 crystal structures of Picornavirales capsids, relatively little is known about the mechanisms of capsid assembly and genome encapsidation. Here we have determined cryo-electron microscopy reconstructions for the wild-type virus and an empty virus-like particle, to 3.4 Å and 3.0 Å resolution, respectively, and built de novo atomic models of their capsids. These new structures reveal the C-terminal region of the small coat protein subunit, which is essential for virus assembly and which was missing from previously determined crystal structures, as well as residues that bind to the viral genome. These observations allow us to develop a new model for genome encapsidation and capsid assembly.
履歴
登録2015年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references / Other
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3014
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3014
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA2 POLYPROTEIN
B: RNA2 POLYPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6572
ポリマ－64,6572
非ポリマー00
水0
1
A: RNA2 POLYPROTEIN
B: RNA2 POLYPROTEIN
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,879,440120
ポリマ－3,879,440120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: RNA2 POLYPROTEIN
B: RNA2 POLYPROTEIN
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 323 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,28710
ポリマ－323,28710
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: RNA2 POLYPROTEIN
B: RNA2 POLYPROTEIN
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 388 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)387,94412
ポリマ－387,94412
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (1), (1))

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要素

#1: タンパク質 RNA2 POLYPROTEIN / GENOME POLYPROTEIN M / P2 / COAT PROTEIN VP37 / COAT PROTEIN V P23 / COWPEA MOSAIC VIRUS


分子量: 23798.902 Da / 分子数: 1 / 断片: LARGE COAT PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES (EVLPS) PRODUCED BY EXPRESSING A COAT PRECURSOR PROTEIN VP60 WHICH EXPRESSED BOTH LARGE AND SMALL PROTEINS AND THE 24K PROTEASE IN N. BENTHAMIANA
由来: (組換発現) COWPEA MOSAIC VIRUS (ササゲモザイクウイルス)
発現宿主: NICOTIANA BENTHAMIANA (ベンサミアナタバコ)
参照: UniProt: P03599
#2: タンパク質 RNA2 POLYPROTEIN / GENOME POLYPROTEIN M / P2 / COAT PROTEIN VP37 / COAT PROTEIN V P23 / COWPEA MOSAIC VIRUS


分子量: 40858.434 Da / 分子数: 1 / 断片: SMALL COAT PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: EMPTY VIRUS LIKE PARTICLES (EVLPS) PRODUCED BY EXPRESSING A COAT PRECURSOR PROTEIN VP60 WHICH EXPRESSED BOTH LARGE AND SMALL PROTEINS AND THE 24K PROTEASE IN N. BENTHAMIANA
由来: (組換発現) COWPEA MOSAIC VIRUS (ササゲモザイクウイルス)
発現宿主: NICOTIANA BENTHAMIANA (ベンサミアナタバコ)
参照: UniProt: P03599

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: COWPEA MOSAIC VIRUS / タイプ: VIRUS
試料濃度: 4.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年11月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 134615 X / 倍率（補正後）: 134615 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1135

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 1.3 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: CTFFIND3 PER MICROGRAPH
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.04 Å / 粒子像の数: 4998 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.04 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.04 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3014. (DEPOSITION ID: 13384).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: R-factor / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--EM
精密化最高解像度: 3.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4403 0 0 0 4403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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