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- PDB-4v19: Structure of the large subunit of the mammalian mitoribosome, par... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v19
タイトルStructure of the large subunit of the mammalian mitoribosome, part 1 of 2
要素
  • (MITORIBOSOMAL ...Mitochondrial ribosome) x 30
  • TRNA転移RNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT / MITORIBOSOME / MAMMALIAN MITOCHONDRIAL RIBOSOME / CRYO-EM (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / organelle membrane / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / organelle membrane / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / ミトコンドリア / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein L25; Chain P / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L33 / Ribosomal Protein L9; domain 1 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 ...Ribosomal Protein L25; Chain P / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L33 / Ribosomal Protein L9; domain 1 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L4; Chain: A; / Ribosomal protein L4/L1 / Ribosomal Protein L13p; Chain: A; / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / Ribosomal Protein L22; Chain A / SH3 type barrels. - #30 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Other non-globular / Rubrerythrin, domain 2 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Special / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / SH3 type barrels. / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal protein L30p/L7e / Helix Hairpins / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L2 / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal protein L4/L1 family / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / : ...: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / : / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Mitochondrial ribosomal protein L2 / 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL11m / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein bL21m / : / Mitochondrial ribosomal protein L4 / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein bL35m / : / Large ribosomal subunit protein bL19m / : / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL34m
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Greber, B.J. / Boehringer, D. / Leibundgut, M. / Bieri, P. / Leitner, A. / Schmitz, N. / Aebersold, R. / Ban, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: The complete structure of the large subunit of the mammalian mitochondrial ribosome.
著者: Basil J Greber / Daniel Boehringer / Marc Leibundgut / Philipp Bieri / Alexander Leitner / Nikolaus Schmitz / Ruedi Aebersold / Nenad Ban /
要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are extensively modified ribosomes of bacterial descent specialized for the synthesis and insertion of membrane proteins that are critical for energy ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are extensively modified ribosomes of bacterial descent specialized for the synthesis and insertion of membrane proteins that are critical for energy conversion and ATP production inside mitochondria. Mammalian mitoribosomes, which comprise 39S and 28S subunits, have diverged markedly from the bacterial ribosomes from which they are derived, rendering them unique compared to bacterial, eukaryotic cytosolic and fungal mitochondrial ribosomes. We have previously determined at 4.9 Å resolution the architecture of the porcine (Sus scrofa) 39S subunit, which is highly homologous to the human mitoribosomal large subunit. Here we present the complete atomic structure of the porcine 39S large mitoribosomal subunit determined in the context of a stalled translating mitoribosome at 3.4 Å resolution by cryo-electron microscopy and chemical crosslinking/mass spectrometry. The structure reveals the locations and the detailed folds of 50 mitoribosomal proteins, shows the highly conserved mitoribosomal peptidyl transferase active site in complex with its substrate transfer RNAs, and defines the path of the nascent chain in mammalian mitoribosomes along their idiosyncratic exit tunnel. Furthermore, we present evidence that a mitochondrial tRNA has become an integral component of the central protuberance of the 39S subunit where it architecturally substitutes for the absence of the 5S ribosomal RNA, a ubiquitous component of all cytoplasmic ribosomes.
履歴
登録2014年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22014年11月19日Group: Database references
改定 2.02017年8月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / diffrn_radiation_wavelength ...atom_site / diffrn_radiation_wavelength / em_image_scans / em_software / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_formal_charge / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _entity.src_method / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1
改定 2.12019年10月2日Group: Data collection / Derived calculations / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / struct_conn
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 2.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -5-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2787
  • Jmolによる作画
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  • PDB-4v1a との合成表示
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2787
  • + PDB-4v1a
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL27M, MRPL27
1: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL28M, MRPL28
2: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL29M, MRPL47
3: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL30M, MRPL30
4: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL31M, MRPL55
5: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL32M, MRPL32
6: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL33M, MRPL33
7: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL34M, MRPL34
8: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL35M, MRPL35
9: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL36M, MRPL36
A: MITORIBOSOMAL 16S RRNA
B: MITORIBOSOMAL CP TRNA
C: TRNA
D: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL2M, MRPL2
E: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL3M, MRPL3
F: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL4M, MRPL4
I: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL9M, MRPL9
J: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL10M, MRPL10
K: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL11M, MRPL11
N: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL13M, MRPL13
O: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL14M, MRPL14
P: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL15M, MRPL15
Q: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL16M, MRPL16
R: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL17M, MRPL17
S: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL18M, MRPL18
T: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL19M, MRPL19
U: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL20M, MRPL20
V: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL21M, MRPL21
W: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL22M, MRPL22
X: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL23M, MRPL23
Y: MITORIBOSOMAL PROTEIN UL24M, MRPL24
Z: TRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,176,426203
ポリマ－1,172,18832
非ポリマー4,238171
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

-
要素

+
MITORIBOSOMAL ... , 30種, 30分子 0123456789ABDEFIJKNOPQRSTUVWXY

#1: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL27M, MRPL27


分子量: 15943.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1RT79
#2: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL28M, MRPL28


分子量: 30148.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1RGV8, UniProt: A0A0R4J8D5*PLUS
#3: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL29M, MRPL47


分子量: 30085.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1SGC7*PLUS
#4: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL30M, MRPL30


分子量: 18585.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1STE5
#5: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL31M, MRPL55


分子量: 15156.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: I3LQ65
#6: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL32M, MRPL32


分子量: 21537.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: I3LTC4
#7: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL33M, MRPL33


分子量: 7508.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓
#8: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL34M, MRPL34


分子量: 10871.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: W5IDC1
#9: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL35M, MRPL35


分子量: 21548.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1SVC5
#10: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL36M, MRPL36


分子量: 10841.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: I3LDE8
#11: RNA鎖 MITORIBOSOMAL 16S RRNA


分子量: 504538.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: GenBank: 4220565
#12: RNA鎖 MITORIBOSOMAL CP TRNA


分子量: 18446.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓
#14: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL2M, MRPL2


分子量: 33270.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1RRN2
#15: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL3M, MRPL3


分子量: 38427.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓
#16: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL4M, MRPL4


分子量: 33251.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1S3J8
#17: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL9M, MRPL9


分子量: 30373.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: I3LR45
#18: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL10M, MRPL10


分子量: 29449.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1RWJ0
#19: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL11M, MRPL11


分子量: 20809.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1RU54
#20: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL13M, MRPL13


分子量: 20633.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1S286
#21: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL14M, MRPL14


分子量: 15955.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1RQV7
#22: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL15M, MRPL15


分子量: 33481.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1RSH0
#23: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL16M, MRPL16


分子量: 28680.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1RI89
#24: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL17M, MRPL17


分子量: 19268.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1RMQ4
#25: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL18M, MRPL18


分子量: 20582.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1SB64, UniProt: A0A0R4J8D5*PLUS
#26: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL19M, MRPL19


分子量: 33441.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: I3LNJ0
#27: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL20M, MRPL20


分子量: 17554.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1RJD0
#28: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BL21M, MRPL21


分子量: 23154.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1RY70
#29: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL22M, MRPL22


分子量: 24313.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓
#30: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL23M, MRPL23


分子量: 17643.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓
#31: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN UL24M, MRPL24


分子量: 24893.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: F1RHJ1

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RNA鎖 , 1種, 2分子 CZ

#13: RNA鎖 TRNA / 転移RNA


分子量: 894.612 Da / 分子数: 2 / Fragment: CCA-3' END / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CHAIN C IS P-SITE TRNA AND CHAIN Z IS A-SITE TRNA / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER肝臓

-
非ポリマー , 3種, 375分子

#32: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#33: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#34: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細ZINC ION (ZN): ZN IONS COORDINATED BY ZINC FINGER PROTEINS PYRIMIDINE RIBOSIDE-5'-MONOPHOSPHATE ...ZINC ION (ZN): ZN IONS COORDINATED BY ZINC FINGER PROTEINS PYRIMIDINE RIBOSIDE-5'-MONOPHOSPHATE (Y5P): UNASSIGNED PYRIMIDINES IN CP-TRNA POLYNUCLEOTIDE PURINE RIBOSIDE-5'-MONOPHOSPHATE (P5P): UNASSIGNED PURINES IN CP-TRNA POLYNUCLEOTIDE CYS J64 FORMS A MIXED ZINC FINGER TOGETHER WITH RESIDUES CYS x70, CYS x73 AND CYS x108 OF SPLIT ENTRY 4V1A
配列の詳細A-SITE TRNA, UNIVERSALLY CONSERVED CCA-3' END P-SITE TRNA, UNIVERSALLY CONSERVED CCA-3' END ...A-SITE TRNA, UNIVERSALLY CONSERVED CCA-3' END P-SITE TRNA, UNIVERSALLY CONSERVED CCA-3' END UNASSIGNED PURINE-PYRIMIDINE POLYNUCLEOTIDE OF CP-TRNA. PURINES BUILT AS P5P, PYRIMIDINES BUILT AS Y5P. G NUCLEOTIDE INSERTION AT POSITION 127A RELATIVE TO MINIMAL REFERENCE SEQUENCE AJ002189.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN 2 XP_003132595.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN 6 XP_003125332.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN E AY609899.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN W AK392578.1 GENBANK REFERENCE FOR CHAIN X AK392218.1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SUS SCROFA 55S MITOCHONDRIAL RIBOSOME / タイプ: RIBOSOME
詳細: QUANTIFOIL HOLEY CARBON GRIDS WERE COATED WITH A THIN CARBON FILM
緩衝液名称: 20 MM HEPES-KOH, 50 MM KCL, 40 MM MGCL2, 1 MM DTT / pH: 7.4 / 詳細: 20 MM HEPES-KOH, 50 MM KCL, 40 MM MGCL2, 1 MM DTT
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 詳細: MIXTURE OF LIQUID ETHANE AND PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年5月30日
詳細: IMAGES WERE ACQUIRED IN 2 SESSIONS ON A FEI TITAN KRIOS IN MAY 2014
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 100000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ温度: 85 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFINDCTF補正
2Cootモデルフィッティング
3Oモデルフィッティング
4UCSF Chimeraモデルフィッティング
5EMAN1.9３次元再構成
6RELION３次元再構成
CTF補正詳細: PER DETECTOR FRAME
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: MAXIMUM LIKELIHOOD BASED REFINEMENT IMPLEMENTED IN RELION
解像度: 3.4 Å / 粒子像の数: 141675 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.4 Å
詳細: FOR VISUALIZATION PURPOSES THE FINAL MAP WAS FILTERED AND AMPLITUDE CORRECTED IN RELION SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2787. (DEPOSITION ID: 12830). THE COMBINED ...詳細: FOR VISUALIZATION PURPOSES THE FINAL MAP WAS FILTERED AND AMPLITUDE CORRECTED IN RELION SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2787. (DEPOSITION ID: 12830). THE COMBINED COORDINATES (SPLIT ENTRIES 4V19 AND 4V1A) WERE REFINED IN RECIPROCAL SPACE USING PHENIX.REFINE AGAINST THE MLHL TARGET. FOR THIS, THE CRYO-EM MAPS (EMD-2787) WERE CONVERTED TO RECIPROCAL SPACE STRUCTURE FACTORS.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化最高解像度: 3.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35452 33582 171 204 69409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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