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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4crm | ||||||
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タイトル | Cryo-EM of a pre-recycling complex with eRF1 and ABCE1 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() Eukaryotic Translation Termination / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity / translation release factor activity, codon specific / ribosome disassembly / sequence-specific mRNA binding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Preis, A. / Heuer, A. / Barrio-Garcia, C. / Hauser, A. / Eyler, D. / Berninghausen, O. / Green, R. / Becker, T. / Beckmann, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryoelectron microscopic structures of eukaryotic translation termination complexes containing eRF1-eRF3 or eRF1-ABCE1. 著者: Anne Preis / Andre Heuer / Clara Barrio-Garcia / Andreas Hauser / Daniel E Eyler / Otto Berninghausen / Rachel Green / Thomas Becker / Roland Beckmann / ![]() ![]() 要旨: Termination and ribosome recycling are essential processes in translation. In eukaryotes, a stop codon in the ribosomal A site is decoded by a ternary complex consisting of release factors eRF1 and ...Termination and ribosome recycling are essential processes in translation. In eukaryotes, a stop codon in the ribosomal A site is decoded by a ternary complex consisting of release factors eRF1 and guanosine triphosphate (GTP)-bound eRF3. After GTP hydrolysis, eRF3 dissociates, and ABCE1 can bind to eRF1-loaded ribosomes to stimulate peptide release and ribosomal subunit dissociation. Here, we present cryoelectron microscopic (cryo-EM) structures of a pretermination complex containing eRF1-eRF3 and a termination/prerecycling complex containing eRF1-ABCE1. eRF1 undergoes drastic conformational changes: its central domain harboring the catalytically important GGQ loop is either packed against eRF3 or swung toward the peptidyl transferase center when bound to ABCE1. Additionally, in complex with eRF3, the N-terminal domain of eRF1 positions the conserved NIKS motif proximal to the stop codon, supporting its suggested role in decoding, yet it appears to be delocalized in the presence of ABCE1. These results suggest that stop codon decoding and peptide release can be uncoupled during termination. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 171.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 128.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 PX
#1: タンパク質 | 分子量: 68433.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() プラスミド: PYES2 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 31355.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 6分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-ATP / ![]() | ||||||
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#4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-ADP / | ![]() #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-詳細
配列の詳細 | THE FIRST 139 AMINO ACIDS ARE MISSING. THE C-TERMINAL AMINO ACIDS 422-440 ARE MISSING |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: CMV-STALLED WHEAT GERM 80S-RNC BOUND TO ERF1 AND ABCE1-ADPNP タイプ: RIBOSOME |
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緩衝液 | 名称: 20 MM HEPES PH 7.5, 200 MM KCL, 1.5 MGCL2, 2 MM DTT, 0.01 MG/ML CYCLOHEXIMIDE, 0.05 % NIKKOL, 0.03 % DBC, 0.5 MM ADPNP). pH: 7.5 詳細: 20 MM HEPES PH 7.5, 200 MM KCL, 1.5 MGCL2, 2 MM DTT, 0.01 MG/ML CYCLOHEXIMIDE, 0.05 % NIKKOL, 0.03 % DBC, 0.5 MM ADPNP). |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | 詳細: CARBON |
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI MORGAGNI / 日付: 2013年2月20日 |
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電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | 詳細: ON VOLUMES (SPIDER) | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 8.75 Å / 粒子像の数: 39309 / ピクセルサイズ(実測値): 1.0605 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2598. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1DT9 Accession code: 1DT9 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 8.75 Å | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 8.75 Å
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