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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4aq9 | ||||||
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タイトル | Gating movement in acetylcholine receptor analysed by time- resolved electron cryo-microscopy (open class) | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / FREEZE-TRAPPING / ASYMMETRIC GATING / ALLOSTERIC MECHANISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine-gated channel complex / acetylcholine receptor signaling pathway / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / neuron projection 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | TORPEDO MARMORATA (エイ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | ||||||
データ登録者 | Unwin, N. / Fujiyoshi, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2012 タイトル: Gating movement of acetylcholine receptor caught by plunge-freezing. 著者: Nigel Unwin / Yoshinori Fujiyoshi / 要旨: The nicotinic acetylcholine (ACh) receptor converts transiently to an open-channel form when activated by ACh released into the synaptic cleft. We describe here the conformational change underlying ...The nicotinic acetylcholine (ACh) receptor converts transiently to an open-channel form when activated by ACh released into the synaptic cleft. We describe here the conformational change underlying this event, determined by electron microscopy of ACh-sprayed and freeze-trapped postsynaptic membranes. ACh binding to the α subunits triggers a concerted rearrangement in the ligand-binding domain, involving an ~1-Å outward displacement of the extracellular portion of the β subunit where it interacts with the juxtaposed ends of α-helices shaping the narrow membrane-spanning pore. The β-subunit helices tilt outward to accommodate this displacement, destabilising the arrangement of pore-lining helices, which in the closed channel bend inward symmetrically to form a central hydrophobic gate. Straightening and tangential motion of the pore-lining helices effect channel opening by widening the pore asymmetrically and increasing its polarity in the region of the gate. The pore-lining helices of the α(γ) and δ subunits, by flexing between alternative bent and straight conformations, undergo the greatest movements. This coupled allosteric transition shifts the structure from a tense (closed) state toward a more relaxed (open) state. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4aq9.cif.gz | 365.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4aq9.ent.gz | 270.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4aq9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/4aq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/4aq9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52845.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: STATION BIOLOGIQUE DE ROSCOFF / 由来: (天然) TORPEDO MARMORATA (エイ) / Cell: ELECTROCYTE / 細胞株: ELECTROCYTE CELLS / 器官: PLASMA MEMBRANE細胞膜 / 組織: ELECTRIC ORGAN / 参照: UniProt: P02711 #2: タンパク質 | | 分子量: 56123.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: STATION BIOLOGIQUE DE ROSCOFF / 由来: (天然) TORPEDO MARMORATA (エイ) / Cell: ELECTROCYTE / 細胞株: ELECTROCYTE CELLS / 器官: PLASMA MEMBRANE細胞膜 / 組織: ELECTRIC ORGAN / 参照: UniProt: Q6S3I0 #3: タンパク質 | | 分子量: 60017.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: STATION BIOLOGIQUE DE ROSCOFF / 由来: (天然) TORPEDO MARMORATA (エイ) / Cell: ELECTROCYTE / 細胞株: ELECTROCYTE CELLS / 器官: PLASMA MEMBRANE細胞膜 / 組織: ELECTRIC ORGAN / 参照: UniProt: Q6S3H8 #4: タンパク質 | | 分子量: 56234.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: STATION BIOLOGIQUE DE ROSCOFF / 由来: (天然) TORPEDO MARMORATA (エイ) / Cell: ELECTROCYTE / 細胞株: ELECTROCYTE CELLS / 器官: PLASMA MEMBRANE細胞膜 / 組織: ELECTRIC ORGAN / 参照: UniProt: Q6S3H9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR IN NATIVE POSTSYNAPTIC MEMBRANE FROM TORPEDO MARMORATA タイプ: COMPLEX 詳細: PRELIMINARY SELECTION BY OPTICAL DIFFRACTION THEN EVALUATION OF FOURIER TRANSFORMS |
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緩衝液 | 名称: 100MM SODIUM CACODYLATE, 1MM CALCIUM CHLORIDE / pH: 7 / 詳細: 100MM SODIUM CACODYLATE, 1MM CALCIUM CHLORIDE |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 85 TEMPERATURE- 120 INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER METHOD- BLOT UNTIL APPLIED DROPLET LOSES CONTACT WITH FILTER PAPER (INDICATED BY LOSS OF ...詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 85 TEMPERATURE- 120 INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER METHOD- BLOT UNTIL APPLIED DROPLET LOSES CONTACT WITH FILTER PAPER (INDICATED BY LOSS OF TRANSPARENCY TYPICALLY 6S) TIMERESOLVEDSTATE- VITRIFIED WITHIN 10MS OF EXPOSURE TO ACETYLCHOLINE (APPLIED AS THE GRID IS BEING PLUNGED USING A FINE FOCUSSED SPRAY POSITIONED ABOUT 1CM ABOVE THE ETHANE SURFACE) DETAILS- VITRIFICATION CARRIED OUT AT AN AMBIENT TEMPERATURE OF 8 DEGREES |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3000SFF / 日付: 2005年11月1日 詳細: STANDARD LOW DOSE IMAGING OF SPECIMENS OVER HOLES IN THE CARBON SUPPORT FILM |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 40000 X / 倍率(補正後): 38500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 1.6 mm |
試料ホルダ | 温度: 4 K |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 123 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: EACH TUBE IMAGE | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: STANDARD FOURIER-BESSEL SYNTHESIS / 解像度: 6.2 Å / ピクセルサイズ(公称値): 1 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1 Å / 倍率補正: CALIBRATION GRID IN MICROSCOPE 詳細: FOURIER-BESSEL SYNTHESIS AFTER APPLYING DISTORTION CORRECTIONS TO THE IMAGES SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2072. 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: METHOD--MAXIMISATION OF CORRELATION BETWEEN EXPERIMENTAL DENSITIES AND ATOMIC MODEL, USING A DEFORMABLE ELASTIC NETWORK ALGORITHM (DIREX) REFINEMENT PROTOCOL--LOW RESOLUTION X-RAY | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2BG9 | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 6.2 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 6.2 Å
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