[日本語] English
万見
- PDB-3jcp: Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jcp
タイトルStructure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset
要素
  • (26S protease regulatory subunit ...) x 5
  • (26S proteasome regulatory subunit ...) x 11
  • (Proteasome subunit alpha type- ...プロテアソーム) x 6
  • (Proteasome subunit beta type- ...プロテアソーム) x 7
  • 26S protease subunit RPT4Proteasome endopeptidase complex
  • 26S proteasome complex subunit SEM1プロテアソーム
  • Probable proteasome subunit alpha type-7
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / protein complex (タンパク質複合体)
機能・相同性
機能・相同性情報


SAGA complex localization to transcription regulatory region / peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / transcription export complex 2 / proteasome regulatory particle assembly / protein deneddylation / nonfunctional rRNA decay / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / COP9 signalosome ...SAGA complex localization to transcription regulatory region / peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / transcription export complex 2 / proteasome regulatory particle assembly / protein deneddylation / nonfunctional rRNA decay / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / COP9 signalosome / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome-activating activity / protein-containing complex localization / mitochondrial fission / proteasome regulatory particle, base subcomplex / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / peptide catabolic process / proteasome binding / regulation of protein catabolic process / protein deubiquitination / proteasome storage granule / : / endopeptidase activator activity / Ub-specific processing proteases / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / mRNA export from nucleus / enzyme regulator activity / protein folding chaperone / Neutrophil degranulation / proteasome complex / ubiquitin binding / proteasomal protein catabolic process / nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of protein catabolic process / metallopeptidase activity / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle / クロマチンリモデリング / protein domain specific binding / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / 小胞体 / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Rpn9, C-terminal helix / Rpn9 C-terminal helix / Proteasomal ubiquitin receptor Rpn13/ADRM1 / Proteasomal ubiquitin receptor Rpn13/ADRM1, Pru domain superfamily / Rpn13/ADRM1, Pru domain / Proteasome complex subunit Rpn13, Pru domain / Pru (pleckstrin-like receptor for ubiquitin) domain profile. / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN7/PSMD6 C-terminal helix / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 ...Rpn9, C-terminal helix / Rpn9 C-terminal helix / Proteasomal ubiquitin receptor Rpn13/ADRM1 / Proteasomal ubiquitin receptor Rpn13/ADRM1, Pru domain superfamily / Rpn13/ADRM1, Pru domain / Proteasome complex subunit Rpn13, Pru domain / Pru (pleckstrin-like receptor for ubiquitin) domain profile. / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN7/PSMD6 C-terminal helix / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / DSS1/SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain / : / DSS1/SEM1 family / 26S proteasome regulatory subunit RPN5 C-terminal domain / 26S proteasome subunit RPN2, N-terminal domain / DSS1_SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn6, N-terminal / 6S proteasome subunit Rpn6, C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory subunit RPN6 N-terminal domain / 26S proteasome subunit RPN6 C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn2/Psmd1 subunit / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / 26S proteasome regulatory subunit RPN2, C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit RPN2 C-terminal domain / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 7/8 / : / 26S proteasome regulatory subunit 7, OB domain / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn1 subunit / RPN1, N-terminal / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1, C-terminal / RPN1 N-terminal domain / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1 C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / Proteasome/cyclosome repeat / Proteasome/cyclosome repeat / PCI/PINT associated module / von Willebrand factor type A domain / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / HEAT repeats / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / VWFA domain profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / von Willebrand factor, type A / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / TPR repeat region circular profile. / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / TPR repeat profile. / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome regulatory subunit RPN13 / 26S proteasome complex subunit SEM1 / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 ...26S proteasome regulatory subunit RPN13 / 26S proteasome complex subunit SEM1 / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / 26S proteasome regulatory subunit RPN12 / 26S proteasome regulatory subunit RPN2 / 26S proteasome regulatory subunit 6A / 26S proteasome regulatory subunit 6B homolog / 26S proteasome regulatory subunit 7 homolog / Proteasome subunit beta type-1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN10 / 26S proteasome regulatory subunit RPN3 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4 / 26S proteasome regulatory subunit 4 homolog / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 / 26S proteasome subunit RPT4 / 26S proteasome regulatory subunit 8 homolog / 26S proteasome regulatory subunit RPN9 / 26S proteasome regulatory subunit RPN7 / 26S proteasome regulatory subunit RPN8 / 26S proteasome regulatory subunit RPN5 / 26S proteasome regulatory subunit RPN6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Luan, B. / Huang, X.L. / Wu, J.P. / Shi, Y.G. / Wang, F.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Structure of an endogenous yeast 26S proteasome reveals two major conformational states.
著者: Bai Luan / Xiuliang Huang / Jianping Wu / Ziqing Mei / Yiwei Wang / Xiaobin Xue / Chuangye Yan / Jiawei Wang / Daniel J Finley / Yigong Shi / Feng Wang /
要旨: The eukaryotic proteasome mediates degradation of polyubiquitinated proteins. Here we report the single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the endogenous 26S proteasome from ...The eukaryotic proteasome mediates degradation of polyubiquitinated proteins. Here we report the single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the endogenous 26S proteasome from Saccharomyces cerevisiae at 4.6- to 6.3-Å resolution. The fine features of the cryo-EM maps allow modeling of 18 subunits in the regulatory particle and 28 in the core particle. The proteasome exhibits two distinct conformational states, designated M1 and M2, which correspond to those reported previously for the proteasome purified in the presence of ATP-γS and ATP, respectively. These conformations also correspond to those of the proteasome in the presence and absence of exogenous substrate. Structure-guided biochemical analysis reveals enhanced deubiquitylating enzyme activity of Rpn11 upon assembly of the lid. Our structures serve as a molecular basis for mechanistic understanding of proteasome function.
履歴
登録2016年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Other
改定 1.22019年12月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6575
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6575
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: Proteasome subunit beta type-6
2: Proteasome subunit beta type-7
3: Proteasome subunit beta type-1
4: Proteasome subunit beta type-2
5: Proteasome subunit beta type-3
6: Proteasome subunit beta type-4
7: Proteasome subunit beta type-5
8: Proteasome subunit beta type-6
9: Proteasome subunit beta type-7
A: Proteasome subunit alpha type-1
B: Proteasome subunit alpha type-2
C: Proteasome subunit alpha type-3
D: Proteasome subunit alpha type-4
E: Proteasome subunit alpha type-5
F: Proteasome subunit alpha type-6
G: Probable proteasome subunit alpha type-7
H: 26S protease regulatory subunit 7 homolog
I: 26S protease regulatory subunit 4 homolog
J: 26S protease regulatory subunit 8 homolog
K: 26S protease regulatory subunit 6B homolog
L: 26S protease subunit RPT4
M: 26S protease regulatory subunit 6A
N: 26S proteasome regulatory subunit RPN2
O: 26S proteasome regulatory subunit RPN9
P: 26S proteasome regulatory subunit RPN5
Q: 26S proteasome regulatory subunit RPN6
R: 26S proteasome regulatory subunit RPN7
S: 26S proteasome regulatory subunit RPN3
T: 26S proteasome regulatory subunit RPN12
U: 26S proteasome regulatory subunit RPN8
V: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11
W: 26S proteasome regulatory subunit RPN10
X: 26S proteasome regulatory subunit RPN13
Y: 26S proteasome complex subunit SEM1
Z: 26S proteasome regulatory subunit RPN1
a: Proteasome subunit alpha type-1
b: Proteasome subunit alpha type-2
c: Proteasome subunit alpha type-3
d: Proteasome subunit alpha type-4
e: Proteasome subunit alpha type-5
f: Proteasome subunit alpha type-6
g: Probable proteasome subunit alpha type-7
h: Proteasome subunit beta type-1
i: Proteasome subunit beta type-2
j: Proteasome subunit beta type-3
k: Proteasome subunit beta type-4
l: Proteasome subunit beta type-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,692,66047
ポリマ－1,692,66047
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 18293h4i5j6k7l

#1: タンパク質 Proteasome subunit beta type-6 / プロテアソーム / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5 / Proteasome component C5


分子量: 26905.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome subunit beta type-7 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component PRE4 / Proteinase YSCE subunit PRE4


分子量: 29471.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1 / PSMB1 / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 23573.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 Proteasome subunit beta type-2 / PSMB2 / Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteasome component ...Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteasome component PUP1 / Proteinase YSCE subunit PUP1


分子量: 28299.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 Proteasome subunit beta type-3 / PSMB3 / Macropain subunit PUP3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP3 / Proteasome component PUP3


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 Proteasome subunit beta type-4 / PSMB4 / Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteasome component C11 ...Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteasome component C11 / Proteinase YSCE subunit 11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 Proteasome subunit beta type-5 / PSMB5 / Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteasome component PRE2 / Proteinase YSCE subunit PRE2


分子量: 31670.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex

-
Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 AaBbCcDdEeFf

#8: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1 / プロテアソーム / Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7- ...Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7-alpha / Proteasome component Y8 / Proteinase YSCE subunit 7 / SCL1 suppressor protein


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-2 / プロテアソーム / Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteasome component Y7 / ...Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteasome component Y7 / Proteinase YSCE subunit 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3 / プロテアソーム / Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteasome component Y13 ...Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteasome component Y13 / Proteinase YSCE subunit 13


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-4 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteasome component PRE6 / Proteinase YSCE subunit PRE6


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-5 / プロテアソーム / Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteasome component ...Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteasome component PUP2 / Proteinase YSCE subunit PUP2


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-6 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteasome component PRE5 / Proteinase YSCE subunit PRE5


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex

-
タンパク質 , 4種, 5分子 GgLVY

#14: タンパク質 Probable proteasome subunit alpha type-7 / Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteasome component C1 / ...Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteasome component C1 / Proteinase YSCE subunit 1


分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex
#19: タンパク質 26S protease subunit RPT4 / Proteasome endopeptidase complex / 26S protease subunit SUG2 / Proteasomal cap subunit


分子量: 49480.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53549
#29: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 / 26S proteasome regulatory subunit RPN11 / Protein MPR1


分子量: 34442.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43588, ubiquitinyl hydrolase 1
#32: タンパク質 26S proteasome complex subunit SEM1 / プロテアソーム


分子量: 10397.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O94742

-
26S protease regulatory subunit ... , 5種, 5分子 HIJKM

#15: タンパク質 26S protease regulatory subunit 7 homolog / Protein CIM5 / Tat-binding homolog 3


分子量: 52054.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33299
#16: タンパク質 26S protease regulatory subunit 4 homolog / Tat-binding homolog 5


分子量: 48898.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40327
#17: タンパク質 26S protease regulatory subunit 8 homolog / Protein CIM3 / Protein SUG1 / Tat-binding protein TBY1


分子量: 45342.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q01939
#18: タンパク質 26S protease regulatory subunit 6B homolog / Protein YNT1 / Tat-binding homolog 2


分子量: 47953.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33298
#20: タンパク質 26S protease regulatory subunit 6A / Tat-binding protein homolog 1 / TBP-1


分子量: 48315.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33297

-
26S proteasome regulatory subunit ... , 11種, 11分子 NOPQRSTUWXZ

#21: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN2


分子量: 104351.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32565
#22: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN9 / Proteasome non-ATPase subunit 7


分子量: 45839.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04062
#23: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN5 / Proteasome non-ATPase subunit 5


分子量: 51840.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12250
#24: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN6 / Proteasome non-ATPase subunit 4


分子量: 49839.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12377
#25: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN7


分子量: 49016.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06103
#26: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN3


分子量: 60464.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40016
#27: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN12 / Nuclear integrity protein 1


分子量: 31952.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32496
#28: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN8


分子量: 38365.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08723
#30: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN10


分子量: 29776.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38886
#31: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN13 / Proteasome non-ATPase subunit 13


分子量: 17919.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O13563
#33: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN1 / HMG-CoA reductase degradation protein 2 / Proteasome non-ATPase subunit 1


分子量: 109601.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38764

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1yeast 26S proteasome in M2 stateプロテアソームCOMPLEX0
226S proteasomeプロテアソーム1
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP / pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
試料濃度: 15 mg/ml / 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil Cu R2.0/2.0 200 mesh
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年11月2日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 nm / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Each micrographs
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25151
詳細: The particles were selected in RELION and manually checked. 3D classification and refinement were performed in RELION. Single particle--Applied symmetry: C1
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--The domains were separately fitted in chimera and then manual checked in Coot. The final model is refined with Phenix.
原子モデル構築PDB-ID: 4CR2

4cr2


Accession code: 4CR2 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数104170 0 0 0 104170

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る