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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j6h | ||||||
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タイトル | Nucleotide-free Kinesin motor domain complexed with GMPCPP-microtubule | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/MOTOR PROTEIN (構造) / Kinesin (キネシン) / Motor domain (機関 (機械)) / Rigor-conformation / Nucleotide-free kinesin / Microtubule (微小管) / GMPCPP-microtubule / tubulin (チューブリン) / Axonal transport (軸索輸送) / STRUCTURAL PROTEIN-MOTOR PROTEIN complex (構造) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 distal axon / anterograde dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / anterograde axonal protein transport / apolipoprotein receptor binding / intracellular mRNA localization / plus-end-directed microtubule motor activity / motor neuron axon guidance / postsynaptic cytosol / 繊毛 ...distal axon / anterograde dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / anterograde axonal protein transport / apolipoprotein receptor binding / intracellular mRNA localization / plus-end-directed microtubule motor activity / motor neuron axon guidance / postsynaptic cytosol / 繊毛 / synaptic vesicle transport / kinesin complex / microtubule motor activity / mRNA transport / axonal growth cone / axon cytoplasm / dendrite cytoplasm / 軸索誘導 / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule binding / 微小管 / hydrolase activity / neuron projection / GTPase activity / neuronal cell body / 樹状突起 / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å | ||||||
データ登録者 | Morikawa, M. / Yajima, H. / Nitta, R. / Inoue, S. / Ogura, T. / Sato, C. / Hirokawa, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2015 タイトル: X-ray and Cryo-EM structures reveal mutual conformational changes of Kinesin and GTP-state microtubules upon binding. 著者: Manatsu Morikawa / Hiroaki Yajima / Ryo Nitta / Shigeyuki Inoue / Toshihiko Ogura / Chikara Sato / Nobutaka Hirokawa / 要旨: The molecular motor kinesin moves along microtubules using energy from ATP hydrolysis in an initial step coupled with ADP release. In neurons, kinesin-1/KIF5C preferentially binds to the GTP-state ...The molecular motor kinesin moves along microtubules using energy from ATP hydrolysis in an initial step coupled with ADP release. In neurons, kinesin-1/KIF5C preferentially binds to the GTP-state microtubules over GDP-state microtubules to selectively enter an axon among many processes; however, because the atomic structure of nucleotide-free KIF5C is unavailable, its molecular mechanism remains unresolved. Here, the crystal structure of nucleotide-free KIF5C and the cryo-electron microscopic structure of nucleotide-free KIF5C complexed with the GTP-state microtubule are presented. The structures illustrate mutual conformational changes induced by interaction between the GTP-state microtubule and KIF5C. KIF5C acquires the 'rigor conformation', where mobile switches I and II are stabilized through L11 and the initial portion of the neck-linker, facilitating effective ADP release and the weak-to-strong transition of KIF5C microtubule affinity. Conformational changes to tubulin strengthen the longitudinal contacts of the GTP-state microtubule in a similar manner to GDP-taxol microtubules. These results and functional analyses provide the molecular mechanism of the preferential binding of KIF5C to GTP-state microtubules. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j6h.cif.gz | 215.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j6h.ent.gz | 156 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j6h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/3j6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/3j6h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABK
#1: タンパク質 | 分子量: 48436.625 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-437 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: brain脳 / 参照: UniProt: P02550 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 47809.746 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-427 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: brain脳 / 参照: UniProt: P02554 |
#3: タンパク質 | 分子量: 39615.137 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-345 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kif5c / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28738 |
-非ポリマー , 4種, 5分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GTP / | #6: 化合物 | ChemComp-G2P / | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / | |
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-詳細
配列の詳細 | THIS SEQUENCE IS NATURAL VARIANT. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Kinesin motor domain complexed with GMPCPP-microtubule タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: LEICA KF80 / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 2010F / 日付: 2012年1月1日 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 40000 X / 倍率(補正後): 40000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 3.3 mm |
試料ホルダ | 温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 10 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Each filament | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Single Particle単粒子解析法 / 解像度: 8.1 Å / 粒子像の数: 302000 / ピクセルサイズ(公称値): 2.5 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.5 Å / クラス平均像の数: 18 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL Target criteria: Cross-correlation, Average map value, Atoms inside the contour 詳細: METHOD--Local refinement, Domain fitting REFINEMENT PROTOCOL--Rigid body refinement DETAILS--Initial local fitting was done using Chimera and for some loops Modeller was used. | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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