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- EMDB-9994: Structure of cyanobacterial photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9994
タイトルStructure of cyanobacterial photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex光化学系I
マップデータThe overall map
試料
  • 複合体: Photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • リガンド: x 10種
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, long chain / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI ...Flavodoxin, long chain / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / フラボドキシン / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フラボドキシン / Iron stress-induced chlorophyll-binding protein / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II ...フラボドキシン / Iron stress-induced chlorophyll-binding protein / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I iron-sulfur center
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア) / Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Cao P / Cao DF / Si L / Su XD / Chang WR / Liu ZF / Zhang XZ / Li M
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2020
タイトル: Structural basis for energy and electron transfer of the photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex.
著者: Peng Cao / Duanfang Cao / Long Si / Xiaodong Su / Lijin Tian / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: Under iron-deficiency stress, which occurs frequently in natural aquatic environments, cyanobacteria reduce the amount of iron-enriched proteins, including photosystem I (PSI) and ferredoxin (Fd), ...Under iron-deficiency stress, which occurs frequently in natural aquatic environments, cyanobacteria reduce the amount of iron-enriched proteins, including photosystem I (PSI) and ferredoxin (Fd), and upregulate the expression of iron-stress-induced proteins A and B (IsiA and flavodoxin (Fld)). Multiple IsiAs function as the peripheral antennae that encircle the PSI core, whereas Fld replaces Fd as the electron receptor of PSI. Here, we report the structures of the PSI-IsiA-Fld and PSI-IsiA supercomplexes from Synechococcus sp. PCC 7942, revealing features that are different from the previously reported PSI structures, and a sophisticated pigment network that involves previously unobserved pigment molecules. Spectroscopic results demonstrated that IsiAs are efficient light harvesters for PSI. Three Flds bind symmetrically to the trimeric PSI core-we reveal the detailed interaction and the electron transport path between PSI and Fld. Our results provide a structural basis for understanding the mechanisms of light harvesting, energy transfer and electron transport of cyanobacterial PSI under stressed conditions.
履歴
登録2019年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月12日-
マップ公開2020年2月12日-
更新2020年3月4日-
現状2020年3月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6kif
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9994.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9994.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The overall map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 480 pix.
= 480. Å		1 Å/pix.
x 480 pix.
= 480. Å		1 Å/pix.
x 480 pix.
= 480. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.014 / ムービー #1: 0.014
最小 - 最大-0.041612815 - 0.11814482
平均 (標準偏差)0.00028907694 (±0.002843559)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 480.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z480.000480.000480.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0420.1180.000

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添付データ

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追加マップ: The local map of six IsiAs

ファイルemd_9994_additional_1.map
注釈The local map of six IsiAs
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: The local map of six IsiAs

ファイルemd_9994_additional_2.map
注釈The local map of six IsiAs
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex

全体名称: Photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex光化学系I
要素
  • 複合体: Photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaI protein光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: PsaM
    • タンパク質・ペプチド: Flavodoxinフラボドキシン
    • タンパク質・ペプチド: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDEフラビンモノヌクレオチド
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: Photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex

超分子名称: Photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942
分子量理論値: 83.994336 KDa
配列文字列: MTISPPEREA KVKATVDKNP VPTSFEKWGK PGHFDRTLAK GPKTTTWIWN LHANAHDFDS HTSDLEDISR KIFSAHFGHL AVIFIWLSG AYFHGARFSN FSGWLADPTH VKPSAQVVWP IFGQEILNGD VGGGFHGIQI TSGLFQLWRA SGYTNEFQLY V TAIGALVM ...文字列:
MTISPPEREA KVKATVDKNP VPTSFEKWGK PGHFDRTLAK GPKTTTWIWN LHANAHDFDS HTSDLEDISR KIFSAHFGHL AVIFIWLSG AYFHGARFSN FSGWLADPTH VKPSAQVVWP IFGQEILNGD VGGGFHGIQI TSGLFQLWRA SGYTNEFQLY V TAIGALVM AGLMLFAGWF HYHKAAPKLE WFQNVESMLN HHLAGLLGLG SLSWAGHQIH VSLPVNKLLD AIDAGEPLVL NG KTIASAA DIPLPHEFLD VSLISQLFPG FEAGVKAFFT LNWSAYADFL TFKGGLNPVT GGLWLTDTAH HHLAIAVLFI VAG HMYRTN WGIGHSLKEI LEAHKGPFTG QGHKGLYEIL TTSWHAQLSI NLAILGSISI IVAHHMYAMP PYPYLATDYP TMLS LFTHH IWIGGFLIVG AGAHAAIFMV RDYDPAKNVD NLLDRVLRHR DAIISHLNWV CIWLGFHSFG LYIHNDTMRA LGRPQ DMFS DSAIQLQPIF AQWIQNIHAL APGNTAPNAL ASVSQVFGGD VVAVGGKVAA APIVLGTADF MVHHIHAFTI HVTALI LLK GVLYARSSRL VPDKANLGFR FPCDGPGRGG TCQVSGWDHV FLGLFWMYNS LSIVIFHYSW KMQSDVWGSV LPDGSVA HI ANGNFAQSAL TINGWLRDFL WAQASQVITS YGSSTSAYGL LFLGAHFVWA FSLMFLFSGR GYWQELIESI VWAHNKLK V APAIQPRALS IIQGRAVGVA HYLLGGIVTT WSFFLARIIA VG

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942
分子量理論値: 81.554742 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATAHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW VSGNLFHVAW QGNFEQWSQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQG AIDAFTQAGA SSPVNVAYSG VYHWWYTIGM RTNGDLYQGS IFLLILSALF LFAGWLHLQP K FRPSLSWF ...文字列:
MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATAHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW VSGNLFHVAW QGNFEQWSQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQG AIDAFTQAGA SSPVNVAYSG VYHWWYTIGM RTNGDLYQGS IFLLILSALF LFAGWLHLQP K FRPSLSWF KNAESRLNHH LAGLFGFSSL AWTGHLVHVA IPEARGQHVG WDNFLSTLPH PAGLAPFFTG NWSVYAENPD TA SHAFGTA EGAGTAILTF LGGFHPQTEA LWLTDIAHHH LAIAVIFIIA GHMYRTNFGI GHSIKEILEA HKPPAGGLGA GHK GLYETL NNSLHFQLAL ALASLGVVTS LVAQHMYSMP PYAFIAKDYT TMAALYTHHQ YIATFIMCGA FAHGAIFLIR DYDP EANKN NVLARVLEHK EAIISHLSWV SLFLGFHTLG LYVHNDVVVA FGTPEKQILI EPVFAQFVQA ASGKALYGFN VLLAN ADSA ATAASLGTYL PNWLDAINSG KTALFLPIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLAVFWA LNTVGWVTFY WHWKNLTVWQ GNVAQFNESS TYLMGWLRDY LWLNSSQLIN GYNPFGT NN LSVWSWMFLF GHLIWATGFM FLISWRGYWQ ELIETIVWAH QRTPLANIVG WKDKPVALSI VQARVVGLAH FTVGYFLT Y AAFLIASTAG KFG

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942
分子量理論値: 8.807235 KDa
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPLDVLEMVP WDGCKAGQIA ASPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942
分子量理論値: 15.536583 KDa
配列文字列:
AETLTGKTPV FGGSTGGLLK SAETEEKYAI TWTSTKEQVF ELPTGGAAVM HEGDNLLYFA RKEQALALGT QLRTKFKPKI ESYKIYRVF PGGDVEYLHP KDGVFPEKVN EGRSFAGKVD RRIGQNPNPA TIKFTGKQPY TA

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942
分子量理論値: 8.147134 KDa
配列文字列:
MAIARGDKVR ILRPESYWFN EVGTVASVDQ SGIKYPVVVR FEKVNYNGFS GSDGGVNTNN FAEAELQVVA AAAKK

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942
分子量理論値: 17.125742 KDa
配列文字列:
MRRLFAVVLA ACLWLGFAPQ ASADVAGLTP CSESPRFIQR AEAAATPQAK ARFENYSQAL CGADGLPHLI VDGRLDHAGD FIIPSLLFL YIAGWIGWVG RSYLQAIKSD KDAAGKEIVI DVPLAVKFSL TGFAWPLAAF QEFSSGKLLA KADEITVSPR

+
分子 #7: Photosystem I PsaI protein

分子名称: Photosystem I PsaI protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942
分子量理論値: 4.002733 KDa
配列文字列:
MSGDFAAAFL PTIFVPLVGL GLPAVLMSLL FTYIESEA

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942
分子量理論値: 4.713585 KDa
配列文字列:
MDGLKRYLSS APILATIWFA ITAGILIEFN RFFPDLLFHP L

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942
分子量理論値: 8.39712 KDa
配列文字列:
MLPVLAAIPQ TVAWSPKVAL VMILSNIVAI AIGKATIKIQ NAGPALPSPQ LFGGFGLPAV LATASFGHIL GIGVILGLAN IGNL

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942
分子量理論値: 17.302688 KDa
配列文字列:
MAQDVIANGG TPEIGNLATP INSSPFTRTF INALPIYRRG LSSNRRGLEI GMAHGFLLYG PFSILGPLRN TETAGSAGLL ATVGLVVIL TVCLSLYGNA GSGPSAAEST VTTPNPPQEL FTKEGWSEFT SGFILGGLGG AFFAFYLAST PYVQPLVKIA A GVWSVH

+
分子 #11: PsaM

分子名称: PsaM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942
分子量理論値: 3.239867 KDa
配列文字列:
MTDTQVFVAL LLALVPAVLA YRLGTELYR

+
分子 #12: Flavodoxin

分子名称: Flavodoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942
分子量理論値: 18.938568 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHAKIGLFY GTQTGVTQTI AESIQQEFGG ESIVDLNDIA NADASDLNAY DYLIIGCPTW NVGELQSDWE GIYDDLDSVN FQGKKVAYF GAGDQVGYSD NFQDAMGILE EKISSLGSQT VGYWPIEGYD FNESKAVRNN QFVGLAIDED NQPDLTKNRI K TWVSQLKS EFGL

+
分子 #13: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein

分子名称: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942
分子量理論値: 37.004453 KDa
配列文字列: MQTYNNPEVT YDWWAGNARF ANLSGLFIAA HVAQAALIMF WAGAFTLYEI SWLTADQSMG EQGLILLPHL ATLGLGVGDG GQVTDTYPL FVVGAVHLIA SAVLGAGALF HTFRAPSDLA AASGAAKRFH FDWNDPKQLG LILGHHLLFL GVGALLLVAK A TTWGGLYD ...文字列:
MQTYNNPEVT YDWWAGNARF ANLSGLFIAA HVAQAALIMF WAGAFTLYEI SWLTADQSMG EQGLILLPHL ATLGLGVGDG GQVTDTYPL FVVGAVHLIA SAVLGAGALF HTFRAPSDLA AASGAAKRFH FDWNDPKQLG LILGHHLLFL GVGALLLVAK A TTWGGLYD AASQTVRLVT EPTLNPAVIY GYQTHFASID NLEDLVGGHV YVGVMLIAGG IWHILVPPFQ WTKKVLIYSG EA ILSYSLG GIALAGFVAA YFCAVNTLAY PVEFYGAPLE IKLGVTPYFA DTVQLPFGAH TPRAWLSNAH FFLAFFCLQG HLW HALRAM GFDFRRVEKA LSSVEA

+
分子 #14: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 594 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #15: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 6 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #16: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 9 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #17: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 144 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #18: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 45 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #19: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 12 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #20: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 6 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #21: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 24 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #22: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

+
分子 #23: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 54 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 29295

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6kif:
Structure of cyanobacterial photosystem I-IsiA-flavodoxin supercomplex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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