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- EMDB-9359: Cryo-EM structure of vaccine-elicited antibody 0PV-c.01 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9359
タイトルCryo-EM structure of vaccine-elicited antibody 0PV-c.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and antibodies VRC03 and PGT122
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and antibodies 0PV-c.01, VRC03 and PGT122
    • 複合体: Envelope glycoprotein gp120Gp120 (HIV)
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120Gp120 (HIV)
    • 複合体: Envelope glycoprotein gp41
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • 複合体: VRC03
      • タンパク質・ペプチド: VRC03 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: VRC03 Light Chain
    • 複合体: PGT122
      • タンパク質・ペプチド: PGT122 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: PGT122 Light Chain
    • 複合体: 0PV-c.01
      • タンパク質・ペプチド: 0PV-c.01 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 0PV-c.01 Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Gorman J / Kwong PD
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Antibody Lineages with Vaccine-Induced Antigen-Binding Hotspots Develop Broad HIV Neutralization.
著者: Rui Kong / Hongying Duan / Zizhang Sheng / Kai Xu / Priyamvada Acharya / Xuejun Chen / Cheng Cheng / Adam S Dingens / Jason Gorman / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / Baoshan Zhang / ...著者: Rui Kong / Hongying Duan / Zizhang Sheng / Kai Xu / Priyamvada Acharya / Xuejun Chen / Cheng Cheng / Adam S Dingens / Jason Gorman / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / Baoshan Zhang / Tongqing Zhou / Gwo-Yu Chuang / Cara W Chao / Ying Gu / Alexander J Jafari / Mark K Louder / Sijy O'Dell / Ariana P Rowshan / Elise G Viox / Yiran Wang / Chang W Choi / Martin M Corcoran / Angela R Corrigan / Venkata P Dandey / Edward T Eng / Hui Geng / Kathryn E Foulds / Yicheng Guo / Young D Kwon / Bob Lin / Kevin Liu / Rosemarie D Mason / Martha C Nason / Tiffany Y Ohr / Li Ou / Reda Rawi / Edward K Sarfo / Arne Schön / John P Todd / Shuishu Wang / Hui Wei / Winston Wu / / James C Mullikin / Robert T Bailer / Nicole A Doria-Rose / Gunilla B Karlsson Hedestam / Diana G Scorpio / Julie Overbaugh / Jesse D Bloom / Bridget Carragher / Clinton S Potter / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong / John R Mascola /
要旨: The vaccine-mediated elicitation of antibodies (Abs) capable of neutralizing diverse HIV-1 strains has been a long-standing goal. To understand how broadly neutralizing antibodies (bNAbs) can be ...The vaccine-mediated elicitation of antibodies (Abs) capable of neutralizing diverse HIV-1 strains has been a long-standing goal. To understand how broadly neutralizing antibodies (bNAbs) can be elicited, we identified, characterized, and tracked five neutralizing Ab lineages targeting the HIV-1-fusion peptide (FP) in vaccinated macaques over time. Genetic and structural analyses revealed two of these lineages to belong to a reproducible class capable of neutralizing up to 59% of 208 diverse viral strains. B cell analysis indicated each of the five lineages to have been initiated and expanded by FP-carrier priming, with envelope (Env)-trimer boosts inducing cross-reactive neutralization. These Abs had binding-energy hotspots focused on FP, whereas several FP-directed Abs induced by immunization with Env trimer-only were less FP-focused and less broadly neutralizing. Priming with a conserved subregion, such as FP, can thus induce Abs with binding-energy hotspots coincident with the target subregion and capable of broad neutralization.
履歴
登録2018年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月24日-
マップ公開2019年7月24日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nf2
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6nf2
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9359.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9359.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07325 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-1.3649412 - 2.9150388
平均 (標準偏差)-0.0015584546 (±0.07410406)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 429.30002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.073251.073251.07325
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z429.300429.300429.300
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-1.3652.915-0.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9359_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: additional map

ファイルemd_9359_additional.map
注釈additional map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half-map 1

ファイルemd_9359_half_map_1.map
注釈half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half-map 2

ファイルemd_9359_half_map_2.map
注釈half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and antibodies 0PV-c.01, VRC03 and PGT122

全体名称: HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and antibodies 0PV-c.01, VRC03 and PGT122
要素
  • 複合体: HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and antibodies 0PV-c.01, VRC03 and PGT122
    • 複合体: Envelope glycoprotein gp120Gp120 (HIV)
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120Gp120 (HIV)
    • 複合体: Envelope glycoprotein gp41
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • 複合体: VRC03
      • タンパク質・ペプチド: VRC03 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: VRC03 Light Chain
    • 複合体: PGT122
      • タンパク質・ペプチド: PGT122 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: PGT122 Light Chain
    • 複合体: 0PV-c.01
      • タンパク質・ペプチド: 0PV-c.01 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 0PV-c.01 Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
超分子 #1: HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and antibodies 0PV-c.01, VRC03 and PGT122

超分子名称: HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and antibodies 0PV-c.01, VRC03 and PGT122
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8

+
超分子 #2: Envelope glycoprotein gp120

超分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Envelope glycoprotein gp41

超分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: VRC03

超分子名称: VRC03 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: PGT122

超分子名称: PGT122 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #6: 0PV-c.01

超分子名称: 0PV-c.01 / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BG505
分子量理論値: 53.929129 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SACTQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ CMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRR

+
分子 #2: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BG505
分子量理論値: 17.146482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

+
分子 #3: VRC03 Heavy Chain

分子名称: VRC03 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.450602 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAV IKTPGSSVKI SCRASGYNFR DYSIHWVRLI PDKGFEWIGW IKPLWGAVSY ARQLQGRVSM TRQLSQDPDD PDWGVAYME FSGLTPADTA EYFCVRRGSC DYCGDFPWQY WGQGTVVVVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS SGGTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列:
QVQLVQSGAV IKTPGSSVKI SCRASGYNFR DYSIHWVRLI PDKGFEWIGW IKPLWGAVSY ARQLQGRVSM TRQLSQDPDD PDWGVAYME FSGLTPADTA EYFCVRRGSC DYCGDFPWQY WGQGTVVVVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS SGGTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCD

+
分子 #4: VRC03 Light Chain

分子名称: VRC03 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.146795 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPGI LSLSPGETAT LFCKASQGGN AMTWYQKRRG QVPRLLIYDT SRRASGVPDR FVGSGSGTDF FLTINKLDRE DFAVYYCQQ FEFFGLGSEL EVHRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL QSGNSQESVT E QDSKDSTY ...文字列:
EIVLTQSPGI LSLSPGETAT LFCKASQGGN AMTWYQKRRG QVPRLLIYDT SRRASGVPDR FVGSGSGTDF FLTINKLDRE DFAVYYCQQ FEFFGLGSEL EVHRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL QSGNSQESVT E QDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

+
分子 #5: PGT122 Heavy Chain

分子名称: PGT122 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.434691 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVHLQESGPG LVKPSETLSL TCNVSGTLVR DNYWSWIRQP LGKQPEWIGY VHDSGDTNYN PSLKSRVHLS LDKSKNLVSL RLTGVTAAD SAIYYCATTK HGRRIYGVVA FKEWFTYFYM DVWGKGTSVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
QVHLQESGPG LVKPSETLSL TCNVSGTLVR DNYWSWIRQP LGKQPEWIGY VHDSGDTNYN PSLKSRVHLS LDKSKNLVSL RLTGVTAAD SAIYYCATTK HGRRIYGVVA FKEWFTYFYM DVWGKGTSVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPKSC

+
分子 #6: PGT122 Light Chain

分子名称: PGT122 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.880275 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: APTFVSVAPG QTARITCGEE SLGSRSVIWY QQRPGQAPSL IIYNNNDRPS GIPDRFSGSP GSTFGTTATL TITSVEAGDE ADYYCHIWD SRRPTNWVFG EGTTLIVLSQ PKAAPSVTLF PPSSEELQAN KATLVCLISD FYPGAVTVAW KADSSPVKAG V ETTTPSKQ ...文字列:
APTFVSVAPG QTARITCGEE SLGSRSVIWY QQRPGQAPSL IIYNNNDRPS GIPDRFSGSP GSTFGTTATL TITSVEAGDE ADYYCHIWD SRRPTNWVFG EGTTLIVLSQ PKAAPSVTLF PPSSEELQAN KATLVCLISD FYPGAVTVAW KADSSPVKAG V ETTTPSKQ SNNKYAASSY LSLTPEQWKS HKSYSCQVTH EGSTVEKTVA PTECS

+
分子 #7: 0PV-c.01 Heavy Chain

分子名称: 0PV-c.01 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.179217 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVESGPG VVKPSETLSL TCVVSGGTPG RGFLYWSWVR QPPGKGLEWI GGTATNTDIT DYNPSLKSRA AISKDTSRNQ FLLNLKPLT AGDTAVYYCT SRAKDYRGPS YSRIDVWGPG VLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列:
QVQLVESGPG VVKPSETLSL TCVVSGGTPG RGFLYWSWVR QPPGKGLEWI GGTATNTDIT DYNPSLKSRA AISKDTSRNQ FLLNLKPLT AGDTAVYYCT SRAKDYRGPS YSRIDVWGPG VLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKRVEPKS C

+
分子 #8: 0PV-c.01 Light Chain

分子名称: 0PV-c.01 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.966668 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQTPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL DSDGNTCLDW FLQKPGQSPQ LLIYDVSNRV SGVPDRFSGS GSDTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQFVEF PLTFGGGTKV EIRRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
DIVMTQTPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL DSDGNTCLDW FLQKPGQSPQ LLIYDVSNRV SGVPDRFSGS GSDTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQFVEF PLTFGGGTKV EIRRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #16: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1767 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 73.46 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 98419

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6cdi

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6nf2:
Cryo-EM structure of vaccine-elicited antibody 0PV-c.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and antibodies VRC03 and PGT122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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