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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9110 | |||||||||
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タイトル | Structure of parvovirus B19 decorated with Fab molecules from a human antibody | |||||||||
![]() | Map of B19-Fab complex, reconstructed in jspr and postprocessed in RELION. Sharpened and low-pass filtered to 3A. | |||||||||
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機能・相同性 | Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / VP1 protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Rossmann MG / Sun Y / Klose T / Liu Y | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Parvovirus B19 Decorated by Fabs from a Human Antibody. 著者: Yingyuan Sun / Thomas Klose / Yue Liu / Susanne Modrow / Michael G Rossmann / ![]() ![]() 要旨: Parvovirus B19, one of the most common human pathogens, is a small DNA virus that belongs to the As a result of previous infections, antibodies to B19 are present in most adults. B19 has a strong ...Parvovirus B19, one of the most common human pathogens, is a small DNA virus that belongs to the As a result of previous infections, antibodies to B19 are present in most adults. B19 has a strong tropism to erythroid progenitor cells and is able to cause a series of medical conditions, including fifth disease, arthritis, myocarditis, hydrops fetalis, and aplastic crisis. No approved vaccine is currently available for B19, and there is a lack of structural characterization of any B19 epitopes. Here we present the first cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a B19 virus-like particle (VLP) complexed with the antigen-binding fragment (Fab) of a human neutralizing antibody, 860-55D. A model was built into the 3.2-Å-resolution map, and the antigenic residues on the surface of the B19 capsid were identified. Antibody 860-55D bridges the capsid of B19 by binding to a quaternary structure epitope formed by residues from three neighboring VP2 capsid proteins. Parvovirus B19 is a common human pathogen and a particular threat to children, pregnant women, and patients with sickle cell disease or AIDS. Currently, neutralizing antibody is the most efficient treatment for acute B19 infections. Research on the antigenic properties of B19 will guide the usage of these antibodies and facilitate vaccine development. We have determined and report here the high-resolution structure of B19 virus-like particles (VLPs) complexed with the Fab of a human neutralizing antibody. The structure shows a quaternary structure epitope formed by three VP2 proteins and provides details on host recognition of human B19 virus. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 243.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.3 KB 21.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 294.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 37.2 MB 37.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Map of B19-Fab complex, reconstructed in jspr and postprocessed in RELION. Sharpened and low-pass filtered to 3A. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1 with spherical mask
ファイル | emd_9110_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 with spherical mask | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 with spherical mask
ファイル | emd_9110_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 with spherical mask | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Complex of B19 VLP with Fab molecules of antibody 860-55D
全体 | 名称: Complex of B19 VLP with Fab molecules of antibody 860-55D |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of B19 VLP with Fab molecules of antibody 860-55D
超分子 | 名称: Complex of B19 VLP with Fab molecules of antibody 860-55D タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 5.6 MDa |
-超分子 #3: antibody 860-55D Fab
超分子 | 名称: antibody 860-55D Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #2: Human parvovirus B19
超分子 | 名称: Human parvovirus B19 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 10798 / 生物種: Human parvovirus B19 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
Host system | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 60.916016 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTSVNSAEAS TGAGGGGSNP VKSMWSEGAT FSANSVTCTF SRQFLIPYDP EHHYKVFSPA ASSCHNASGK EAKVCTISPI MGYSTPWRY LDFNALNLFF SPLEFQHLIE NYGSIAPDAL TVTISEIAVK DVTDKTGGGV QVTDSTTGRL CMLVDHEYKY P YVLGQGQD ...文字列: MTSVNSAEAS TGAGGGGSNP VKSMWSEGAT FSANSVTCTF SRQFLIPYDP EHHYKVFSPA ASSCHNASGK EAKVCTISPI MGYSTPWRY LDFNALNLFF SPLEFQHLIE NYGSIAPDAL TVTISEIAVK DVTDKTGGGV QVTDSTTGRL CMLVDHEYKY P YVLGQGQD TLAPELPIWV YFPPQYAYLT VGDVNTQGIS GDSKKLASEE SAFYVLEHSS FQLLGTGGTA TMSYKFPPVP PE NLEGCSQ HFYEMYNPLY GSRLGVPDTL GGDPKFRSLT HEDHAIQPQN FMPGPLVNSV STKEGDSSNT GAGKALTGLS TGT SQNTRI SLRPGPVSQP YHHWDTDKYV TGINAISHGQ TTYGNAEDKE YQQGVGRFPN EKEQLKQLQG LNMHTYFPNK GTQQ YTDQI ERPLMVGSVW NRRALHYESQ LWSKIPNLDD SFKTQFAALG GWGLHQPPPQ IFLKILPQSG PIGGIKSMGI TTLVQ YAVG IMTVTMTFKL GPRKATGRWN PQPGVYPPHA AGHLPYVLYD PTATDAKQHH RHGYEKPEEL WTAKSRVHPL |
-分子 #2: antibody 860-55D heavy chain
分子 | 名称: antibody 860-55D heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 11.756069 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVAASDTLSL TCTVSGGSLA AAFYWSWIRQ APGKGLEWIG YIYYSGSAYY SPSLESRVTM SDAAAAAAAA AAAAAAAAV YYCVRAAAAA AAAAAAAFAS WGQGTLVTV |
-分子 #3: antibody 860-55D light chain
分子 | 名称: antibody 860-55D light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 10.895869 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: AAALTQPLSV SVSPGQTAIF TCSGDNLGDK YVYWFQQRPG QSPALLIYQD NKRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISGTQST DEADYYCQT WDSTVVFGGG TKL |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 20.265 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-40 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1759 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 100 |
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得られたモデル | ![]() PDB-6nn3: |