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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8285 | |||||||||
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タイトル | expanded poliovirus in complex with VHH 17B | |||||||||
![]() | expanded poliovirus in complex with VHH 17B | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Strauss M / Schotte L / Filman DJ / Hogle JM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-electron Microscopy Structures of Expanded Poliovirus with VHHs Sample the Conformational Repertoire of the Expanded State. 著者: Mike Strauss / Lise Schotte / Krishanthi S Karunatilaka / David J Filman / James M Hogle / ![]() ![]() 要旨: By using cryo-electron microscopy, expanded 80S-like poliovirus virions (poliovirions) were visualized in complexes with four 80S-specific camelid VHHs (Nanobodies). In all four complexes, the VHHs ...By using cryo-electron microscopy, expanded 80S-like poliovirus virions (poliovirions) were visualized in complexes with four 80S-specific camelid VHHs (Nanobodies). In all four complexes, the VHHs bind to a site on the top surface of the capsid protein VP3, which is hidden in the native virus. Interestingly, although the four VHHs bind to the same site, the structures of the expanded virus differ in detail in each complex, suggesting that each of the Nanobodies has sampled a range of low-energy structures available to the expanded virion. By stabilizing unique structures of expanded virions, VHH binding permitted a more detailed view of the virus structure than was previously possible, leading to a better understanding of the expansion process that is a critical step in infection. It is now clear which polypeptide chains become disordered and which become rearranged. The higher resolution of these structures also revealed well-ordered conformations for the EF loop of VP2, the GH loop of VP3, and the N-terminal extensions of VP1 and VP2, which, in retrospect, were present in lower-resolution structures but not recognized. These structural observations help to explain preexisting mutational data and provide insights into several other stages of the poliovirus life cycle, including the mechanism of receptor-triggered virus expansion. IMPORTANCE: When poliovirus infects a cell, it undergoes a change in its structure in order to pass RNA through its protein coat, but this altered state is short-lived and thus poorly understood. The ...IMPORTANCE: When poliovirus infects a cell, it undergoes a change in its structure in order to pass RNA through its protein coat, but this altered state is short-lived and thus poorly understood. The structures of poliovirus bound to single-domain antibodies presented here capture the altered virus in what appear to be intermediate states. A careful analysis of these structures lets us better understand the molecular mechanism of infection and how these changes in the virus lead to productive-infection events. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 428.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 194.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | expanded poliovirus in complex with VHH 17B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8245 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : expanded poliovirus in complex with VHH 17B
全体 | 名称: expanded poliovirus in complex with VHH 17B |
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要素 |
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-超分子 #1: expanded poliovirus in complex with VHH 17B
超分子 | 名称: expanded poliovirus in complex with VHH 17B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 9 MDa |
-分子 #1: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() 株: Mahoney |
分子量 | 理論値: 25.291594 KDa |
配列 | 文字列: PSDTVQTRHV VQHRSRSESS IESFFARGAC VTIMTVDNPA STTNKDKLFA VWKITYKDTV QLRRKLEFFT YSRFDMELTF VVTANFTET NNGHALNQVY QIMYVPPGAP VPEKWDDYTW QTSSNPSIFY TYGTAPARIS VPYVGISNAY SHFYDGFSKV P LKDQSAAL ...文字列: PSDTVQTRHV VQHRSRSESS IESFFARGAC VTIMTVDNPA STTNKDKLFA VWKITYKDTV QLRRKLEFFT YSRFDMELTF VVTANFTET NNGHALNQVY QIMYVPPGAP VPEKWDDYTW QTSSNPSIFY TYGTAPARIS VPYVGISNAY SHFYDGFSKV P LKDQSAAL GDSIYGAASL NDFGILAVRV VNDHNPTKVT SKIRVYLKPK HIRVWCPRPP RAVAY |
-分子 #2: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() 株: Mahoney |
分子量 | 理論値: 29.677301 KDa |
配列 | 文字列: SPNIEACGYS DRVLQLTLGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE YLRDSEANPV DQPTEPDVAA CRFYTLDTVS WTKESRGWWW KLPDALRDM GLFGQNMYYH YLGRSGYTVH VQCNASKFHQ GALGVFAVPE MCLAGDSNTT TMHTSYQNAN PGEKGGTFTG T FTPDNNQT ...文字列: SPNIEACGYS DRVLQLTLGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE YLRDSEANPV DQPTEPDVAA CRFYTLDTVS WTKESRGWWW KLPDALRDM GLFGQNMYYH YLGRSGYTVH VQCNASKFHQ GALGVFAVPE MCLAGDSNTT TMHTSYQNAN PGEKGGTFTG T FTPDNNQT SPARRFCPVD YLLGNGTLLG NAFVFPHQII NLRTNNCATL VLPYVNSLSI DSMVKHNNWG IAILPLAPLN FA SESSPEI PITLTIAPMC CEFNGLRNIT LP |
-分子 #3: VP3
分子 | 名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() 株: Mahoney |
分子量 | 理論値: 25.777613 KDa |
配列 | 文字列: GLPVMNTPGS NQYLTADNFQ SPCALPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPFDLSAT KKNTMEMYRV RLSDKPHTDD PILCLSLSP ASDPRLSHTM LGEILNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK LLVSYAPPGA DPPKKRKEAM LGTHVIWDIG L QSSCTMVV ...文字列: GLPVMNTPGS NQYLTADNFQ SPCALPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPFDLSAT KKNTMEMYRV RLSDKPHTDD PILCLSLSP ASDPRLSHTM LGEILNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK LLVSYAPPGA DPPKKRKEAM LGTHVIWDIG L QSSCTMVV PWISNTTYRQ TIDDSFTEGG YISVFYQTRI VVPLSTPREM DILGFVSACN DFSVRLLRDT THI |
-分子 #4: VHH 17B
分子 | 名称: VHH 17B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.262598 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQPGGSLTL SCAASGYAVS RYSMGWFRQA PGKENEGVAA IDSSGVGTTY ADSVKGRFTI SRDNAKDTVY LRMNSLKPE DTAIYYCASG FGLSLSRYTY AYWGQGTQVT VSSHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.45 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND3 |
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初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: a map was generated from the PDB and lowpass filtered to 6nm |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称![]() ソフトウェア: (名称: GeFrealign, FREALIGN (ver. 9.09)) 使用した粒子像数: 17654 |
-原子モデル構築 1
詳細 | using both Fourier amplitudes and phases |
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精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | ![]() PDB-5ku0: |