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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6441 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional structure of the core MMTV intasome | |||||||||
![]() | Reconstruction of the core MMTV intasome | |||||||||
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![]() | integration / ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ballandras-Colas A / Brown M / Cook N / Demeler B / Cherepanov P / Lyumkis D / Engelman AN | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function. 著者: Allison Ballandras-Colas / Monica Brown / Nicola J Cook / Tamaria G Dewdney / Borries Demeler / Peter Cherepanov / Dmitry Lyumkis / Alan N Engelman / ![]() ![]() 要旨: Retroviral integrase catalyses the integration of viral DNA into host target DNA, which is an essential step in the life cycle of all retroviruses. Previous structural characterization of integrase- ...Retroviral integrase catalyses the integration of viral DNA into host target DNA, which is an essential step in the life cycle of all retroviruses. Previous structural characterization of integrase-viral DNA complexes, or intasomes, from the spumavirus prototype foamy virus revealed a functional integrase tetramer, and it is generally believed that intasomes derived from other retroviral genera use tetrameric integrase. However, the intasomes of orthoretroviruses, which include all known pathogenic species, have not been characterized structurally. Here, using single-particle cryo-electron microscopy and X-ray crystallography, we determine an unexpected octameric integrase architecture for the intasome of the betaretrovirus mouse mammary tumour virus. The structure is composed of two core integrase dimers, which interact with the viral DNA ends and structurally mimic the integrase tetramer of prototype foamy virus, and two flanking integrase dimers that engage the core structure via their integrase carboxy-terminal domains. Contrary to the belief that tetrameric integrase components are sufficient to catalyse integration, the flanking integrase dimers were necessary for mouse mammary tumour virus integrase activity. The integrase octamer solves a conundrum for betaretroviruses as well as alpharetroviruses by providing critical carboxy-terminal domains to the intasome core that cannot be provided in cis because of evolutionarily restrictive catalytic core domain-carboxy-terminal domain linker regions. The octameric architecture of the intasome of mouse mammary tumour virus provides new insight into the structural basis of retroviral DNA integration. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() | 35.1 KB 2.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Reconstruction of the core MMTV intasome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Mouse Mammary Tumor Virus intasome complex
全体 | 名称: Mouse Mammary Tumor Virus intasome complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Mouse Mammary Tumor Virus intasome complex
超分子 | 名称: Mouse Mammary Tumor Virus intasome complex / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: IN-NTD and IN-CCD domains of flanking INs 5-8 computationally removed. The oligomeric state of the computationally processed sample is therefore an IN tetramer + IN-CTD tetramer + two vDNAs. 集合状態: Integrase octamer bound to two vDNA strands / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 194 MDa / 手法: sedimentation velocity centrifugation |
-分子 #1: betaretroviral integrase
分子 | 名称: betaretroviral integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MMTV IN / コピー数: 8 / 集合状態: octamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 別称: MMTV |
分子量 | 理論値: 36 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #2: MMTV U5 DNA end
分子 | 名称: MMTV U5 DNA end / タイプ: dna / ID: 2 / Name.synonym: viral DNA / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 別称: MMTV |
分子量 | 理論値: 13 KDa |
配列 | 文字列: CAGGTCGGCC GACTGCGGCA |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 25 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, 2 mM DTT, 25 uM ZnCl2, 10 mM CaCl2 |
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グリッド | 詳細: 400 mesh C-flat, plasma-treated for 6 seconds |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 手法: 3 uL of sample was applied to the grid, adsorbed for 30 seconds, blotted, and plunge-frozen in liquid ethane. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 38167 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using Leginon, and coma-free alignment was established. |
日付 | 2015年4月15日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 2714 / 平均電子線量: 40 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: each particle |
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最終 角度割当 | 詳細: Frealign, phi, theta, psi |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Frealign / 詳細: Local FSC values range from 5 to 6 Angstrom. / 使用した粒子像数: 30307 |
詳細 | IN-NTD and IN-CCD domains of flanking INs 5-8 were computationally removed using Relion after assigning Euler angles to full octameric particles and masking out the flanking regions. |