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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6316 | |||||||||
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タイトル | Activation of GTP Hydrolysis in mRNA-tRNA Translocation by Elongation Factor G | |||||||||
マップデータ | pre-translocational 70S ribosome complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | 70S ribosome (リボソーム) / pre-translocation / EF-G (EF-G) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / translational elongation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding ...ribosome disassembly / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / translational elongation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / translation elongation factor activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / ribosome binding / regulation of translation / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / transferase activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / GTPase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Li W / Liu Z / Koripella RK / Sanyal S / Frank J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2015 タイトル: Activation of GTP hydrolysis in mRNA-tRNA translocation by elongation factor G. 著者: Wen Li / Zheng Liu / Ravi Kiran Koripella / Robert Langlois / Suparna Sanyal / Joachim Frank / 要旨: During protein synthesis, elongation of the polypeptide chain by each amino acid is followed by a translocation step in which mRNA and transfer RNA (tRNA) are advanced by one codon. This crucial step ...During protein synthesis, elongation of the polypeptide chain by each amino acid is followed by a translocation step in which mRNA and transfer RNA (tRNA) are advanced by one codon. This crucial step is catalyzed by elongation factor G (EF-G), a guanosine triphosphatase (GTPase), and accompanied by a rotation between the two ribosomal subunits. A mutant of EF-G, H91A, renders the factor impaired in guanosine triphosphate (GTP) hydrolysis and thereby stabilizes it on the ribosome. We use cryogenic electron microscopy (cryo-EM) at near-atomic resolution to investigate two complexes formed by EF-G H91A in its GTP state with the ribosome, distinguished by the presence or absence of the intersubunit rotation. Comparison of these two structures argues in favor of a direct role of the conserved histidine in the switch II loop of EF-G in GTPase activation, and explains why GTP hydrolysis cannot proceed with EF-G bound to the unrotated form of the ribosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6316.map.gz | 166.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6316-v30.xml emd-6316.xml | 10.1 KB 10.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6316.gif 80_6316.gif | 61.6 KB 4.2 KB | ||
その他 | EMD-6316-FSC-mask.map.gz EMD-6316-full.map.gz EMD-6316-half-1.map.gz EMD-6316-half-2.map.gz | 1.6 MB 139.4 MB 139.9 MB 139.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6316 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6316 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6316.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | pre-translocational 70S ribosome complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: EMD-6316-FSC-mask.map
ファイル | EMD-6316-FSC-mask.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: EMD-6316-full.map
ファイル | EMD-6316-full.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: EMD-6316-half-1.map
ファイル | EMD-6316-half-1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: EMD-6316-half-2.map
ファイル | EMD-6316-half-2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : pre-translocational 70S ribosome complex
全体 | 名称: pre-translocational 70S ribosome complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: pre-translocational 70S ribosome complex
超分子 | 名称: pre-translocational 70S ribosome complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 2.5 MDa / 理論値: 2.5 MDa |
-超分子 #1: 70S ribosome
超分子 | 名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: Yes / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 2.5 MDa / 理論値: 2.5 MDa |
-分子 #1: Elongation factor G
分子 | 名称: Elongation factor G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: EF-G / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 40 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 58000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 55000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
日付 | 2013年8月29日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k) デジタル化 - サンプリング間隔: 0.1 µm / 実像数: 6747 / ビット/ピクセル: 8 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTFFIND3 and CTFIT |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 50000 |