+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6266 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of a type VI secretion systemType VI secretion system | |||||||||
マップデータ | Contracted T6SS sheath | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | T6SS / Francisella tularensis subsp. novicida | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Francisella novicida U112 (バクテリア) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Clemens DL / Ge P / Lee BY / Horwitz MA / Zhou ZH | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2015 タイトル: Atomic structure of T6SS reveals interlaced array essential to function. 著者: Daniel L Clemens / Peng Ge / Bai-Yu Lee / Marcus A Horwitz / Z Hong Zhou / 要旨: Type VI secretion systems (T6SSs) are newly identified contractile nanomachines that translocate effector proteins across bacterial membranes. The Francisella pathogenicity island, required for ...Type VI secretion systems (T6SSs) are newly identified contractile nanomachines that translocate effector proteins across bacterial membranes. The Francisella pathogenicity island, required for bacterial phagosome escape, intracellular replication, and virulence, was presumed to encode a T6SS-like apparatus. Here, we experimentally confirm the identity of this T6SS and, by cryo electron microscopy (cryoEM), show the structure of its post-contraction sheath at 3.7 Å resolution. We demonstrate the assembly of this T6SS by IglA/IglB and secretion of its putative effector proteins in response to environmental stimuli. The sheath has a quaternary structure with handedness opposite that of contracted sheath of T4 phage tail and is organized in an interlaced two-dimensional array by means of β sheet augmentation. By structure-based mutagenesis, we show that this interlacing is essential to secretion, phagosomal escape, and intracellular replication. Our atomic model of the T6SS will facilitate design of drugs targeting this highly prevalent secretion apparatus. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6266.map.gz | 115.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6266-v30.xml emd-6266.xml | 9.6 KB 9.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6266.gif 80_6266.gif | 114.2 KB 5.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6266 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6266 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6266.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Contracted T6SS sheath | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Contracted T6SS sheath
全体 | 名称: Contracted T6SS sheath |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Contracted T6SS sheath
超分子 | 名称: Contracted T6SS sheath / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Helix of IglA/IglB dimers / Number unique components: 2 |
---|
-分子 #1: IglA
分子 | 名称: IglA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: T6SS sheath / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Francisella novicida U112 (バクテリア) |
配列 | UniProtKB: Intracellular growth locus protein A |
-分子 #2: IglB
分子 | 名称: IglB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Francisella novicida U112 (バクテリア) |
配列 | UniProtKB: Intracellular growth locus protein B |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, 0.9% NaCl |
---|---|
グリッド | 詳細: 200 mesh Quantifoil 1.2/1.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
温度 | 平均: 80 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Software |
詳細 | K2 Summit in Counting mode |
日付 | 2014年3月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 1644 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: 480,000 asymmetric units |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each particle |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 20.8 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 33.4 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion, IHRSR |
詳細 | Relion-based IHRSR |