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- EMDB-5954: Protruding Knob-like Proteins Violate Local Symmetries in an Icos... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5954
タイトルProtruding Knob-like Proteins Violate Local Symmetries in an Icosahedral Marine Virus
マップデータIcosahedral cryo-EM reconstruction of Syn5 marine virus
試料
  • 試料: Syn5 marine virus, also known as horned cyanophage Syn5
  • ウイルス: Synechococcus phage Syn5 (ファージ)
キーワードSyn5 / marine / cyanophage / capsid proteins (カプシド) / symmetry break
機能・相同性Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Synechococcus phage Syn5 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Gipson P / Baker ML / Raytcheva D / Haase-Pettingell C / Piret J / King JA / Chiu W
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Protruding knob-like proteins violate local symmetries in an icosahedral marine virus.
著者: Preeti Gipson / Matthew L Baker / Desislava Raytcheva / Cameron Haase-Pettingell / Jacqueline Piret / Jonathan A King / Wah Chiu /
要旨: Marine viruses play crucial roles in shaping the dynamics of oceanic microbial communities and in the carbon cycle on Earth. Here we report a 4.7-Å structure of a cyanobacterial virus, Syn5, by ...Marine viruses play crucial roles in shaping the dynamics of oceanic microbial communities and in the carbon cycle on Earth. Here we report a 4.7-Å structure of a cyanobacterial virus, Syn5, by electron cryo-microscopy and modelling. A Cα backbone trace of the major capsid protein (gp39) reveals a classic phage protein fold. In addition, two knob-like proteins protruding from the capsid surface are also observed. Using bioinformatics and structure analysis tools, these proteins are identified to correspond to gp55 and gp58 (each with two copies per asymmetric unit). The non 1:1 stoichiometric distribution of gp55/58 to gp39 breaks all expected local symmetries and leads to non-quasi-equivalence of the capsid subunits, suggesting a role in capsid stabilization. Such a structural arrangement has not yet been observed in any known virus structures.
履歴
登録2014年5月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月9日-
マップ公開2014年7月9日-
更新2014年7月16日-
現状2014年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4bml
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4bml
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5954.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5954.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 599.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedral cryo-EM reconstruction of Syn5 marine virus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.24 / ムービー #1: 0.24
最小 - 最大-0.81437606 - 1.06154096
平均 (標準偏差)0.00496094 (±0.06635214)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-272-272-272
サイズ544544544
Spacing544544544
セルA=B=C: 718.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z544544544
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z718.080718.080718.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-272-272-272
NC/NR/NS544544544
D min/max/mean-0.8141.0620.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Syn5 marine virus, also known as horned cyanophage Syn5

全体名称: Syn5 marine virus, also known as horned cyanophage Syn5
要素
  • 試料: Syn5 marine virus, also known as horned cyanophage Syn5
  • ウイルス: Synechococcus phage Syn5 (ファージ)

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超分子 #1000: Syn5 marine virus, also known as horned cyanophage Syn5

超分子名称: Syn5 marine virus, also known as horned cyanophage Syn5
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Synechococcus phage Syn5

超分子名称: Synechococcus phage Syn5 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Horned marine virus / NCBI-ID: 438482 / 生物種: Synechococcus phage Syn5 / Sci species strain: Syn5 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Horned marine virus
宿主生物種: Synechococcus sp. WH 8109 (バクテリア) / 株: WH 8109 / 別称: ALGAE
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 655 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

グリッド詳細: R1.2/1.3 Quantifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: 3 uL sample blotted once for 2.7 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 80000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER
日付2010年10月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 10000 (10k x 10k)

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MPSA / 使用した粒子像数: 12000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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