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万見
- EMDB-5513: Structure of late pre-60S ribosomal subunits with nuclear export ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5513
タイトルStructure of late pre-60S ribosomal subunits with nuclear export factor Arx1 bound at the peptide exit tunnel
マップデータReconstruction of pre-60S ribosomal subunits with nuclear export factor Arx1 bound at the peptide exit tunnel
試料
  • 試料: pre-60S particle
  • 複合体: Pre-60S particle
  • タンパク質・ペプチド: Proliferation-associated protein 2G4
キーワードribosome pre-ribosome pre-60S factors
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal large subunit binding / preribosome, large subunit precursor / ribosomal subunit export from nucleus / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosomal large subunit biogenesis ...maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal large subunit binding / preribosome, large subunit precursor / ribosomal subunit export from nucleus / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / positive regulation of cell differentiation / rRNA processing / transcription corepressor activity / azurophil granule lumen / regulation of translation / nucleic acid binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PA2G4 family / : / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like ...PA2G4 family / : / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 6 / Proliferation-associated protein 2G4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.9 Å
データ登録者Bradatsch B / Leidig C / Granneman S / Gnaedig M / Tollervey D / Boettcher B / Beckmann R / Hurt E
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012
タイトル: Structure of the pre-60S ribosomal subunit with nuclear export factor Arx1 bound at the exit tunnel.
著者: Bettina Bradatsch / Christoph Leidig / Sander Granneman / Marén Gnädig / David Tollervey / Bettina Böttcher / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: Preribosomal particles evolve in the nucleus through transient interaction with biogenesis factors before export to the cytoplasm. Here, we report the architecture of the late pre-60S particle, ...Preribosomal particles evolve in the nucleus through transient interaction with biogenesis factors before export to the cytoplasm. Here, we report the architecture of the late pre-60S particle, purified from Saccharomyces cerevisiae, through Arx1, a nuclear export factor with structural homology to methionine aminopeptidases, or its binding partner Alb1. Cryo-EM reconstruction of the Arx1 particle at 11.9-Å resolution reveals regions of extra density on the pre-60S particle attributed to associated biogenesis factors, confirming the immature state of the nascent subunit. One of these densities could be unambiguously assigned to Arx1. Immunoelectron microscopy and UV cross-linking localize Arx1 close to the ribosomal exit tunnel, in direct contact with ES27, a highly dynamic eukaryotic rRNA expansion segment. The binding of Arx1 at the exit tunnel may position this export factor to prevent premature recruitment of ribosome-associated factors active during translation.
履歴
登録2012年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年10月31日-
マップ公開2012年11月7日-
更新2012年11月28日-
現状2012年11月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.48
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  • 原子モデル: PDB-3j2i
  • 表面レベル: 0.48
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  • 原子モデルPDB-3j2i
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5513.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5513.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of pre-60S ribosomal subunits with nuclear export factor Arx1 bound at the peptide exit tunnel
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2375 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.5 / ムービー #1: 0.48
最小 - 最大-1.01602316 - 3.0163188
平均 (標準偏差)-0.00301202 (±0.21357282)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-184-184-183
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 455.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.23751.23751.2375
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z455.400455.400455.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-184-184-183
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-1.0163.016-0.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : pre-60S particle

全体名称: pre-60S particle
要素
  • 試料: pre-60S particle
  • 複合体: Pre-60S particle
  • タンパク質・ペプチド: Proliferation-associated protein 2G4

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超分子 #1000: pre-60S particle

超分子名称: pre-60S particle / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.3 MDa / 理論値: 1.3 MDa

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超分子 #1: Pre-60S particle

超分子名称: Pre-60S particle / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: pre-60S / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast

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分子 #1: Proliferation-associated protein 2G4

分子名称: Proliferation-associated protein 2G4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Ebp1 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM NaCl, 1.5 mM or 5 mM MgCl2, 0.075% (v/v) NP-40
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 95000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
日付2012年4月6日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Subvolumes
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Signature, Spider, Chimera / 使用した粒子像数: 100000
詳細The particles were selected using an automatic selection program

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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