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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5120 | |||||||||
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タイトル | Clathrin D6 coat with auxilin J-domain | |||||||||
![]() | This is a volume of clathrin D6 coat bound with auxilin | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() regulation of clathrin coat assembly / Retrograde neurotrophin signalling / Recycling pathway of L1 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOU GTPase cycle ...regulation of clathrin coat assembly / Retrograde neurotrophin signalling / Recycling pathway of L1 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / Lysosome Vesicle Biogenesis / clathrin light chain binding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fotin A / Cheng Y / Sliz P / Grigorieff N / Harrison SC / Kirchhausen T / Walz T | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of an auxilin-bound clathrin coat and its implications for the mechanism of uncoating. 著者: Alexander Fotin / Yifan Cheng / Nikolaus Grigorieff / Thomas Walz / Stephen C Harrison / Tomas Kirchhausen / ![]() 要旨: Clathrin-coated pits invaginate from specific membrane compartments and pinch off as coated vesicles. These vesicles then uncoat rapidly once released. The Hsc70 molecular chaperone effects the ...Clathrin-coated pits invaginate from specific membrane compartments and pinch off as coated vesicles. These vesicles then uncoat rapidly once released. The Hsc70 molecular chaperone effects the uncoating reaction, and is guided to appropriate locations on clathrin lattices by the J-domain-containing co-chaperone molecule auxilin. This raises the question of how a local event such as ATP hydrolysis by Hsc70 can catalyse a global disassembly. Here, we have used electron cryomicroscopy to determine 12-A-resolution structures of in-vitro-assembled clathrin coats in association with a carboxy-terminal fragment of auxilin that contains both the clathrin-binding region and the J domain. We have located the auxilin fragment by computing differences between these structures and those lacking auxilin (described in an accompanying paper). Auxilin binds within the clathrin lattice near contacts between an inward-projecting C-terminal helical tripod and the crossing of two 'ankle' segments; it also contacts the terminal domain of yet another clathrin 'leg'. It therefore recruits Hsc70 to the neighbourhood of a set of critical interactions. Auxilin binding produces a local change in heavy-chain contacts, creating a detectable global distortion of the clathrin coat. We propose a mechanism by which local destabilization of the lattice promotes general uncoating. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 7.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | This is a volume of clathrin D6 coat bound with auxilin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : CLATHRIN COATS BOUND WITH AUXILIN(547-910)
全体 | 名称: CLATHRIN COATS BOUND WITH AUXILIN(547-910) |
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要素 |
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-超分子 #1000: CLATHRIN COATS BOUND WITH AUXILIN(547-910)
超分子 | 名称: CLATHRIN COATS BOUND WITH AUXILIN(547-910) / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Clathrin coats assembled from clathrin and AP-2 with excess of Auxilin(547-910) added Number unique components: 9 |
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-分子 #1: clathrin coat bound with Auxilin
分子 | 名称: clathrin coat bound with Auxilin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: clathrin coat bound with Auxilin / コピー数: 108 / 集合状態: D6 assemble / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 詳細: 20 mM Hepes, pH7.0, 2mM MgCl2,25mM KCl, 10mM (NH4)2SO4 |
グリッド | 詳細: holey carbon grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 93 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 51159 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダー: side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 平均: 93 K |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 190 / Od range: 1.4 / ビット/ピクセル: 8 |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: CTF correction of each particle. |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Frealign / 使用した粒子像数: 900 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | (PDB ID: , , ) |
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ソフトウェア | 名称: O |
詳細 | Protocol: Rigid Body. various segment of clathrin heavy chain were separately fitted by manual docking using program O, and fitting was improved by MAVE |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: DENSITY CORRELATION |
得られたモデル | ![]() PDB-1xi5: |