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万見
- EMDB-4978: expanded bat circovirus with DNA VLP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4978
タイトルexpanded bat circovirus with DNA VLP
マップデータexpanded bat circovirus with DNA VLP
試料
  • ウイルス: Bat circovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
キーワードexpanded bat circovirus with DNA VLP / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子)
機能・相同性Circovirus capsid protein / Circovirus capsid superfamily / Circovirus capsid protein / viral capsid assembly / T=1 icosahedral viral capsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / カプシド / カプシド
機能・相同性情報
生物種Bat circovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Forwood JK / Luque D
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: expanded bat circovirus with DNA VLP
著者: Forwood JK / Luque D / Mata CP / Das S / Raidal S
履歴
登録2019年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月22日-
マップ公開2020年11月25日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.063
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.063
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rpl
  • 表面レベル: 0.063
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6rpl
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4978.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4978.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈expanded bat circovirus with DNA VLP
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.063 / ムービー #1: 0.063
最小 - 最大-0.21447313 - 0.4644298
平均 (標準偏差)0.002109875 (±0.033386238)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 274.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.371.371.37
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z274.000274.000274.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.2140.4640.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bat circovirus

全体名称: Bat circovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Bat circovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド

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超分子 #1: Bat circovirus

超分子名称: Bat circovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1329650 / 生物種: Bat circovirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
分子量理論値: 1.42 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 200.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bat circovirus (ウイルス)
分子量理論値: 27.754744 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVYRRRRGRG RRARPMSSLG RLLYRKPWLM HPRFRARYRW RRKNGITNLR LTRQVELWVP KDAANASFYV NHYTFDLDDF IPAGTQLNS SPLPFKYYRI RKVKVEFQPR LPITSPFRGY GSTVPILDGA FVTPATGESD PIWDPYINFS GRHVIRTPAW Y HKRYFTPK ...文字列:
MVYRRRRGRG RRARPMSSLG RLLYRKPWLM HPRFRARYRW RRKNGITNLR LTRQVELWVP KDAANASFYV NHYTFDLDDF IPAGTQLNS SPLPFKYYRI RKVKVEFQPR LPITSPFRGY GSTVPILDGA FVTPATGESD PIWDPYINFS GRHVIRTPAW Y HKRYFTPK PLIDGNTGFF QPNNKQNALW FPNKQGQNIQ WSGLGFAMQK GNEAYNYQVR FTLYVQFREF DLFNN

UniProtKB: カプシド

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 73000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 524 / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 195079
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 38151

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 171
得られたモデル

PDB-6rpl:
Expanded bat circovirus with DNA VLP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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