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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4903 | |||||||||||||||
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タイトル | Echovirus 1 intact particle | |||||||||||||||
![]() | E1 control | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Domanska A / Ruokolainen VP | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 1996 タイトル: A pseudo-cell based approach to efficient crystallographic refinement of viruses. 著者: D H Jacobson / J M Hogle / D J Filman / ![]() 要旨: Strategies have been developed for the inexpensive refinement of atomic models of viruses and of other highly symmetric structures. These methods, which have been used in the refinement of several ...Strategies have been developed for the inexpensive refinement of atomic models of viruses and of other highly symmetric structures. These methods, which have been used in the refinement of several strains of poliovirus, focus on an arbitrary-sized parallelepiped (termed the 'protomer' box) containing a single complete averaged copy of the structural motif which forms the protein capsid, together with the fragments of other symmetry-related copies of the motif which are located in its immediate neighborhood. The Fourier transform of the protomer box provides reference structure factors for stereochemically restrained crystallographic refinement of the atomic model parameters. The phases of the reference structure factors are based on the averaged map, and are not permitted to change during the refinement. It is demonstrated that models refined using the protomer box methods do not differ significantly from models refined by more expensive full-cell calculations. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 221.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.1 KB 23.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 134.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 192.1 MB 192.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6rjfMC ![]() 0565C ![]() 6o06C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 2.4 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of control Echovirus 1 [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned multi-frame micrographs of control Echovirus 1 [micrographs - multiframe] Data #3: Unaligned multi-frame micrographs of treated Echovirus 1 (expanded particle) [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | E1 control | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: E1 control half map 2
ファイル | emd_4903_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | E1 control half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: E1 control half map
ファイル | emd_4903_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | E1 control half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Echovirus E1
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Echovirus E1
超分子 | 名称: Echovirus E1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 46633 / 生物種: Echovirus E1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: icosahedral / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 31.604373 KDa |
配列 | 文字列: GDVQNAVEGA MVRVADTVQT SATNSERVPN LTAVETGHTS QAVPGDTMQT RHVINNHVRS ESTIENFLAR SACVFYLEYK TGTKEDSNS FNNWVITTRR VAQLRRKLEM FTYLRFDMEI TVVITSSQDQ STSQNQNAPV LTHQIMYVPP GGPIPVSVDD Y SWQTSTNP ...文字列: GDVQNAVEGA MVRVADTVQT SATNSERVPN LTAVETGHTS QAVPGDTMQT RHVINNHVRS ESTIENFLAR SACVFYLEYK TGTKEDSNS FNNWVITTRR VAQLRRKLEM FTYLRFDMEI TVVITSSQDQ STSQNQNAPV LTHQIMYVPP GGPIPVSVDD Y SWQTSTNP SIFWTEGNAP ARMSIPFISI GNAYSNFYDG WSHFSQAGVY GFTTLNNMGQ LFFRHVNKPN PAAITSVARI YF KPKHVRA WVPRPPRLCP YINSTNVNFE PKPVTEVRTN IITT UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 28.87226 KDa |
配列 | 文字列: SPTVEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGEWPE YLSDNEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLDSVQ WENGSPGWWW KFPDALRDM GLFGQNMYYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCILVVCVPE AEMGSAQTSG VVNYEHISKG EIASRFTTTT T AEDHGVQA ...文字列: SPTVEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGEWPE YLSDNEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLDSVQ WENGSPGWWW KFPDALRDM GLFGQNMYYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCILVVCVPE AEMGSAQTSG VVNYEHISKG EIASRFTTTT T AEDHGVQA AVWNAGMGVG VGNLTIFPHQ WINLRTNNSA TIVMPYVNSV PMDNMYRHHN FTLMIIPFVP LDFSAGASTY VP ITVTVAP MCAEYNGLRL AGHQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: VP3
分子 | 名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 26.471074 KDa |
配列 | 文字列: GLPTMNTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMHIPGEV RNLMEIAEVD SVMPINNDSA AKVSSMEAYR VELSTNTNAG TQVFGFQLN PGAESVMNRT LMGEILNYYA HWSGSIKITF VFCGSAMTTG KFLLSYAPPG AGAPKTRKDA MLGTHVVWDV G LQSSCVLC ...文字列: GLPTMNTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMHIPGEV RNLMEIAEVD SVMPINNDSA AKVSSMEAYR VELSTNTNAG TQVFGFQLN PGAESVMNRT LMGEILNYYA HWSGSIKITF VFCGSAMTTG KFLLSYAPPG AGAPKTRKDA MLGTHVVWDV G LQSSCVLC IPWISQTHYR FVEKDPYTNA GFVTCWYQTS VVSPASNQPK CYMMCMVSAC NDFSVRMLRD TKFIEQTSFY Q UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #4: VP4
分子 | 名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 7.398131 KDa |
配列 | 文字列: GAQVSTQKTG AHETSLSATG NSIIHYTNIN YYKDAASNSA NRQDFTQDPG KFTEPMKDVM IKTLPALN |
-分子 #5: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PLM |
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分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PLM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: 2 mM magnesium chloride in PBS |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 979 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 45309 |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Used Relion initial model protocol |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称![]() |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-6rjf: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-6rjf: |