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- EMDB-4551: Near Atomic Structure of an Atadenovirus Shows a possible gene du... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4551
タイトルNear Atomic Structure of an Atadenovirus Shows a possible gene duplication event and Intergenera Variations in Cementing Proteins
マップデータCryo-EM structure of a lizard atadenovirus, LAdV-2, at 3.4 A resolution
試料
  • ウイルス: Lizard adenovirus 2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Protein LH3
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII
    • タンパク質・ペプチド: PIIIa
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
キーワードadenovirus atadenovirus virus evolution / VIRUS (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / endocytosis involved in viral entry into host cell / カプシド / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Adenovirus large t-antigen, E1B 55kDa protein / Adenovirus EB1 55K protein / large t-antigen / : / Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal ...Adenovirus large t-antigen, E1B 55kDa protein / Adenovirus EB1 55K protein / large t-antigen / : / Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
Penton protein / Pre-hexon-linking protein VIII / Protein LH3 / PIIIa / Hexon protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lizard adenovirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Condezo GN / Marabini R
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Near-atomic structure of an atadenovirus reveals a conserved capsid-binding motif and intergenera variations in cementing proteins.
著者: Roberto Marabini / Gabriela N Condezo / Mart Krupovic / Rosa Menéndez-Conejero / Josué Gómez-Blanco / Carmen San Martín /
要旨: Of five known adenovirus genera, high-resolution structures are available only for mammalian-infecting mastadenoviruses. We present the first high-resolution structure of an adenovirus with ...Of five known adenovirus genera, high-resolution structures are available only for mammalian-infecting mastadenoviruses. We present the first high-resolution structure of an adenovirus with nonmammalian host: lizard atadenovirus LAdV-2. We find a large conformational difference in the internal vertex protein IIIa between mast- and atadenoviruses, induced by the presence of an extended polypeptide. This polypeptide, and α-helical clusters beneath the facet, likely correspond to genus-specific proteins LH2 and p32k. Another genus-specific protein, LH3, with a fold typical of bacteriophage tailspikes, contacts the capsid surface via a triskelion structure identical to that used by mastadenovirus protein IX, revealing a conserved capsid-binding motif and an ancient gene duplication event. Our data also suggest that mastadenovirus E1B-55 K was exapted from the atadenovirus-like LH3 protein. This work provides new information on the evolution of adenoviruses, emphasizing the importance of minor coat proteins for determining specific physicochemical properties of virions and most likely their tropism.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Near Atomic Structure of an Atadenovirus Reveals a Conserved Capsid-Binding Motif and Intergenera Variations in Cementing Proteins
著者: Marabini R / Condezo GN / Gomez-Blanco J / San Martin C
履歴
登録2019年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月20日-
マップ公開2020年8月5日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qi5
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6qi5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4551.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4551.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of a lizard atadenovirus, LAdV-2, at 3.4 A resolution
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.2957798 - 0.5360727
平均 (標準偏差)0.0033348403 (±0.038650833)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-390-390-390
サイズ780780780
Spacing780780780
セルA=B=C: 1053.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z780780780
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1053.0001053.0001053.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ352352352
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-390-390-390
NC/NR/NS780780780
D min/max/mean-0.2960.5360.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lizard adenovirus 2

全体名称: Lizard adenovirus 2 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Lizard adenovirus 2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Protein LH3
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII
    • タンパク質・ペプチド: PIIIa
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein

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超分子 #1: Lizard adenovirus 2

超分子名称: Lizard adenovirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 874272 / 生物種: Lizard adenovirus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Heloderma horridum (メキシコドクトカゲ)
分子量理論値: 150 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 940.0 Å / T番号(三角分割数): 25

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分子 #1: Hexon protein

分子名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lizard adenovirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 101.86193 KDa
配列文字列: MEPQREFFHI AGRSAKEYLS ENLVQFIQAT QNYFNIGEKF RDPYVAPSAG VTTDRSQKLQ LRVVPIQTED NVNYYKARFT LNVGDNRLV DLGSSYFDIK GTLDRGPSFK PYGGTAYNPL APKSAPINSA FTVGNDTHFV AQLPQTYAAG GTGVTEAIQQ Q VSGVDPNP ...文字列:
MEPQREFFHI AGRSAKEYLS ENLVQFIQAT QNYFNIGEKF RDPYVAPSAG VTTDRSQKLQ LRVVPIQTED NVNYYKARFT LNVGDNRLV DLGSSYFDIK GTLDRGPSFK PYGGTAYNPL APKSAPINSA FTVGNDTHFV AQLPQTYAAG GTGVTEAIQQ Q VSGVDPNP QVGQPNYAGP VVVNTTNNAG LGRIVSADSE GQQFPCYGAY APPQSAGGDV STAAVTKTYI NTTNNNGRVS GT MATDTIT WENPDAHFAD FVDDRRATAA GNRPNYIGFR DNFIGMMYYN SGSNTGSFSS QTQQLNIVLD LNDRNSELSY QYL LADLTS RWHYFALWNQ AVDDYDHHVR ILENDGYEEG PPNLAFPPHV ISNPFAPAAV GTGMTVNEQQ QTAAVTANTV ALIG YGNIP AVEMNLPANL KRTFLYSNVA MYLPDTYKFT PANVDLPENH LSYGYINGRL PLPNIVDTWT DIGARWSLDV MDTVN PFNH HRNTGLKYRS QLLGNGRYCD FHIQVPQKFF AIKNLLLLPG TYNYEWYFRK DPNMVLQSTL GNDLRADGAS ITYTQI NLY VSFFPMNYDT QSELELMLRN ATNDQNFSDY LGAVNNLYQI PAGSSTVVVN IPDRSWGAFR GWSFTRLKVS ETPRIGA TQ DPNFQYSGSI PYLDGTFYLS HTFQRCSIQW DSSVPWPGND RMLTPNWFEI KRPINQDAEG NDTMQSNLTK DFFMVQMA A SYNQGYQGFN WPNCTKHYGF INNFEPMSRQ VPEYGANYPN LMAAYLANPQ TMPIWNNCGF QQKTATNVLL ERCGHPYVA NWPYPLSGRN AVPNQVTERK FLVDRYLWQI PFSSNFLNMG TLTDLGQNVM YANSSHSLNM QFTVDPMTEP TYLMLLFGVF DQVVINQPT RSGISVAYLR LPFASGSAAT

UniProtKB: Hexon protein

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分子 #2: Protein LH3

分子名称: Protein LH3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lizard adenovirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 41.158344 KDa
配列文字列: MTSVEELYVI NPINQWPAPG SFSSQKPPGT LLPGEDPEAV FKQYHVVYLV PGAQYHWKNI LIEKPVWIYG NGATVRTSGT GPILRIVGN RTEKRDVRIQ DISFFGEDCT PNRMEPMSEK LVYQMAIWVT DMKRVTIKGC NFTNFAGAAV FFEETAYNGF F WSMQHLIT ...文字列:
MTSVEELYVI NPINQWPAPG SFSSQKPPGT LLPGEDPEAV FKQYHVVYLV PGAQYHWKNI LIEKPVWIYG NGATVRTSGT GPILRIVGN RTEKRDVRIQ DISFFGEDCT PNRMEPMSEK LVYQMAIWVT DMKRVTIKGC NFTNFAGAAV FFEETAYNGF F WSMQHLIT ECRFTGCRIG IANGGRSEYS TASFNNFFDC QICFNVVGGN WNRCGNIAAN CRCVYLHTTN MWYEGAGGNF NA AHGSFTG NTMNHCDYGG NLWPTAFQLP DREIQLAGFY FDNARARCPT WTGNTQYYGD MKILNFNQAN DAAIFVIDGC ALY GQPGDT GSIETTAALT DKVFIQGCQG NKVTLFNIKA ANVVPAIGTI KQKP

UniProtKB: Protein LH3

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分子 #3: Pre-hexon-linking protein VIII

分子名称: Pre-hexon-linking protein VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lizard adenovirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 30.744453 KDa
配列文字列: MDAPVTPYIW QYQPQTGKAA GARQNYGAVI NWLSADNNMF HRVQTVNRAR NLIDEIREET VRPDLAASFN DWTYDQLTQP PGTAYLPAP DPLTGPTTIR DKVLSAEGEQ LAGSRPSVLH GGASLPPSAY SLGDGREYMK LTRDALPFPQ NWMVKENGVW T PIVEQRAA ...文字列:
MDAPVTPYIW QYQPQTGKAA GARQNYGAVI NWLSADNNMF HRVQTVNRAR NLIDEIREET VRPDLAASFN DWTYDQLTQP PGTAYLPAP DPLTGPTTIR DKVLSAEGEQ LAGSRPSVLH GGASLPPSAY SLGDGREYMK LTRDALPFPQ NWMVKENGVW T PIVEQRAA LRGGSANALS SYPTLLFNQP PILRYRRPGQ QLQGSGVIAP SSKVLSLLSE APRIPRTEGM TPYQFANSFP PV VYEDPFS QNLAVFPKEF SPLFEPENQV LASSLATLQY N

UniProtKB: Pre-hexon-linking protein VIII

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分子 #4: PIIIa

分子名称: PIIIa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lizard adenovirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 67.049266 KDa
配列文字列: MDPGLKPSSL WTHKIIDSII ANRSLSAVQN FRKQPLANKL TALEDAIVQP RKDTTPETVA AILQELVAMG ALQPNEVGPM FSDLMIRVH KYNSTNVQNN LSVLLGDIRA AQSEAIRSTN VGELSNQVVL NDFLSREPAV VPQGQHNYEA FKQTLRLMVN E APNVTLFK ...文字列:
MDPGLKPSSL WTHKIIDSII ANRSLSAVQN FRKQPLANKL TALEDAIVQP RKDTTPETVA AILQELVAMG ALQPNEVGPM FSDLMIRVH KYNSTNVQNN LSVLLGDIRA AQSEAIRSTN VGELSNQVVL NDFLSREPAV VPQGQHNYEA FKQTLRLMVN E APNVTLFK SGPDTLMQVN IRGVNTVNLN SAFKNLKNFW GVQLDTEIVP GSISSKLSSN TRVLLLFLAP FTNDSTFTPD TF ISQIMRL YRETVAASIE QPQETELEVA ETIRELGGDV EDIGRTMAFL LKNKEEIVSN PRTLSPRQLN VLRYVQESLQ DRI DRNGEE PEDALRNLVF SFAPSYFEAN GPFIRRLISY LEVALINSPN YFREIYSNKY WTPPASFWTQ NYGDFHLERE AEAE RRAAS EAGYGDFEEG DFALPDNLGE GSDLAWDDFN TAMSPSVPPT PSVRSAPASL SYGRTSPSSV SSLTASDRNI GATLA RAVI PPAAAAIGSA AGEALYPSLG QYLAPAASLA ATRLLNLTRA RRQRLKRDSL ARHRRITEVR GVYPKAAPTR SSSSSS VSS TPTVFEPLPG AFSVINPLMR PEGDRDVSGT GIVNPFSHLK PRNGLQ

UniProtKB: PIIIa

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分子 #5: Penton protein

分子名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lizard adenovirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 50.619848 KDa
配列文字列: MEVYVPPPRV MAPTEGRNSI SYNPIAPLQD TTHIYIIDNK TSDIENLNIH KDHSNFYTNI VQNVDVAPSD AATQTIKLDE RSRWGGELH TILKTNAPNV TEFFNSNSFK ALLMSDKTDP ANPVYTWFEL SIPEGDYTVG SLIDMLNNAV VENYLEVGRQ K GVQISDIG ...文字列:
MEVYVPPPRV MAPTEGRNSI SYNPIAPLQD TTHIYIIDNK TSDIENLNIH KDHSNFYTNI VQNVDVAPSD AATQTIKLDE RSRWGGELH TILKTNAPNV TEFFNSNSFK ALLMSDKTDP ANPVYTWFEL SIPEGDYTVG SLIDMLNNAV VENYLEVGRQ K GVQISDIG VKFDTRNFSL GRDPLTSLVT PGNYTFKAFH PDIVLLPGCG VDFTHSRINN MLGMRKRFPY EPGYVITYED LV GGNIPAL LDLAKYPGET SPVLQDPDGN SYHVEEVSPK KWQTKYRSWC LAYNSSQGTL KSEQILTVPD ITGGLGQLYW SLP DAFKPP VTFTNNTTDI STQPVTGMHL FPLSQRIVYN TSAVYAQLVE QMTNNTKVFN RFPKNAILMQ PPYDTTQWIS ENVP YVADH GIQPLKNSLT GVQRVTLTDD RRRSCPYIYK TLATVTPKVL SSATLQ

UniProtKB: Penton protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/4 / 材質: COPPER/RHODIUM
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア: (名称: RELION, Scipion)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア: (名称: RELION, Scipion)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: RELION, Scipion) / 使用した粒子像数: 16071
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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