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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4544 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (map 2) | ||||||||||||
![]() | For optimal visualization of all eIF2 alpha and gamma and beta, gauss-filter the map by 1.34 and display it at 0.025 contour level | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() negative regulation of cellular response to amino acid starvation / Cellular response to mitochondrial stress / Recycling of eIF2:GDP / selenocysteine metabolic process / ABC-family proteins mediated transport / methionyl-initiator methionine tRNA binding / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Llacer JL / Gordiyenko Y / Ramakrishnan V | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the inhibition of translation through eIF2α phosphorylation. 著者: Yuliya Gordiyenko / José Luis Llácer / V Ramakrishnan / ![]() ![]() 要旨: One of the responses to stress by eukaryotic cells is the down-regulation of protein synthesis by phosphorylation of translation initiation factor eIF2. Phosphorylation results in low availability of ...One of the responses to stress by eukaryotic cells is the down-regulation of protein synthesis by phosphorylation of translation initiation factor eIF2. Phosphorylation results in low availability of the eIF2 ternary complex (eIF2-GTP-tRNAi) by affecting the interaction of eIF2 with its GTP-GDP exchange factor eIF2B. We have determined the cryo-EM structure of yeast eIF2B in complex with phosphorylated eIF2 at an overall resolution of 4.2 Å. Two eIF2 molecules bind opposite sides of an eIF2B hetero-decamer through eIF2α-D1, which contains the phosphorylated Ser51. eIF2α-D1 is mainly inserted between the N-terminal helix bundle domains of δ and α subunits of eIF2B. Phosphorylation of Ser51 enhances binding to eIF2B through direct interactions of phosphate groups with residues in eIF2Bα and indirectly by inducing contacts of eIF2α helix 58-63 with eIF2Bδ leading to a competition with Met-tRNA. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 75.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 30.2 KB 30.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 148.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 73 MB 73 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6qg1MC ![]() 4543C ![]() 4545C ![]() 4546C ![]() 4547C ![]() 4548C ![]() 6qg0C ![]() 6qg2C ![]() 6qg3C ![]() 6qg5C ![]() 6qg6C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | For optimal visualization of all eIF2 alpha and gamma and beta, gauss-filter the map by 1.34 and display it at 0.025 contour level | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4544_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4544_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model 2)
全体 | 名称: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model 2) |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model 2)
超分子 | 名称: Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model 2) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 837 KDa |
-分子 #1: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
分子 | 名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 34.062027 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSEFNITETY LRFLEEDTEM TMPIAAIEAL VTLLRIKTPE TAAEMINTIK SSTEELIKSI PNSVSLRAGC DIFMRFVLRN LHLYGDWEN CKQHLIENGQ LFVSRAKKSR NKIAEIGVDF IADDDIILVH GYSRAVFSLL NHAANKFIRF RCVVTESRPS K QGNQLYTL ...文字列: MSEFNITETY LRFLEEDTEM TMPIAAIEAL VTLLRIKTPE TAAEMINTIK SSTEELIKSI PNSVSLRAGC DIFMRFVLRN LHLYGDWEN CKQHLIENGQ LFVSRAKKSR NKIAEIGVDF IADDDIILVH GYSRAVFSLL NHAANKFIRF RCVVTESRPS K QGNQLYTL LEQKGIPVTL IVDSAVGAVI DKVDKVFVGA EGVAESGGII NLVGTYSVGV LAHNARKPFY VVTESHKFVR MF PLSSDDL PMAGPPLDFT RRTDDLEDAL RGPTIDYTAQ EYITALITDL GVLTPSAVSE ELIKMWYD |
-分子 #2: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
分子 | 名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 42.621441 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSSQAFTSVH PNAATSDVNV TIDTFVAKLK RRQVQGSYAI ALETLQLLMR FISAARWNHV NDLIEQIRDL GNSLEKAHPT AFSCGNVIR RILAVLRDEV EEDTMSTTVT STSVAEPLIS SMFNLLQKPE QPHQNRKNSS GSSSMKTKTD YRQVAIQGIK D LIDEIKNI ...文字列: MSSQAFTSVH PNAATSDVNV TIDTFVAKLK RRQVQGSYAI ALETLQLLMR FISAARWNHV NDLIEQIRDL GNSLEKAHPT AFSCGNVIR RILAVLRDEV EEDTMSTTVT STSVAEPLIS SMFNLLQKPE QPHQNRKNSS GSSSMKTKTD YRQVAIQGIK D LIDEIKNI DEGIQQIAID LIHDHEILLT PTPDSKTVLK FLITARERSN RTFTVLVTEG FPNNTKNAHE FAKKLAQHNI ET LVVPDSA VFALMSRVGK VIIGTKAVFV NGGTISSNSG VSSVCECARE FRTPVFAVAG LYKLSPLYPF DVEKFVEFGG SQR ILPRMD PRKRLDTVNQ ITDYVPPENI DIYITNVGGF NPSFIYRIAW DNYKQIDVHL DKNKA |
-分子 #3: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
分子 | 名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 65.76832 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSIQAFVFCG KGSNLAPFTQ PDFPFQTQNK DSTAATSGDK LNELVNSALD STVINEFMQH STRLPKALLP IGNRPMIEYV LDWCDQADF KEISVVAPVD EIELIESGLT SFLSLRKQQF ELIYKALSNS NHSHHLQDPK KINFIPSKAN STGESLQKEL L PRINGDFV ...文字列: MSIQAFVFCG KGSNLAPFTQ PDFPFQTQNK DSTAATSGDK LNELVNSALD STVINEFMQH STRLPKALLP IGNRPMIEYV LDWCDQADF KEISVVAPVD EIELIESGLT SFLSLRKQQF ELIYKALSNS NHSHHLQDPK KINFIPSKAN STGESLQKEL L PRINGDFV ILPCDFVTDI PPQVLVDQFR NRDDNNLAMT IYYKNSLDSS IDKKQQQKQK QQQFFTVYSE NEDSERQPIL LD VYSQRDV TKTKYLQIRS HLLWNYPNLT VSTKLLNSFI YFCSFELCQL LKLGPQSMSR QASFKDPFTG NQQQQNPPTT DDD EDRNHD DDDDYKPSAT SIQPTYFKKK NDLILDPINC NKSLSKVFRD LSRRSWQHSK PREPIGIFIL PNETLFIRAN NLNA YMDAN RFVLKIKSQT MFTKNIQIQS AAIGADAIVD PKCQISAHSN VKMSVLGTQA NIGSRCRVAG SLLFPGVHLG DEVIL ENCI IGPMAKIGSK CKLSNCYIEG HYVVEPKNNF KGETLANVYL DEDEEDELIY DDSVIAGESE IAEETDSDDR SDEDSD DSE YTDEYEYEDD GLFER |
-分子 #4: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
分子 | 名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 70.945195 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSESEAKSRS ATPPSKAKQA TPTTTAAANG EKKLTNKELK ELKKQEKAAK RAAMKQANGI SIEQQQQQAQ MKKEKKQLQR EQQQKREQK QKNANKKKQN ERNVKKSTLF GHLETTEERR ATILALTSAV SSPKTSRITA AGLMVPVVAS ALSGSNVLTA S SLMPVGPN ...文字列: MSESEAKSRS ATPPSKAKQA TPTTTAAANG EKKLTNKELK ELKKQEKAAK RAAMKQANGI SIEQQQQQAQ MKKEKKQLQR EQQQKREQK QKNANKKKQN ERNVKKSTLF GHLETTEERR ATILALTSAV SSPKTSRITA AGLMVPVVAS ALSGSNVLTA S SLMPVGPN ASSTVSASAP ASTTTTLPAS SAALSAGTSS ASTNTPTAIQ QEIASSNASD VAKTLASISL EAGEFNVIPG IS SVIPTVL EQSFDNSSLI SSVKELLLNK DLIHPSILLL TSHLAHYKIV GSIPRCIAML EVFQIVIKDY QTPKGTTLSR NLT SYLSHQ IDLLKKARPL SVTMGNAIRW LKQEISLIDP STPDKAAKKD LCEKIGQFAK EKIELADQLI IDNASTQIEE STTI VTYGS SKVLTELLLH NAISLKKNIK VIVVDSRPLF EGRKMAETLR NAGVNVMYAL ITSLDTIFNM DVDYVFLGAH SILSN GFLY SRAGTAMLAM SAKRRNIPVL VCCESLKFSQ RVQLDSVTFN ELADPNDLVN IDYENPVERR GNKGALLNQF IKERKF EKK KLAMENKPKG NKIGGKKGSE GESKDASNEE DSNSKNILDG WQELPSLNIV NILYDLTPPE YIKKVITEFG ALPPSSV PV ILREYKGSA |
-分子 #5: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
分子 | 名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 81.249062 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAGKKGQKKS GLGNHGKNSD MDVEDRLQAV VLTDSYETRF MPLTAVKPRC LLPLANVPLI EYTLEFLAKA GVHEVFLICS SHANQINDY IENSKWNLPW SPFKITTIMS PEARCTGDVM RDLDNRGIIT GDFILVSGDV LTNIDFSKML EFHKKMHLQD K DHISTMCL ...文字列: MAGKKGQKKS GLGNHGKNSD MDVEDRLQAV VLTDSYETRF MPLTAVKPRC LLPLANVPLI EYTLEFLAKA GVHEVFLICS SHANQINDY IENSKWNLPW SPFKITTIMS PEARCTGDVM RDLDNRGIIT GDFILVSGDV LTNIDFSKML EFHKKMHLQD K DHISTMCL SKASTYPKTR TIEPAAFVLD KSTSRCIYYQ DLPLPSSREK TSIQIDPELL DNVDEFVIRN DLIDCRIDIC TS HVPLIFQ ENFDYQSLRT DFVKGVISSD ILGKHIYAYL TDEYAVRVES WQTYDTISQD FLGRWCYPLV LDSNIQDDQT YSY ESRHIY KEKDVVLAQS CKIGKCTAIG SGTKIGEGTK IENSVIGRNC QIGENIRIKN SFIWDDCIIG NNSIIDHSLI ASNA TLGSN VRLNDGCIIG FNVKIDDNMD LDRNTKISAS PLKNAGSRMY DNESNEQFDQ DLDDQTLAVS IVGDKGVGYI YESEV SDDE DSSTEACKEI NTLSNQLDEL YLSDDSISSA TKKTKKRRTM SVNSIYTDRE EIDSEFEDED FEKEGIATVE RAMENN HDL DTALLELNTL RMSMNVTYHE VRIATITALL RRVYHFIATQ TLGPKDAVVK VFNQWGLLFK RQAFDEEEYI DLMNIIM EK IVEQSFDKPD LILFSALVSL YDNDIIEEDV IYKWWDNVST DPRYDEVKKL TVKWVEWLQN ADEESSSEEE |
-分子 #6: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
分子 | 名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 34.843633 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSTSHCRFYE NKYPEIDDIV MVNVQQIAEM GAYVKLLEYD NIEGMILLSE L(SEP)RRRIRSIQ KLIRVGKNDV AVVLRV DKE KGYIDLSKRR VSSEDIIKCE EKYQKSKTVH SILRYCAEKF QIPLEELYKT IAWPLSRKFG HAYEAFKLSI IDETVWE GI ...文字列: MSTSHCRFYE NKYPEIDDIV MVNVQQIAEM GAYVKLLEYD NIEGMILLSE L(SEP)RRRIRSIQ KLIRVGKNDV AVVLRV DKE KGYIDLSKRR VSSEDIIKCE EKYQKSKTVH SILRYCAEKF QIPLEELYKT IAWPLSRKFG HAYEAFKLSI IDETVWE GI EPPSKDVLDE LKNYISKRLT PQAVKIRADV EVSCFSYEGI DAIKDALKSA EDMSTEQMQV KVKLVAAPLY VLTTQALD K QKGIEQLESA IEKITEVITK YGGVCNITMP PKAVTATEDA ELQALLESKE LDNRSDSEDD EDESDDE |
-分子 #7: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
分子 | 名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 57.942699 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSDLQDQEPS IIINGNLEPV GEPDIVEETE VVAQETQETQ DADKPKKKVA FTGLEEDGET EEEKRKREFE EGGGLPEQPL NPDFSKLNP LSAEIINRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVRA ISGVQTVRFK DELERNITIK LGYANAKIYK CQEPTCPEPD C YRSFKSDK ...文字列: MSDLQDQEPS IIINGNLEPV GEPDIVEETE VVAQETQETQ DADKPKKKVA FTGLEEDGET EEEKRKREFE EGGGLPEQPL NPDFSKLNP LSAEIINRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVRA ISGVQTVRFK DELERNITIK LGYANAKIYK CQEPTCPEPD C YRSFKSDK EISPKCQRPG CPGRYKLVRH VSFVDCPGHD ILMSTMLSGA AVMDAALLLI AGNESCPQPQ TSEHLAAIEI MK LKHVIIL QNKVDLMREE SALEHQKSIL KFIRGTIADG APIVPISAQL KYNIDAVNEF IVKTIPVPPR DFMISPRLIV IRS FDVNKP GAEIEDLKGG VAGGSILNGV FKLGDEIEIR PGIVTKDDKG KIQCKPIFSN IVSLFAEQND LKFAVPGGLI GVGT KVDPT LCRADRLVGQ VVGAKGHLPN IYTDIEINYF LLRRLLGVKT DGQKQAKVRK LEPNEVLMVN IGSTATGARV VAVKA DMAR LQLTSPACTE INEKIALSRR IEKHWRLIGW ATIKKGTTLE PIA |
-分子 #8: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
分子 | 名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 31.631309 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSSDLAAELG FDPALKKKKK TKKVIPDDFD AAVNGKENGS GDDLFAGLKK KKKKSKSVSA DAEAEKEPTD DIAEALGELS LKKKKKKTK DSSVDAFEKE LAKAGLDNVD AESKEGTPSA NSSIQQEVGL PYSELLSRFF NILRTNNPEL AGDRSGPKFR I PPPVCLRD ...文字列: MSSDLAAELG FDPALKKKKK TKKVIPDDFD AAVNGKENGS GDDLFAGLKK KKKKSKSVSA DAEAEKEPTD DIAEALGELS LKKKKKKTK DSSVDAFEKE LAKAGLDNVD AESKEGTPSA NSSIQQEVGL PYSELLSRFF NILRTNNPEL AGDRSGPKFR I PPPVCLRD GKKTIFSNIQ DIAEKLHRSP EHLIQYLFAE LGTSGSVDGQ KRLVIKGKFQ SKQMENVLRR YILEYVTCKT CK SINTELK REQSNRLFFM VCKSCGSTRS VSSIKTGFQA TVGKRRRM |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.17 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: OTHER / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 4523 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 詳細: Particles from counting (1241 images) and integrating (3282 images) mode data collections were merged. When in counting mode 60 sec images were recorded (dose 21e-/A2) and when in integrating ...詳細: Particles from counting (1241 images) and integrating (3282 images) mode data collections were merged. When in counting mode 60 sec images were recorded (dose 21e-/A2) and when in integrating mode 1.1 sec images were recorded (dose 45e-/A2) |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 633220 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: Low pass filtered to 60 angstrom |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称![]() |
詳細 | FEI Falcon III |