[日本語] English
万見
- EMDB-42476: PLCb3-Gbg-Gaq complex on membranes -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42476
タイトルPLCb3-Gbg-Gaq complex on membranes
マップデータ
試料
  • 複合体: PLCb3-Gbg-Gaq complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TETRAFLUOROALUMINATE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: water水
キーワードPLCb3 / Gbg / Gaq / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / phosphoinositide phospholipase C / Acetylcholine regulates insulin secretion / PLC beta mediated events / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / regulation of platelet activation / regulation of systemic arterial blood pressure / entrainment of circadian clock / phototransduction, visible light ...Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / phosphoinositide phospholipase C / Acetylcholine regulates insulin secretion / PLC beta mediated events / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / regulation of platelet activation / regulation of systemic arterial blood pressure / entrainment of circadian clock / phototransduction, visible light / phosphatidylinositol phospholipase C activity / phospholipase C activity / glutamate receptor signaling pathway / regulation of canonical Wnt signaling pathway / postsynaptic cytosol / 活動電位 / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / phosphatidylinositol-mediated signaling / : / photoreceptor outer segment / lipid catabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / GTPase activator activity / molecular function activator activity / G protein-coupled receptor binding / negative regulation of protein kinase activity / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / 凝固・線溶系 / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / GTPase binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / 核膜 / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / molecular adaptor activity / protein stabilization / calmodulin binding / cadherin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / シナプス / calcium ion binding / protein-containing complex binding / GTP binding / ゴルジ体 / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phospholipase C-beta, C-terminal domain / PLC-beta C terminal / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / PH domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / Phosphoinositide-specific phospholipase C, EF-hand-like domain / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / G-protein alpha subunit, group Q / Phosphoinositide phospholipase C family ...Phospholipase C-beta, C-terminal domain / PLC-beta C terminal / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / PH domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / Phosphoinositide-specific phospholipase C, EF-hand-like domain / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / G-protein alpha subunit, group Q / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / C2ドメイン / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2ドメイン / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / EF-hand domain pair / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma / Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Falzone ME / MacKinnon R
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM142137 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: The mechanism of regulation of -catalyzed hydrolysis.
著者: Maria E Falzone / Roderick MacKinnon /
要旨: () enzymes cleave phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate ( producing and (diacylglycerol). modulates the function of many ion channels, while and regulate intracellular Ca levels and protein ... () enzymes cleave phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate ( producing and (diacylglycerol). modulates the function of many ion channels, while and regulate intracellular Ca levels and protein phosphorylation by protein kinase C, respectively. enzymes are under the control of G protein coupled receptor signaling through direct interactions with G proteins and and have been shown to be coincidence detectors for dual stimulation of and -coupled receptors. are aqueous-soluble cytoplasmic enzymes but partition onto the membrane surface to access their lipid substrate, complicating their functional and structural characterization. Using newly developed methods, we recently showed that activates by recruiting it to the membrane. Using these same methods, here we show that increases the catalytic rate constant, , of . Since stimulation of by depends on an autoinhibitory element (the X-Y linker), we propose that produces partial relief of the X-Y linker autoinhibition through an allosteric mechanism. We also determined membrane-bound structures of the and complexes, which show that these G proteins can bind simultaneously and independently of each other to regulate activity. The structures rationalize a finding in the enzyme assay, that costimulation by both G proteins follows a product rule of each independent stimulus. We conclude that baseline activity of is strongly suppressed, but the effect of G proteins, especially acting together, provides a robust stimulus upon G protein stimulation.
履歴
登録2023年10月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2023年12月6日-
現状2023年12月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_42476.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42476.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 155.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.839 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0917
最小 - 最大-1.00423 - 1.3877876
平均 (標準偏差)0.00090857653 (±0.026403503)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ344344344
Spacing344344344
セルA=B=C: 288.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: #1

ファイルemd_42476_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_42476_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_42476_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : PLCb3-Gbg-Gaq complex

全体名称: PLCb3-Gbg-Gaq complex
要素
  • 複合体: PLCb3-Gbg-Gaq complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TETRAFLUOROALUMINATE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: PLCb3-Gbg-Gaq complex

超分子名称: PLCb3-Gbg-Gaq complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.41693 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

+
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.01531 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
GPMASNNTAS IAQARKLVEQ LKMEANIDRI KVSKAAADLM AYCEAHAKED PLLTPVPASE NPFREKKFFC AIL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma

+
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.676387 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPMACCLSEE AKEARRINDE IERQLRRDKR DARRELKLLL LGTGESGKST FIKQMRIIHG SGYSDEDKRG FTKLVYQNIF TAMQAMIRA MDTLKIPYKY EHNKAHAQLV REVDVEKVSA FENPYVDAIK SLWNDPGIQE CYDRRREYQL SDSTKYYLND L DRVADPAY ...文字列:
GPMACCLSEE AKEARRINDE IERQLRRDKR DARRELKLLL LGTGESGKST FIKQMRIIHG SGYSDEDKRG FTKLVYQNIF TAMQAMIRA MDTLKIPYKY EHNKAHAQLV REVDVEKVSA FENPYVDAIK SLWNDPGIQE CYDRRREYQL SDSTKYYLND L DRVADPAY LPTQQDVLRV RVPTTGIIEY PFDLQSVIFR MVDVGGQRSE RRKWIHCFEN VTSIMFLVAL SEYDQVLVES DN ENRMEES KALFRTIITY PWFQNSSVIL FLNKKDLLEE KIMYSHLVDY FPEYDGPQRD AQAAREFILK MFVDLNPDSD KII YSHFTC ATDTENIRFV FAAVKDTILQ LNLKEYNLV

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha

+
分子 #4: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3

分子名称: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphoinositide phospholipase C
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 139.104719 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPAMDPEFMA LQLEPPTVVE TLRRGSKFIK WDEETSSRNL VTLRVDPNGF FLYWTGPNME VDTLDISSIR DTRTGRYARL PKDPKIREV LGFGGPDARL EEKLMTVVSG PDPVNTVFLN FMAVQDDTAK VWSEELFKLA MNILAQNASR NTFLRKAYTK L KLQVNQDG ...文字列:
GPAMDPEFMA LQLEPPTVVE TLRRGSKFIK WDEETSSRNL VTLRVDPNGF FLYWTGPNME VDTLDISSIR DTRTGRYARL PKDPKIREV LGFGGPDARL EEKLMTVVSG PDPVNTVFLN FMAVQDDTAK VWSEELFKLA MNILAQNASR NTFLRKAYTK L KLQVNQDG RIPVKNILKM FSADKKRVET ALESCGLKFN RSESIRPDEF SLEIFERFLN KLCLRPDIDK ILLEIGAKGK PY LTLEQLM DFINQKQRDP RLNEVLYPPL RPSQARLLIE KYEPNQQFLE RDQMSMEGFS RYLGGEENGI LPLEALDLST DMT QPLSAY FINSSHNTYL TAGQLAGTSS VEMYRQALLW GCRCVELDVW KGRPPEEEPF ITHGFTMTTE VPLRDVLEAI AETA FKTSP YPVILSFENH VDSAKQQAKM AEYCRSIFGD ALLIEPLDKY PLAPGVPLPS PQDLMGRILV KNKKRHRPSA GGPDS AGRK RPLEQSNSAL SESSAATEPS SPQLGSPSSD SCPGLSNGEE VGLEKPSLEP QKSLGDEGLN RGPYVLGPAD REDEEE DEE EEEQTDPKKP TTDEGTASSE VNATEEMSTL VNYIEPVKFK SFEAARKRNK CFEMSSFVET KAMEQLTKSP MEFVEYN KQ QLSRIYPKGT RVDSSNYMPQ LFWNVGCQLV ALNFQTLDVA MQLNAGVFEY NGRSGYLLKP EFMRRPDKSF DPFTEVIV D GIVANALRVK VISGQFLSDR KVGIYVEVDM FGLPVDTRRK YRTRTSQGNS FNPVWDEEPF DFPKVVLPTL ASLRIAAFE EGGKFVGHRI LPVSAIRSGY HYVCLRNEAN QPLCLPALLI YTEASDYIPD DHQDYAEALI NPIKHVSLMD QRARQLAALI GESEAQAGQ ETCQDTQSQQ LGSQPSSNPT PSPLDASPRR PPGPTTSPAS TSLSSPGQRD DLIASILSEV APTPLDELRG H KALVKLRS RQERDLRELR KKHQRKAVTL TRRLLDGLAQ AQAEGRCRLR PGALGGAADV EDTKEGEDEA KRYQEFQNRQ VQ SLLELRE AQVDAEAQRR LEHLRQALQR LREVVLDANT TQFKRLKEMN EREKKELQKI LDRKRHNSIS EAKMRDKHKK EAE LTEINR RHITESVNSI RRLEEAQKQR HDRLVAGQQQ VLQQLAEEEP KLLAQLAQEC QEQRARLPQE IRRSLLGEMP EGLG DGPLV ACASNGHAPG SSGHLSGADS ESQEENTQL

UniProtKB: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3

+
分子 #5: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン二リン酸

+
分子 #6: TETRAFLUOROALUMINATE ION

分子名称: TETRAFLUOROALUMINATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ALF
分子量理論値: 102.975 Da
Chemical component information

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト

+
分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #8: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 359215

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る