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- EMDB-41656: RNA origami 3-helix tile Traptamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41656
タイトルRNA origami 3-helix tile Traptamer
マップデータ
試料
  • 複合体: 14-14 Traptamer
    • RNA: RNA (363-MER)
キーワードOrigami (折り紙) / aptamer (アプタマー) / switch (開閉器) / sensor (センサ) / toe-hold / robot / broccoli / RNA (リボ核酸)
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.94 Å
データ登録者McRae EKS / Vallina NS / Andersen ES
資金援助European Union, デンマーク, カナダ, 6件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission765703European Union
Independent Research Fund Denmark - Technology and Production Sciences9040-00425B デンマーク
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)532417 カナダ
The Carlsberg FoundationCF20-0635 デンマーク
European Research Council (ERC)683305European Union
Novo Nordisk Foundation0060694 デンマーク
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: An RNA origami robot that traps and releases a fluorescent aptamer.
著者: Néstor Sampedro Vallina / Ewan K S McRae / Cody Geary / Ebbe S Andersen /
要旨: RNA nanotechnology aims to use RNA as a programmable material to create self-assembling nanodevices for application in medicine and synthetic biology. The main challenge is to develop advanced RNA ...RNA nanotechnology aims to use RNA as a programmable material to create self-assembling nanodevices for application in medicine and synthetic biology. The main challenge is to develop advanced RNA robotic devices that both sense, compute, and actuate to obtain enhanced control over molecular processes. Here, we use the RNA origami method to prototype an RNA robotic device, named the "Traptamer," that mechanically traps the fluorescent aptamer, iSpinach. The Traptamer is shown to sense two RNA key strands, acts as a Boolean AND gate, and reversibly controls the fluorescence of the iSpinach aptamer. Cryo-electron microscopy of the closed Traptamer structure at 5.45-angstrom resolution reveals the mechanical mode of distortion of the iSpinach motif. Our study suggests a general approach to distorting RNA motifs and a path forward to build sophisticated RNA machines that through sensing, computing, and actuation modules can be used to precisely control RNA functionalities in cellular systems.
履歴
登録2023年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2024年4月3日-
現状2024年4月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41656.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41656.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.294 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0846
最小 - 最大-0.02636311 - 0.370288
平均 (標準偏差)0.000029233355 (±0.011831472)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 331.264 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41656_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_41656_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41656_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41656_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 14-14 Traptamer

全体名称: 14-14 Traptamer
要素
  • 複合体: 14-14 Traptamer
    • RNA: RNA (363-MER)

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超分子 #1: 14-14 Traptamer

超分子名称: 14-14 Traptamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: An RNA origami 3 helix tile with an inactive broccoli aptamer in the central helix.
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: RNA (363-MER)

分子名称: RNA (363-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 116.977742 KDa
配列文字列: GGAAUCUCGC CCGAUGUUCG CAUCGGGAUU UGCAGGUCCA UGGAUUACAC CAUGCAACGC AGACCUGUAG AUGCCACGCU AGCCGUGGU GAGGGUCGGG UCCAGAUGUC AUUCGACUUU AACGCGCCUA AGCGUUGAAG GCGUGUUAGA GCAGAUAGUU C GCUAUCUG ...文字列:
GGAAUCUCGC CCGAUGUUCG CAUCGGGAUU UGCAGGUCCA UGGAUUACAC CAUGCAACGC AGACCUGUAG AUGCCACGCU AGCCGUGGU GAGGGUCGGG UCCAGAUGUC AUUCGACUUU AACGCGCCUA AGCGUUGAAG GCGUGUUAGA GCAGAUAGUU C GCUAUCUG GGGAGCCUGU UCGCAGGCUC AGGAGCCUUC GGGCUCCUAG CGCUAUUACC CCGGACACCA CCGGGCAGAC AA GUAAUGG UGCUCCUCGA AUGACUUCUG UUGAGUAGAG UGUGGGCUCC GCGGCUAGUG UGCACCUUAG CGGUGAAUGU CUG ACACCG UUAAGGUGGU UACUCUUCGG AGUAACGCCG AGAUUCC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
40.0 mMHEPES
50.0 mMKCLPotassium Chloride
5.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
グリッド材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 15mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Protochips Au-Flat 1.2/1.3 grids..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 / 詳細: Pixel size of 0.645 A/px
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 220000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5ob3


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8tvz:
RNA origami 3-helix tile Traptamer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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