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- EMDB-41125: Zophobas morio black wasting virus strain NJ2-molitor virion structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41125
タイトルZophobas morio black wasting virus strain NJ2-molitor virion structure
マップデータMain map
試料
  • ウイルス: Zophobas morio densovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*GP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*A)-3')
  • リガンド: water水
キーワードCapsid (カプシド) / Virion (ウイルス) / Parvovirus (パルボウイルス) / Densovirus / Invertebrate (無脊椎動物) / Insect (昆虫) / Pathogen (病原体) / ssDNA (デオキシリボ核酸) / VIRUS (ウイルス) / VIRUS-DNA complex
生物種Zophobas morio black wasting virus (ウイルス) / Zophobas morio densovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.0 Å
データ登録者Penzes JJ / Kaelber JT
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Other government 米国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sequencing-free discovery by cryo-EM of a pathogenic parvovirus causing mass mortality of farmed beetles
著者: Penzes JJ / Holm M / Firlar E / Kaelber JT
履歴
登録2023年6月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41125.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41125.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.63 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.168
最小 - 最大-0.41199747 - 1.1454877
平均 (標準偏差)-0.0011577177 (±0.04454846)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ900900900
Spacing900900900
セルA=B=C: 567.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map of D 1000275531 em-volume P1.map.V3

ファイルemd_41125_half_map_1.map
注釈Half map of D_1000275531_em-volume_P1.map.V3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of D 1000275531 em-volume P1.map.V3

ファイルemd_41125_half_map_2.map
注釈Half map of D_1000275531_em-volume_P1.map.V3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Zophobas morio densovirus

全体名称: Zophobas morio densovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Zophobas morio densovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*GP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*A)-3')
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Zophobas morio densovirus

超分子名称: Zophobas morio densovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Purified from T. molitor larvae, which were asymptomatic
NCBI-ID: 2750924 / 生物種: Zophobas morio densovirus / Sci species strain: NJ2-molitor / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Tenebrio molitor (チャイロコメノゴミムシダマシ)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 28.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zophobas morio black wasting virus (ウイルス)
分子量理論値: 48.085629 KDa
配列文字列: ATAILRPIGL HVEKFQQTYR KKWRFLTSAN ANVILAEAAS GERPARWALT TGMASIPWEY LFFYMSPAEY NRMKNYPGTF AKSASVRIR TWNTRVAFQT GDTQTANATL NQNKFLQVAK GIRSIPFICS TNRKYTYSDT EPMQPTGFAT LTSYEYRDGL K IAMYGYDN ...文字列:
ATAILRPIGL HVEKFQQTYR KKWRFLTSAN ANVILAEAAS GERPARWALT TGMASIPWEY LFFYMSPAEY NRMKNYPGTF AKSASVRIR TWNTRVAFQT GDTQTANATL NQNKFLQVAK GIRSIPFICS TNRKYTYSDT EPMQPTGFAT LTSYEYRDGL K IAMYGYDN DSADFAKKPP ADATGAEIYL QDYLTIYTND ARATTGTKIL AGFPPYKNFI EEFDASACIN TDVVAMDYDF SY APLVPQF APVPNNLITQ NYNASYPAGT KNEVTAVKTT DSSQATPPTQ VRNAPRKYIQ GPNADTTFFD EEQNYLRVPI EQG GIFEEV NVETVHDTQM PSINVGIRAV PKLTTIDETT QANSWLDAQG YFEVDCVLTT ESVDPYTYIK GGCYSANTKS QLQY FASDG RPIAKVYDNP NVYGRMQMIK TVKP

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分子 #2: DNA (5'-D(P*CP*GP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*GP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Zophobas morio black wasting virus (ウイルス)
分子量理論値: 886.637 Da
配列文字列:
(DC)(DG)(DA)

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分子 #3: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Zophobas morio black wasting virus (ウイルス)
分子量理論値: 2.733827 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)

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分子 #4: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Zophobas morio black wasting virus (ウイルス)
分子量理論値: 1.504037 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 80 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 x / 構成要素 - 式: PBS / 構成要素 - 名称: Phosphate-buffered saline
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 300 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Purified virus from homogenized T. molitor larval tissue

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 156329
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab-initio 3D model
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 50 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 15964

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8t9x:
Zophobas morio black wasting virus strain NJ2-molitor virion structure

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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