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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of hSlo1 in plasma membrane vesicles | |||||||||
![]() | cryo-EM map of hSlo1 in plasma membrane vesicles, sharpened with a B-factor of 59.1 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tao X / Zhao C / MacKinnon R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Membrane protein isolation and structure determination in cell-derived membrane vesicles. 著者: Xiao Tao / Chen Zhao / Roderick MacKinnon / ![]() 要旨: Integral membrane protein structure determination traditionally requires extraction from cell membranes using detergents or polymers. Here, we describe the isolation and structure determination of ...Integral membrane protein structure determination traditionally requires extraction from cell membranes using detergents or polymers. Here, we describe the isolation and structure determination of proteins in membrane vesicles derived directly from cells. Structures of the ion channel Slo1 from total cell membranes and from cell plasma membranes were determined at 3.8 Å and 2.7 Å resolution, respectively. The plasma membrane environment stabilizes Slo1, revealing an alteration of global helical packing, polar lipid, and cholesterol interactions that stabilize previously unresolved regions of the channel and an additional ion binding site in the Ca regulatory domain. The two methods presented enable structural analysis of both internal and plasma membrane proteins without disrupting weakly interacting proteins, lipids, and cofactors that are essential to biological function. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 258.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.5 KB 20.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 219.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 133.7 MB 254.5 MB 254.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-EM map of hSlo1 in plasma membrane vesicles, sharpened with a B-factor of 59.1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.743 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened cryo-EM map of hSlo1 in plasma membrane vesicles
ファイル | emd_40044_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened cryo-EM map of hSlo1 in plasma membrane vesicles | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1 of hSlo1 in plasma membrane vesicles
ファイル | emd_40044_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 of hSlo1 in plasma membrane vesicles | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2 of hSlo1 in plasma membrane vesicles
ファイル | emd_40044_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 of hSlo1 in plasma membrane vesicles | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : ALFA-hSlo1-eGFP ion channel
全体 | 名称: ALFA-hSlo1-eGFP ion channel |
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要素 |
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-超分子 #1: ALFA-hSlo1-eGFP ion channel
超分子 | 名称: ALFA-hSlo1-eGFP ion channel / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
分子 | 名称: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 122.440102 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAPSRLEEEL RRRLTEPDAL IIPVTMEVPC DSRGQRMWWA FLASSMVTFF GGLFIILLWR TLKYLWTVCC HCGGKTKEAQ KINNGSSQA DGTLKPVDEK EEAVAAEVGW MTSVKDWAGV MISAQTLTGR VLVVLVFALS IGALVIYFID SSNPIESCQN F YKDFTLQI ...文字列: MAPSRLEEEL RRRLTEPDAL IIPVTMEVPC DSRGQRMWWA FLASSMVTFF GGLFIILLWR TLKYLWTVCC HCGGKTKEAQ KINNGSSQA DGTLKPVDEK EEAVAAEVGW MTSVKDWAGV MISAQTLTGR VLVVLVFALS IGALVIYFID SSNPIESCQN F YKDFTLQI DMAFNVFFLL YFGLRFIAAN DKLWFWLEVN SVVDFFTVPP VFVSVYLNRS WLGLRFLRAL RLIQFSEILQ FL NILKTSN SIKLVNLLSI FISTWLTAAG FIHLVENSGD PWENFQNNQA LTYWECVYLL MVTMSTVGYG DVYAKTTLGR LFM VFFILG GLAMFASYVP EIIELIGNRK KYGGSYSAVS GRKHIVVCGH ITLESVSNFL KDFLHKDRDD VNVEIVFLHN ISPN LELEA LFKRHFTQVE FYQGSVLNPH DLARVKIESA DACLILANKY CADPDAEDAS NIMRVISIKN YHPKIRIITQ MLQYH NKAH LLNIPSWNWK EGDDAICLAE LKLGFIAQSC LAQGLSTMLA NLFSMRSFIK IEEDTWQKYY LEGVSNEMYT EYLSSA FVG LSFPTVCELC FVKLKLLMIA IEYKSANRES RILINPGNHL KIQEGTLGFF IASDAKEVKR AFFYCKACHD DITDPKR IK KCGCKRLEDE QPSTLSPKKK QRNGGMRNSP NTSPKLMRHD PLLIPGNDQI DNMDSNVKKY DSTGMFHWCA PKEIEKVI L TRSEAAMTVL SGHVVVCIFG DVSSALIGLR NLVMPLRASN FHYHELKHIV FVGSIEYLKR EWETLHNFPK VSILPGTPL SRADLRAVNI NLCDMCVILS ANQNNIDDTS LQDKECILAS LNIKSMQFDD SIGVLQANSQ GFTPPGMDRS SPDNSPVHGM LRQPSITTG VNIPIITELV NDTNVQFLDQ DDDDDPDTEL YLTQPFACGT AFAVSVLDSL MSATYFNDNI LTLIRTLVTG G ATPELEAL IAEENALRGG YSTPQTLANR DRCRVAQLAL LDGPFADLGD GGCYGDLFCK ALKTYNMLCF GIYRLRDAHL ST PSQCTKR YVITNPPYEF ELVPTDLIFC LMQFD(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 88 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-POV: |
-分子 #5: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 24 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-分子 #6: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 22 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 6 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |