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- EMDB-37714: Structure of monkeypox virus polymerase complex F8-A22-E4-H5 (tag... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37714
タイトルStructure of monkeypox virus polymerase complex F8-A22-E4-H5 (tag-free A22) with exogenous DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: F8-A22-E4-H5 (tag-free A22) with exogenous DNA
    • 複合体: F8-A22-E4-H5
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymeraseDNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: A22R DNA polymerase processivity factor
      • タンパク質・ペプチド: E4R Uracil-DNA glycosylase, DNA polymerase processivity factor
      • タンパク質・ペプチド: H5R late gene transcription factor
    • 複合体: DNAデオキシリボ核酸
      • DNA: Primer DNA
      • DNA: Template DNA
  • リガンド: 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードViral DNA replication / monkeypox virus (エムポックスウイルス) / polymerase (ポリメラーゼ) / H5 / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang X / Li N / Gao N
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the assembly and mechanism of mpox virus DNA polymerase complex F8-A22-E4-H5.
著者: Xiaohan Wang / Liangwen Ma / Ningning Li / Ning Gao /
要旨: The DNA replication of mpox virus is performed by the viral polymerase F8 and also requires other viral factors, including processivity factor A22, uracil DNA glycosylase E4, and phosphoprotein H5. ...The DNA replication of mpox virus is performed by the viral polymerase F8 and also requires other viral factors, including processivity factor A22, uracil DNA glycosylase E4, and phosphoprotein H5. However, the molecular roles of these viral factors remain unclear. Here, we characterize the structures of F8-A22-E4 and F8-A22-E4-H5 complexes in the presence of different primer-template DNA substrates. E4 is located upstream of F8 on the template single-stranded DNA (ssDNA) and is catalytically active, highlighting a functional coupling between DNA base-excision repair and DNA synthesis. Moreover, H5, in the form of tetramer, binds to the double-stranded DNA (dsDNA) region downstream of F8 in a similar position as PCNA (proliferating cell nuclear antigen) does in eukaryotic polymerase complexes. Omission of H5 or disruption of its DNA interaction showed a reduced synthesis of full-length DNA products. These structures provide snapshots for the working cycle of the polymerase and generate insights into the mechanisms of these essential factors in viral DNA replication.
履歴
登録2023年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37714.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37714.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.016
最小 - 最大-0.12648426 - 0.19866881
平均 (標準偏差)0.00019277929 (±0.003675126)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_37714_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_37714_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_37714_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : F8-A22-E4-H5 (tag-free A22) with exogenous DNA

全体名称: F8-A22-E4-H5 (tag-free A22) with exogenous DNA
要素
  • 複合体: F8-A22-E4-H5 (tag-free A22) with exogenous DNA
    • 複合体: F8-A22-E4-H5
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymeraseDNAポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: A22R DNA polymerase processivity factor
      • タンパク質・ペプチド: E4R Uracil-DNA glycosylase, DNA polymerase processivity factor
      • タンパク質・ペプチド: H5R late gene transcription factor
    • 複合体: DNAデオキシリボ核酸
      • DNA: Primer DNA
      • DNA: Template DNA
  • リガンド: 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: F8-A22-E4-H5 (tag-free A22) with exogenous DNA

超分子名称: F8-A22-E4-H5 (tag-free A22) with exogenous DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)

+
超分子 #2: F8-A22-E4-H5

超分子名称: F8-A22-E4-H5 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6

+
分子 #1: DNA polymerase

分子名称: DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GenBank: URK20494.1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 117.147102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDVRCINWFE SHGENRFLYL KSRCRNGETV FIRFPHYFYY VVTDEIYQSL SPPPFNARPM GKMRTIDIDE TISYNLDIKD RKCSVADMW LIEEPKKRSI QNATMDEFFN ISWFYISNGI SPDGCYSLDE QYLTKINNGC YHCDDPRNCF AKEIPRFDIP R SYLFLDIE ...文字列:
MDVRCINWFE SHGENRFLYL KSRCRNGETV FIRFPHYFYY VVTDEIYQSL SPPPFNARPM GKMRTIDIDE TISYNLDIKD RKCSVADMW LIEEPKKRSI QNATMDEFFN ISWFYISNGI SPDGCYSLDE QYLTKINNGC YHCDDPRNCF AKEIPRFDIP R SYLFLDIE CHFDKKFPSV FINPISHTSY CYIDLSGKRL LFTLINEEML TEQEIQEAVD RGCLRIQSLM EMDYERELVL CS EIVLLRI AKQLLELTFD YVVTFNGHNF DLRYITNRLE LLTGEKIIFR SPDKKEAVHL CIYERNQSSH KGVCGMANTT FHV NNNNGT IFFDLYSFIQ KSEKLDSYKL DSISKNAFSC MGKVLNRGVR EMTFIGDDTT DAKGKADTFA KVLTTGNYVT VDED IICKV IRKDILENGF KVVLSCPTLP NDIYKLSFGK DDIDLAQMYK DYNLNIALDM ARYCIHDACL CQYLWEYYGV ETKTD AGAA TYVLPQSMVF EYRASTIIKG PLLKLLLETK TILVRSETKQ KFPYEGGKVF APKQKMFSNN VLIFDYNSLY PNVCIF GNL SPETLVGVVV STNRLEEEIN NQLLLQKYPP PRYITVHCEP RLPNLISEIA IFDRSIEGTI PRLLRTFLAE RARYKKM LK QATSSTEKAI YDSMQYTYKI VANSVYGLMG FRNSALYSYA SAKSCTSIGR RMILYLESVL NGAELSNGML RFANTLSN P FYMDDRDINP IVKTSLPIDY RFRFRSVYGD TDSVFTEIDS QDVDKSIEIA KELERLINSR VLFNNFKIEF EAVYKNLIM QSKKKYTTMK YSASSNSKSV PERINKGTSE TRRDVSKFHK NMIKTYKTRL SEMLSEGRMN SNQVCIDILR SLETDLRSEF DSRSSPLEL FMLSRMHHSN YKSADNPNMY LVTEYNKNNP ETIELGERYY FAYICPANVP WTKKLVNIKT YETIIDRSFK L GSNQRIFY EVYFKRLTSE IVNLLDNKVL CISFFQRMFG SRPTFYEA

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分子 #2: A22R DNA polymerase processivity factor

分子名称: A22R DNA polymerase processivity factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: GenBank: URK20570.1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 49.203926 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI ...文字列:
MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI EIEEDTLFDD ELYSIMERSF DDTFPKISIS YIKLGELKRQ VVDFFKFSFM YIESIKVDRI GDNIFIPSVI TK SGKKILV KDVDHLIRSK VREHTFVKVK KKNTFSILYD YDGNGTETRG EVIKRIIDTI GRDYYVNGKY FSKVGIAGLK QLT NKLDIN ECATVDELVD EINKSGTVKR KIKNQSVFDL SRECLGYPEA DFITLVNNMR FKIENCKVVN FNIENTNCLN NPSI ETIYG NFNQFVSIFN TVTDVKKRLF E

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分子 #3: E4R Uracil-DNA glycosylase, DNA polymerase processivity factor

分子名称: E4R Uracil-DNA glycosylase, DNA polymerase processivity factor
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: GenBank: URK20538.1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 25.107742 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNSVTISHAP YTITYHDDWE PVMSQLVEFY NEVASWLLRD ETSPIPDKFF IQLKQPLRNK RVCVCGIDPY PKDGTGVPFE SPNFTKKSI KEIASSISRL TGVIDYKGYN LNIIDGVIPW NYYLSCKLGE TKSHAIYWDK ISKLLLQHIT KHVSVLYCLG K TDFSNIRA ...文字列:
MNSVTISHAP YTITYHDDWE PVMSQLVEFY NEVASWLLRD ETSPIPDKFF IQLKQPLRNK RVCVCGIDPY PKDGTGVPFE SPNFTKKSI KEIASSISRL TGVIDYKGYN LNIIDGVIPW NYYLSCKLGE TKSHAIYWDK ISKLLLQHIT KHVSVLYCLG K TDFSNIRA KLESPVTTIV GYHPAARDHQ FEKDRSFEII NVLLELDNKT PINWAQGFIY

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分子 #4: H5R late gene transcription factor

分子名称: H5R late gene transcription factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: GenBank: URK20532.1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 23.107074 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAWSITNKAD TSSFTKMAEI RAHLRNSAEN KDKNEDIFPE DVIIPSTKPK TKRTTTPRKP AATKRSTKKD KEKEEVEEVV IEEYHQTTE ENSPPPSSSP GVGDIVESVA AVELDDSDGD DEPMVQVEAG KVNHSARSDL SDLKVATDNI VKDLKKIITR I SAVSTVLE ...文字列:
MAWSITNKAD TSSFTKMAEI RAHLRNSAEN KDKNEDIFPE DVIIPSTKPK TKRTTTPRKP AATKRSTKKD KEKEEVEEVV IEEYHQTTE ENSPPPSSSP GVGDIVESVA AVELDDSDGD DEPMVQVEAG KVNHSARSDL SDLKVATDNI VKDLKKIITR I SAVSTVLE DVQAAGISRQ FTSMTKAITT LSDLVTEGKS KVVRKKVKTC KK

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分子 #5: Primer DNA

分子名称: Primer DNA / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 10.802956 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)

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分子 #6: Template DNA

分子名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.73649 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) (DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)

+
分子 #7: 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: D3T
分子量理論値: 466.169 Da
Chemical component information

ChemComp-23T:
2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 59.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1660000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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