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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3661 | |||||||||
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タイトル | RsgA-GDPNP bound to the 30S ribosomal subunit (RsgA assembly intermediate) | |||||||||
マップデータ | Postprocessed merged map. rlnFinalResolution 5.391515_rlnBfactorUsedForSharpening -100.000000 | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome (リボソーム) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation ...guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / GDP binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K12 (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.16 Å | |||||||||
データ登録者 | Lopez-Alonso JP / Kaminishi T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017 タイトル: RsgA couples the maturation state of the 30S ribosomal decoding center to activation of its GTPase pocket. 著者: Jorge Pedro López-Alonso / Tatsuya Kaminishi / Takeshi Kikuchi / Yuya Hirata / Idoia Iturrioz / Neha Dhimole / Andreas Schedlbauer / Yoichi Hase / Simon Goto / Daisuke Kurita / Akira Muto / ...著者: Jorge Pedro López-Alonso / Tatsuya Kaminishi / Takeshi Kikuchi / Yuya Hirata / Idoia Iturrioz / Neha Dhimole / Andreas Schedlbauer / Yoichi Hase / Simon Goto / Daisuke Kurita / Akira Muto / Shu Zhou / Chieko Naoe / Deryck J Mills / David Gil-Carton / Chie Takemoto / Hyouta Himeno / Paola Fucini / Sean R Connell / 要旨: During 30S ribosomal subunit biogenesis, assembly factors are believed to prevent accumulation of misfolded intermediate states of low free energy that slowly convert into mature 30S subunits, ...During 30S ribosomal subunit biogenesis, assembly factors are believed to prevent accumulation of misfolded intermediate states of low free energy that slowly convert into mature 30S subunits, namely, kinetically trapped particles. Among the assembly factors, the circularly permuted GTPase, RsgA, plays a crucial role in the maturation of the 30S decoding center. Here, directed hydroxyl radical probing and single particle cryo-EM are employed to elucidate RsgA΄s mechanism of action. Our results show that RsgA destabilizes the 30S structure, including late binding r-proteins, providing a structural basis for avoiding kinetically trapped assembly intermediates. Moreover, RsgA exploits its distinct GTPase pocket and specific interactions with the 30S to coordinate GTPase activation with the maturation state of the 30S subunit. This coordination validates the architecture of the decoding center and facilitates the timely release of RsgA to control the progression of 30S biogenesis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3661.map.gz | 5.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3661-v30.xml emd-3661.xml | 37.7 KB 37.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3661_fsc.xml | 8.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3661.png | 141.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3661.cif.gz | 9.4 KB | ||
その他 | emd_3661_half_map_1.map.gz emd_3661_half_map_2.map.gz | 49.5 MB 49.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3661 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3661 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3661.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed merged map. rlnFinalResolution 5.391515_rlnBfactorUsedForSharpening -100.000000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: half volume 1- note corrected pixel size is...
ファイル | emd_3661_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half volume 1- note corrected pixel size is 1.39 -use 1.39 for post processing | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_3661_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 30S ribosomal subunit bound by RsgA
+超分子 #1: 30S ribosomal subunit bound by RsgA
+分子 #1: 16S ribosomal RNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S4
+分子 #3: 30S ribosomal protein S5
+分子 #4: 30S ribosomal protein S6
+分子 #5: 30S ribosomal protein S7
+分子 #6: 30S ribosomal protein S8
+分子 #7: 30S ribosomal protein S9
+分子 #8: 30S ribosomal protein S10
+分子 #9: 30S ribosomal protein S11
+分子 #10: 30S ribosomal protein S12
+分子 #11: 30S ribosomal protein S13
+分子 #12: 30S ribosomal protein S14
+分子 #13: 30S ribosomal protein S15
+分子 #14: 30S ribosomal protein S16
+分子 #15: 30S ribosomal protein S17
+分子 #16: 30S ribosomal protein S18
+分子 #17: 30S ribosomal protein S19
+分子 #18: 30S ribosomal protein S20
+分子 #19: Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
+分子 #20: MAGNESIUM ION
+分子 #21: ZINC ION
+分子 #22: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 50 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 101000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 実像数: 3408 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 2.3 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: BACKBONE TRACE |
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得られたモデル | PDB-5no2: |