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- EMDB-3632: Localised reconstruction of alpha v beta 6 bound to Foot and Mout... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3632
タイトルLocalised reconstruction of alpha v beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia - Pose A.
マップデータLocalised reconstruction of alpha v beta 6 bound to FMDV O PanAsia - Pose A
試料
  • ウイルス: Foot and mouth virus and Integrin
    • 複合体: Foot-and-mouth disease virus口蹄疫ウイルス
      • タンパク質・ペプチド: O PanAsia VP1
      • タンパク質・ペプチド: O PanAsia VP2
      • タンパク質・ペプチド: O PanAsia VP3
      • タンパク質・ペプチド: O PanAsia VP4
    • 複合体: Integrinインテグリン
      • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-VIntegrin alpha V
      • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-6
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
機能・相同性
機能・相同性情報


icosahedral viral capsid / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / hard palate development / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding ...icosahedral viral capsid / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / hard palate development / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / enamel mineralization / extracellular matrix protein binding / modulation by virus of host chromatin organization / bronchiole development / RNA-protein covalent cross-linking / Laminin interactions / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / phospholipid homeostasis / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / negative regulation of lipid transport / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / Elastic fibre formation / regulation of phagocytosis / transforming growth factor beta binding / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / surfactant homeostasis / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / filopodium membrane / extracellular matrix binding / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of intracellular signal transduction / skin development / microvillus membrane / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / negative chemotaxis / lung alveolus development / cell-substrate adhesion / endodermal cell differentiation / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / fibronectin binding / positive regulation of cell adhesion / ECM proteoglycans / voltage-gated calcium channel activity / Integrin cell surface interactions / 脈管形成 / coreceptor activity / specific granule membrane / : / phagocytic vesicle / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ERK1 and ERK2 cascade / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / Signal transduction by L1 / molecular function activator activity / integrin-mediated signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / calcium ion transmembrane transport / protein kinase C binding / host cell cytoplasmic vesicle membrane / wound healing / response to virus / 骨 / cytoplasmic vesicle membrane / cell morphogenesis / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / 細胞接着 / カプシド / 遊走 / integrin binding / virus receptor activity / 細胞結合 / protein complex oligomerization / regulation of translation / monoatomic ion channel activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 血管新生 / protease binding
類似検索 - 分子機能
Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain ...Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF様ドメイン / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / EGF-like domain signature 1. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Integrin alpha-V / Integrin beta-6 / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Foot-and-mouth disease virus - type O (口蹄疫ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.8 Å
データ登録者Kotecha A / Stuart D
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)G1000099 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100525/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Rules of engagement between αvβ6 integrin and foot-and-mouth disease virus.
著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T ...著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T Huiskonen / David I Stuart /
要旨: Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, ...Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, GH loop of capsid protein VP1. Infection can also occur in tissue culture adapted virus in the absence of integrin via acquired basic mutations interacting with heparin sulphate (HS); this virus is attenuated in natural infections. HS interaction has been visualized at a conserved site in two serotypes suggesting a propensity for sulfated-sugar binding. Here we determined the interaction between αvβ6 and two tissue culture adapted FMDV strains by cryo-electron microscopy. In the preferred mode of engagement, the fully open form of the integrin, hitherto unseen at high resolution, attaches to an extended GH loop via interactions with the RGD motif plus downstream hydrophobic residues. In addition, an N-linked sugar of the integrin attaches to the previously identified HS binding site, suggesting a functional role.
履歴
登録2017年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月7日-
マップ公開2017年6月21日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5nem
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3632.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3632.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Localised reconstruction of alpha v beta 6 bound to FMDV O PanAsia - Pose A
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.031708654 - 0.060489837
平均 (標準偏差)0.0004798832 (±0.006818164)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin163-273277
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 172.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z172.800172.800172.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-273163277
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0320.0600.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Foot and mouth virus and Integrin

全体名称: Foot and mouth virus and Integrin
要素
  • ウイルス: Foot and mouth virus and Integrin
    • 複合体: Foot-and-mouth disease virus口蹄疫ウイルス
      • タンパク質・ペプチド: O PanAsia VP1
      • タンパク質・ペプチド: O PanAsia VP2
      • タンパク質・ペプチド: O PanAsia VP3
      • タンパク質・ペプチド: O PanAsia VP4
    • 複合体: Integrinインテグリン
      • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-VIntegrin alpha V
      • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-6
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム

+
超分子 #1: Foot and mouth virus and Integrin

超分子名称: Foot and mouth virus and Integrin / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
分子量理論値: 9 MDa

+
超分子 #2: Foot-and-mouth disease virus

超分子名称: Foot-and-mouth disease virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
組換発現生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ)

+
超分子 #3: Integrin

超分子名称: Integrin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: O PanAsia VP1

分子名称: O PanAsia VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus - type O (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 23.241391 KDa
組換発現生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ)
配列文字列: TTSAGESADP VTATVENYGG ETQVQRRQHT DVSFILDRFV KVTPKDQINV LDLMQTPAHT LVGALLRTAT YYFADLEVAV KHEGNLTWV PNGAPETALD NTTNPTAYHK APLTRLALPY TAPHRVLATA YNGNCKYGES HTTNVRGDLQ VLAQKVARTL P TSFNYGAI ...文字列:
TTSAGESADP VTATVENYGG ETQVQRRQHT DVSFILDRFV KVTPKDQINV LDLMQTPAHT LVGALLRTAT YYFADLEVAV KHEGNLTWV PNGAPETALD NTTNPTAYHK APLTRLALPY TAPHRVLATA YNGNCKYGES HTTNVRGDLQ VLAQKVARTL P TSFNYGAI KATRVTELLY RMKRAETYCP RPLLAIHPSE ARHKQKIVAP VK

+
分子 #2: O PanAsia VP2

分子名称: O PanAsia VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus - type O (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 23.914898 KDa
組換発現生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ)
配列文字列: EETTLLEDRI LTTRNGHTTS TTQSSVGVTY GYATTEDFVS GPNTSGLETR VVQAERFFKT HLFDWVTSDS FGRCHLLELP TDHKGVYGS LTDSYAYMRN GWDVEVTAVG NQFNGGCLLV AMVPELCSIN KRELYQLTLF PHQFINPRTN MTAHITVPFV G VNRYDQYK ...文字列:
EETTLLEDRI LTTRNGHTTS TTQSSVGVTY GYATTEDFVS GPNTSGLETR VVQAERFFKT HLFDWVTSDS FGRCHLLELP TDHKGVYGS LTDSYAYMRN GWDVEVTAVG NQFNGGCLLV AMVPELCSIN KRELYQLTLF PHQFINPRTN MTAHITVPFV G VNRYDQYK VHKPWTLVVM VVAPLTVNTE GAPQIKVYAN IAPTNVHVAG EFPSKE

+
分子 #3: O PanAsia VP3

分子名称: O PanAsia VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus - type O (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 23.938898 KDa
組換発現生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ)
配列文字列: GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPAYGKVF NPPRNMLPGR FTNFLDVAEA CPTFLRFEGD VPYVTTKTDS DRILAQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTINLHF MFTGPTDAKA RYMIAYAPPG MEPPKTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA ...文字列:
GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPAYGKVF NPPRNMLPGR FTNFLDVAEA CPTFLRFEGD VPYVTTKTDS DRILAQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTINLHF MFTGPTDAKA RYMIAYAPPG MEPPKTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA YTASDTAETT NVQGWVCLFQ ITHGKADGDA LVVLASAGKD FELRLPVDAR TQ

+
分子 #4: O PanAsia VP4

分子名称: O PanAsia VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus - type O (口蹄疫ウイルス)
分子量理論値: 7.522018 KDa
組換発現生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ)
配列文字列:
SGNTGSIINN YYMQQYQNSM DTQLGDNAIS GGSNEGSLTY FPHTTNTQNN DWFSKLASSA FSGLFGALLA

+
分子 #5: Integrin alpha-V

分子名称: Integrin alpha-V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64.937828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FNLDVDSPAE YSGPEGSYFG FAVDFFVPSS RMFLLVGAPK ANTTQPGIVE GGQVLKCDWS STRRCQPIEF DATGNRDYAK DDPLEFKSH QWFGASVRSK QDKILACAPL YHWRTEMKQE REPVGTCFLQ DGTKTVEYAP CRSQDIDADG QGFCQGGFSI D FTKADRVL ...文字列:
FNLDVDSPAE YSGPEGSYFG FAVDFFVPSS RMFLLVGAPK ANTTQPGIVE GGQVLKCDWS STRRCQPIEF DATGNRDYAK DDPLEFKSH QWFGASVRSK QDKILACAPL YHWRTEMKQE REPVGTCFLQ DGTKTVEYAP CRSQDIDADG QGFCQGGFSI D FTKADRVL LGGPGSFYWQ GQLISDQVAE IVSKYDPNVY SIKYNNQLAT RTAQAIFDDS YLGYSVAVGD FNGDGIDDFV SG VPRAART LGMVYIYDGK NMSSLYNFTG EQMAAYFGFS VAATDINGDD YADVFIGAPL FMDRGSDGKL QEVGQVSVSL QRA SGDFQT TKLNGFEVFA RFGSAIAPLG DLDQDGFNDI AIAAPYGGED KKGIVYIFNG RSTGLNAVPS QILEGQWAAR SCPP SFGYS MKGATDIDKN GYPDLIVGAF GVDRAILYRA RPVITVNAGL EVYPSILNQD NKTCSLPGTA LKVSCFNVRF CLKAD GKGV LPRKLNFQVE LLLDKLKGAI RRALFLYSRS PSHSKNMTIS RGGLMQCEEL IAYLRDESEF RDKLTPITIF MEYRLD YRT AADTTGLQPI LNQFTPANIS RQAHILL

+
分子 #6: Integrin beta-6

分子名称: Integrin beta-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.53457 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GCALGGAETC EDCLLIGPQC AWCAQENFTH PSGVGERCDT PANLLAKGCQ LNFIENPVSQ VEILKNKPLS VGRQKNSSDI VQIAPQSLI LKLRPGGAQT LQVHVRQTED YPVDLYYLMD LSASMDDDLN TIKELGSRLS KEMSKLTSNF RLGFGSFVEK P VSPFVKTT ...文字列:
GCALGGAETC EDCLLIGPQC AWCAQENFTH PSGVGERCDT PANLLAKGCQ LNFIENPVSQ VEILKNKPLS VGRQKNSSDI VQIAPQSLI LKLRPGGAQT LQVHVRQTED YPVDLYYLMD LSASMDDDLN TIKELGSRLS KEMSKLTSNF RLGFGSFVEK P VSPFVKTT PEEIANPCSS IPYFCLPTFG FKHILPLTND AERFNEIVKN QKISANIDTP EGGFDAIMQA AVCKEKIGWR ND SLHLLVF VSDADSHFGM DSKLAGIVCP NDGLCHLDSK NEYSMSTVLE YPTIGQLIDK LVQNNVLLIF AVTQEQVHLY ENY AKLIPG ATVGLLQKDS GNILQLIISA YEELRSEVEL EVLGDTEGLN LSFTAICNNG TLFQHQKKCS HMKVGDTASF SVTV NIPHC ERRSRHIIIK PVGLGDALEL LVSPECNCDC QKEVEVNSSK CHNGNGSFQC GVCACHPGHM GPRCE

+
分子 #11: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 3 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス / マンノース

+
分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

+
分子 #13: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 名称: HEPES
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 160000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 360 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 18.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.0.17)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1bbt

初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 13483
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 120
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5nem:
Localised reconstruction of alpha v beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia - Pose A.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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