+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3589 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of tsA201 cell alpha1B and betaI and betaIVb microtubules | |||||||||
![]() | HEK cell tubulin microtubule cryo-EM reconstruction | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Microtubules Dynamics Tubulin Isoform / ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() odontoblast differentiation / Post-chaperonin tubulin folding pathway / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Vemu A / Atherton J | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Tubulin isoform composition tunes microtubule dynamics. 著者: Annapurna Vemu / Joseph Atherton / Jeffrey O Spector / Carolyn A Moores / Antonina Roll-Mecak / ![]() ![]() 要旨: Microtubules polymerize and depolymerize stochastically, a behavior essential for cell division, motility, and differentiation. While many studies advanced our understanding of how microtubule- ...Microtubules polymerize and depolymerize stochastically, a behavior essential for cell division, motility, and differentiation. While many studies advanced our understanding of how microtubule-associated proteins tune microtubule dynamics in trans, we have yet to understand how tubulin genetic diversity regulates microtubule functions. The majority of in vitro dynamics studies are performed with tubulin purified from brain tissue. This preparation is not representative of tubulin found in many cell types. Here we report the 4.2-Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure and in vitro dynamics parameters of α1B/βI+βIVb microtubules assembled from tubulin purified from a human embryonic kidney cell line with isoform composition characteristic of fibroblasts and many immortalized cell lines. We find that these microtubules grow faster and transition to depolymerization less frequently compared with brain microtubules. Cryo-EM reveals that the dynamic ends of α1B/βI+βIVb microtubules are less tapered and that these tubulin heterodimers display lower curvatures. Interestingly, analysis of EB1 distributions at dynamic ends suggests no differences in GTP cap sizes. Last, we show that the addition of recombinant α1A/βIII tubulin, a neuronal isotype overexpressed in many tumors, proportionally tunes the dynamics of α1B/βI+βIVb microtubules. Our study is an important step toward understanding how tubulin isoform composition tunes microtubule dynamics. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.2 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 213.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | HEK cell tubulin microtubule cryo-EM reconstruction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.221 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Human tsA201 cell tubulin microtubules
全体 | 名称: Human tsA201 cell tubulin microtubules |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human tsA201 cell tubulin microtubules
超分子 | 名称: Human tsA201 cell tubulin microtubules / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: Microtubules formed from tsA201 cell tubulin (14pf) with bound GTP analogue GMPCPP. Tubulin was purified via TOG affinity. |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Tubulin beta chain
分子 | 名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GMPCPP (GTP-analogue) bound / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 47.735793 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLDRISVY YNEATGGKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLDRISVY YNEATGGKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQVFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMAVT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY Q UniProtKB: Tubulin beta chain |
-分子 #2: Tubulin alpha-1B chain
分子 | 名称: Tubulin alpha-1B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: GTP-bound / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 48.665027 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLISQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRSIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GV UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain |
-分子 #3: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: G2P |
---|---|
分子量 | 理論値: 521.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-G2P: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: GTP |
---|---|
分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-GTP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
---|---|
![]() | ![]() |
試料の集合状態 | filament |
-
試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 6.8 詳細: BRB80 with GMPCPP (80mM PIPES, 2mM MgCl2, 1mM EGTA, 1mM DTT, 1mM GMPCPP) |
グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
詳細 | Microtubules polymerised at 25mg/ml in BRB80 with GMPCPP and diluted to a final concentration of 2.5mg/ml |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN 詳細: Gold-standard high-resolution noise substitution test employed in resolution estimation (Chen et al., 2013) 使用した粒子像数: 13000 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
---|---|
得られたモデル | ![]() PDB-5n5n: |