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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35174 | |||||||||
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タイトル | Capsid structure of the Cyanophage P-SCSP1u | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Whole virus / Capsid (カプシド) / cyanophage / T7-like virus / VIRUS (ウイルス) | |||||||||
生物種 | Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu H / Dang S | |||||||||
資金援助 | 香港, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of cyanophage P-SCSP1u offers insights into DNA gating and evolution of T7-like viruses. 著者: Lanlan Cai / Hang Liu / Wen Zhang / Shiwei Xiao / Qinglu Zeng / Shangyu Dang / 要旨: Cyanophages, together with their host cyanobacteria, play important roles in marine biogeochemical cycles and control of marine food webs. The recently identified MPP-C (Marine Picocyanobacteria ...Cyanophages, together with their host cyanobacteria, play important roles in marine biogeochemical cycles and control of marine food webs. The recently identified MPP-C (Marine Picocyanobacteria Podovirus clade C) cyanophages, belonging to the T7-like podoviruses, contain the smallest genomes among cyanopodoviruses and exhibit distinct infection kinetics. However, understanding of the MPP-C cyanophage infection process is hindered by the lack of high-resolution structural information. Here, we report the cryo-EM structure of the cyanophage P-SCSP1u, a representative member of the MPP-C phages, in its native form at near-atomic resolution, which reveals the assembly mechanism of the capsid and molecular interaction of the portal-tail complex. Structural comparison of the capsid proteins of P-SCSP1u and other podoviruses with known structures provides insights into the evolution of T7-like viruses. Furthermore, our study provides the near-atomic resolution structure of portal-tail complex for T7-like viruses. On the basis of previously reported structures of phage T7, we identify an additional valve and gate to explain the DNA gating mechanism for the T7-like viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35174.map.gz | 227 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35174-v30.xml emd-35174.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35174.png | 99.8 KB | ||
マスクデータ | emd_35174_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-35174.cif.gz | 5.2 KB | ||
その他 | emd_35174_half_map_1.map.gz emd_35174_half_map_2.map.gz | 194.4 MB 194.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35174 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35174 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35174.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_35174_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35174_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35174_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Prochlorococcus phage P-SCSP1u
全体 | 名称: Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Prochlorococcus phage P-SCSP1u
超分子 | 名称: Prochlorococcus phage P-SCSP1u / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2914505 / 生物種: Prochlorococcus phage P-SCSP1u / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Prochlorococcus (バクテリア) |
-分子 #1: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
分子 | 名称: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ) |
分子量 | 理論値: 35.160438 KDa |
配列 | 文字列: MANFTPSRLG LVNNTGTGVK DLFLKTFAGE VLSAFRKATI FEDLHTVRTI SSGKSAQFPI VGLSSTSYHS PGTQLTGNAI KHAEAVINI DDKLVSNVFI ADVDEAMNHY DVRSQYSVQM GNALAYTFDQ NVAAMIAQAA RTSTNPNTDL PGGTRIKILK S GTANTAAA ...文字列: MANFTPSRLG LVNNTGTGVK DLFLKTFAGE VLSAFRKATI FEDLHTVRTI SSGKSAQFPI VGLSSTSYHS PGTQLTGNAI KHAEAVINI DDKLVSNVFI ADVDEAMNHY DVRSQYSVQM GNALAYTFDQ NVAAMIAQAA RTSTNPNTDL PGGTRIKILK S GTANTAAA VAAVTGTDLA TALFSAAEQM DINNLPEEDR YCAIDPTNYY KLVQNTTVIN RDFGGRGAYA EGEVLKVAGI HI VKSNHLP KTNRSAATGE NNTYHANYTD NIGLVFNKQA VGTVKLMDLK MEQTGADIHA LYQGTFMVGS MMHGSGVLRP DCA IELYAA NS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 4.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 732864 |