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- EMDB-34871: Cryo-EM structure of biparatopic antibody Bp109-92 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34871
タイトルCryo-EM structure of biparatopic antibody Bp109-92 in complex with TNFR2
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of biparatopic antibody Bp109-92 in complex with TNFR2
    • タンパク質・ペプチド: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
    • タンパク質・ペプチド: TR109 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: TR109 light chain
    • タンパク質・ペプチド: TR92 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: TR92 light chain
キーワードTNFR2 / biparatopic antibody / antagonist (受容体拮抗薬) / IMMUNE SYSTEM (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


glial cell-neuron signaling / regulation of cytokine production involved in immune response / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / RNA destabilization / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / varicosity ...glial cell-neuron signaling / regulation of cytokine production involved in immune response / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / RNA destabilization / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / varicosity / regulation of T cell cytokine production / negative regulation of neuroinflammatory response / TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / tumor necrosis factor binding / positive regulation of myelination / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of myelination / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / regulation of T cell proliferation / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / Interleukin-10 signaling / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / specific granule membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / cellular response to growth factor stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / outer membrane-bounded periplasmic space / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to lipopolysaccharide / ペリプラズム / 炎症 / 免疫応答 / 脂質ラフト / neuronal cell body / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 1B / Tumor necrosis factor receptor 1B, N-terminal / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. ...Tumour necrosis factor receptor 1B / Tumor necrosis factor receptor 1B, N-terminal / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å
データ登録者Akiba H / Fujita J / Ise T / Nishiyama K / Miyata T / Kato T / Namba K / Ohno H / Kamada H / Nagata S / Tsumoto K
資金援助 日本, 10件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ak0101099 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101117 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121003 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17pc0101020 日本
Japan Science and TechnologyJPMJOP1861 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21K06453 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20K22630
Kyoto University Foundation 日本
Takeda Science Foundation 日本
JEOL YOKOGUSHI Research Alliance Laboratories of Osaka University 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Development of a 1:1-binding biparatopic anti-TNFR2 antagonist by reducing signaling activity through epitope selection.
著者: Hiroki Akiba / Junso Fujita / Tomoko Ise / Kentaro Nishiyama / Tomoko Miyata / Takayuki Kato / Keiichi Namba / Hiroaki Ohno / Haruhiko Kamada / Satoshi Nagata / Kouhei Tsumoto /
要旨: Conventional bivalent antibodies against cell surface receptors often initiate unwanted signal transduction by crosslinking two antigen molecules. Biparatopic antibodies (BpAbs) bind to two different ...Conventional bivalent antibodies against cell surface receptors often initiate unwanted signal transduction by crosslinking two antigen molecules. Biparatopic antibodies (BpAbs) bind to two different epitopes on the same antigen, thus altering crosslinking ability. In this study, we develop BpAbs against tumor necrosis factor receptor 2 (TNFR2), which is an attractive immune checkpoint target. Using different pairs of antibody variable regions specific to topographically distinct TNFR2 epitopes, we successfully regulate the size of BpAb-TNFR2 immunocomplexes to result in controlled agonistic activities. Our series of results indicate that the relative positions of the two epitopes recognized by the BpAb are critical for controlling its signaling activity. One particular antagonist, Bp109-92, binds TNFR2 in a 1:1 manner without unwanted signal transduction, and its structural basis is determined using cryo-electron microscopy. This antagonist suppresses the proliferation of regulatory T cells expressing TNFR2. Therefore, the BpAb format would be useful in designing specific and distinct antibody functions.
履歴
登録2022年11月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月4日-
マップ公開2023年10月4日-
更新2023年10月4日-
現状2023年10月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34871.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34871.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0875 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.6517265 - 2.37173
平均 (標準偏差)0.00004395386 (±0.03385866)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 278.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34871_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34871_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34871_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of biparatopic antibody Bp109-92 in complex wit...

全体名称: Cryo-EM structure of biparatopic antibody Bp109-92 in complex with TNFR2
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of biparatopic antibody Bp109-92 in complex with TNFR2
    • タンパク質・ペプチド: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
    • タンパク質・ペプチド: TR109 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: TR109 light chain
    • タンパク質・ペプチド: TR92 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: TR92 light chain

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超分子 #1: Cryo-EM structure of biparatopic antibody Bp109-92 in complex wit...

超分子名称: Cryo-EM structure of biparatopic antibody Bp109-92 in complex with TNFR2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B,Maltose/malt...

分子名称: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: fusion protein of TNFR2 from human fused with MalE from E.Coli K-12
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 60.447305 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LPAQVAFTPY APEPGSTCRL REYYDQTAQM CCSKCSPGQH AKVFCTKTSD TVCDSCEDST YTQLWNWVPE CLSCGSRCSS DQVETQACT REQNRICTCR PGWYCALSKQ EGCRLCAPLR KCRPGFGVAR PGTETSDVVC KPCAPGTFSN TTSSTDICRP H QICNVVAI ...文字列:
LPAQVAFTPY APEPGSTCRL REYYDQTAQM CCSKCSPGQH AKVFCTKTSD TVCDSCEDST YTQLWNWVPE CLSCGSRCSS DQVETQACT REQNRICTCR PGWYCALSKQ EGCRLCAPLR KCRPGFGVAR PGTETSDVVC KPCAPGTFSN TTSSTDICRP H QICNVVAI PGNASMDAVC KIEEGKLVIW INGDKGYNGL AEVGKKFEKD TGIKVTVEHP DKLEEKFPQV AATGDGPDII FW AHDRFGG YAQSGLLAEI TPDKAFQDKL YPFTWDAVRY NGKLIAYPIA VEALSLIYNK DLLPNPPKTW EEIPALDKEL KAK GKSALM FNLQEPYFTW PLIAADGGYA FKYENGKYDI KDVGVDNAGA KAGLTFLVDL IKNKHMNADT DYSIAEAAFN KGET AMTIN GPWAWSNIDT SKVNYGVTVL PTFKGQPSKP FVGVLSAGIN AASPNKELAK EFLENYLLTD EGLEAVNKDK PLGAV ALKS YEEELVKDPR IAATMENAQK GEIMPNIPQM SAFWYAVRTA VINAASGRQT VDEALKDAQG HHHHHH

UniProtKB: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1B, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

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分子 #2: TR109 heavy chain

分子名称: TR109 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.080273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLT VYGVNWVRQP PGKGLEWLGM IWGDGSTAYN SALKSRLTIT KDNSKTQVFL KMNSLQTDD TARYYCARDG RRYALDYWGQ GTSVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN S GALTSGVH ...文字列:
QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLT VYGVNWVRQP PGKGLEWLGM IWGDGSTAYN SALKSRLTIT KDNSKTQVFL KMNSLQTDD TARYYCARDG RRYALDYWGQ GTSVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN S GALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCFNTHTCPP CPAPELLG

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分子 #3: TR109 light chain

分子名称: TR109 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.852311 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVLTQSPTS LAVSLGQRAT ISCRASESVD SYGDSFLHWY QQKPGQPPIL LIYRASNLDS GIPARFSGSG SRTDFTLTIN PVEADDVAT YYCQQSNEDP YTFGGGTKLE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT ...文字列:
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分子 #4: TR92 heavy chain

分子名称: TR92 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.543641 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KVQLQQSGAE LVKPGASVKL SCKASGYTFT ESIIHWVKQR SGQGLEWIGW FYPGSDNINY NEKFKDKATL TADKSSSTVY MELTRLTSE DSAVYFCASH EGPYVYFDYW GQGTTLTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列:
KVQLQQSGAE LVKPGASVKL SCKASGYTFT ESIIHWVKQR SGQGLEWIGW FYPGSDNINY NEKFKDKATL TADKSSSTVY MELTRLTSE DSAVYFCASH EGPYVYFDYW GQGTTLTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSCDKTHTC PPCPAPELLG

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分子 #5: TR92 light chain

分子名称: TR92 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.590156 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSHKF MSTSVGDRVS ITCKASQDVS TAVAWYQQKP GQSPKLLIYW TSTRHTGVPD RFTGSGSGTD YTLTISSVQA EDLALYYCQ HHYSTPYTFG GGTKLEIQRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIVMTQSHKF MSTSVGDRVS ITCKASQDVS TAVAWYQQKP GQSPKLLIYW TSTRHTGVPD RFTGSGSGTD YTLTISSVQA EDLALYYCQ HHYSTPYTFG GGTKLEIQRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1x PBS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 20 mA
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 4.9 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2218071
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 100391
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3alq


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8hlb:
Cryo-EM structure of biparatopic antibody Bp109-92 in complex with TNFR2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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