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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa RsmZ RNA in complex with three RsmA protein dimers | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() regulation of carbohydrate metabolic process / mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / negative regulation of translational initiation / mRNA 5'-UTR binding / ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Jia X / Pan Z / Yuan Y / Luo B / Luo Y / Mukherjee S / Jia G / Liu L / Ling X / Yang X ...Jia X / Pan Z / Yuan Y / Luo B / Luo Y / Mukherjee S / Jia G / Liu L / Ling X / Yang X / Wu Y / Liu T / Miao Z / Wei X / Bujnicki JM / Zhao K / Su Z | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of sRNA RsmZ regulation of Pseudomonas aeruginosa virulence. 著者: Xinyu Jia / Zhiling Pan / Yang Yuan / Bingnan Luo / Yongbo Luo / Sunandan Mukherjee / Guowen Jia / Liu Liu / Xiaobin Ling / Xiting Yang / Zhichao Miao / Xiawei Wei / Janusz M Bujnicki / Kelei ...著者: Xinyu Jia / Zhiling Pan / Yang Yuan / Bingnan Luo / Yongbo Luo / Sunandan Mukherjee / Guowen Jia / Liu Liu / Xiaobin Ling / Xiting Yang / Zhichao Miao / Xiawei Wei / Janusz M Bujnicki / Kelei Zhao / Zhaoming Su / ![]() ![]() | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 40.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 25.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 39.8 MB 39.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7yr7MC ![]() 7yr6C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34048_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34048_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : RNP1-6
全体 | 名称: RNP1-6 |
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要素 |
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-超分子 #1: RNP1-6
超分子 | 名称: RNP1-6 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: Translational regulator CsrA
分子 | 名称: Translational regulator CsrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 6.198266 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MLILTRRVGE TLMVGDDVTV TVLGVKGNQV RIGVNAPKEV AVHREEIYQR IQKEK |
-分子 #2: RsmZ RNA (118-MER)
分子 | 名称: RsmZ RNA (118-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 38.400934 KDa |
配列 | 文字列: GCGUACAGGG AACACGCAAC CCCGAAGGAU CGGGGAAGGG ACGUCGCCAG GGAGGCGAUU CCAUCAGGAU GAUGACGAGG GACUGAAGA GUGGGCGGGG UAAUACCCCG CCCCUUUUU |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 59.7 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 483925 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | (Chain: PDB, experimental model, PDB, experimental model, PDB, experimental model) |
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精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | ![]() PDB-7yr7: |