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- EMDB-33737: Cryo-EM structure of the PSI-LHCI-Lhcp supercomplex from Ostreoco... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33737
タイトルCryo-EM structure of the PSI-LHCI-Lhcp supercomplex from Ostreococcus tauri
マップデータ
試料
  • 複合体: photosystem I-light-harvesting complex I-prasinophyte-specific Lhc protein (PSI-LHCI-Lhcp) supercomplex光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: x 22種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 16種
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / 光化学系I / 光化学系I / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding ...chloroplast photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / 光化学系I / 光化学系I / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / 葉緑体 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre ...Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI subunit V / Photosystem I PsaN, reaction centre subunit N / Photosystem I PsaG/PsaK protein / Unnamed product / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit IV ...Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI subunit V / Photosystem I PsaN, reaction centre subunit N / Photosystem I PsaG/PsaK protein / Unnamed product / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit IV / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I PsaG/PsaK protein / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Ostreococcus tauri (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Shan J / Sheng X / Ishii A / Watanabe A / Song C / Murata K / Minagawa J / Liu Z
資金援助 日本, 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H04778 and 21H05040 日本
Chinese Academy of SciencesXDB37020101 and YSBR-015 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925024 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503702 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: The photosystem I supercomplex from a primordial green alga harbors three light-harvesting complex trimers.
著者: Asako Ishii / Jianyu Shan / Xin Sheng / Eunchul Kim / Akimasa Watanabe / Makio Yokono / Chiyo Noda / Chihong Song / Kazuyoshi Murata / Zhenfeng Liu / Jun Minagawa /
要旨: As a ubiquitous picophytoplankton in the ocean and an early-branching green alga, is a model prasinophyte species for studying the functional evolution of the light-harvesting systems in ...As a ubiquitous picophytoplankton in the ocean and an early-branching green alga, is a model prasinophyte species for studying the functional evolution of the light-harvesting systems in photosynthesis. Here, we report the structure and function of the photosystem I (PSI) supercomplex in low light conditions, where it expands its photon-absorbing capacity by assembling with the light-harvesting complexes I (LHCI) and a prasinophyte-specific light-harvesting complex (Lhcp). The architecture of the supercomplex exhibits hybrid features of the plant-type and the green algal-type PSI supercomplexes, consisting of a PSI core, an Lhca1-Lhca4-Lhca2-Lhca3 belt attached on one side and an Lhca5-Lhca6 heterodimer associated on the other side between PsaG and PsaH. Interestingly, nine Lhcp subunits, including one Lhcp1 monomer with a phosphorylated amino-terminal threonine and eight Lhcp2 monomers, oligomerize into three trimers and associate with PSI on the third side between Lhca6 and PsaK. The Lhcp1 phosphorylation and the light-harvesting capacity of PSI were subjected to reversible photoacclimation, suggesting that the formation of PSI-LHCI-Lhcp supercomplex is likely due to a phosphorylation-dependent mechanism induced by changes in light intensity. Notably, this supercomplex did not exhibit far-red peaks in the 77 K fluorescence spectra, which is possibly due to the weak coupling of the chlorophyll 603-609 pair in Lhca1-4.
履歴
登録2022年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月26日-
マップ公開2023年4月26日-
更新2023年4月26日-
現状2023年4月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33737.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33737.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.07399347 - 0.13541535
平均 (標準偏差)3.137092e-05 (±0.005333337)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 399.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33737_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_33737_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : photosystem I-light-harvesting complex I-prasinophyte-specific Lh...

全体名称: photosystem I-light-harvesting complex I-prasinophyte-specific Lhc protein (PSI-LHCI-Lhcp) supercomplex光化学系I
要素
  • 複合体: photosystem I-light-harvesting complex I-prasinophyte-specific Lhc protein (PSI-LHCI-Lhcp) supercomplex光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Lhca1
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Lhca6
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction centre subunit IV光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: PsaG
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaG/PsaK protein光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaN, reaction centre subunit N光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: PsaO
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: (3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4~{S})-2,2-dimethyl-6-methylidene-1,4-bis(oxidanyl)cyclohexyl]-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-2-one
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: water水

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超分子 #1: photosystem I-light-harvesting complex I-prasinophyte-specific Lh...

超分子名称: photosystem I-light-harvesting complex I-prasinophyte-specific Lhc protein (PSI-LHCI-Lhcp) supercomplex
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#22
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物) / 株: OTH95 / Organelle: chloroplast / 細胞中の位置: thylakoid membrane

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分子 #1: Lhca1

分子名称: Lhca1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 24.128406 KDa
配列文字列: MFAATRSFTQ TVAPKTSVKA RARVTARASA RPMWFPGAEA PAHLRGDLPC DYGFDPLNLG EKPDNLARYR EAELMHARWA MMGVAGAVG VEIAGQGDWA SAQPTTWDAT AKYLGNETHA PLFAVIGVNG VLVAFAESQR QAATGEARLY PGGSFDPAGL S KGKDFETL ...文字列:
MFAATRSFTQ TVAPKTSVKA RARVTARASA RPMWFPGAEA PAHLRGDLPC DYGFDPLNLG EKPDNLARYR EAELMHARWA MMGVAGAVG VEIAGQGDWA SAQPTTWDAT AKYLGNETHA PLFAVIGVNG VLVAFAESQR QAATGEARLY PGGSFDPAGL S KGKDFETL KRKELANGRV AMMAFFGIMA QHQADPSGPG PVKQLANHLA DPWHVNVCTN PSAIPWL

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分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 26.40402 KDa
配列文字列: MWVDRGGDIG AHRRLKARAT TTRASRRSVV VSAEAGAERP VWYPGKAPAP HLDGSLPGDF GFDPLSLSAD PEMRKWMVQA ELQHARWAM LGVAGAVAPE LLTKIGVADL PNWVDAGTYQ YWAPAGPLFF IQMAMFNWAE VRRWQDMKNP GSMNTDPLFG Y NSNDTNTD ...文字列:
MWVDRGGDIG AHRRLKARAT TTRASRRSVV VSAEAGAERP VWYPGKAPAP HLDGSLPGDF GFDPLSLSAD PEMRKWMVQA ELQHARWAM LGVAGAVAPE LLTKIGVADL PNWVDAGTYQ YWAPAGPLFF IQMAMFNWAE VRRWQDMKNP GSMNTDPLFG Y NSNDTNTD VGYPGGLFDK LGYAKDPAKA KELKLKEIKN GRLAMVAFLG ICAQYVQTGQ GPVENLFSHI ASPGSVGYFG SQ GL

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分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 29.432744 KDa
配列文字列: MFATMNAIKI TPFAKRQARR NVSVRAEEAE AAPAPVAKKT RNTEDLAPLY VLGNSEQSLS YLDGSLPGDY GFDPLGLSDP EGAGGFVNP KWLAYSELIH GRWAMLGVAG MVAPEVLGGM GIIPQETGLV WFKAGMIPAQ GTYDYWASPF TIFWINAFLM N IAELRRAQ ...文字列:
MFATMNAIKI TPFAKRQARR NVSVRAEEAE AAPAPVAKKT RNTEDLAPLY VLGNSEQSLS YLDGSLPGDY GFDPLGLSDP EGAGGFVNP KWLAYSELIH GRWAMLGVAG MVAPEVLGGM GIIPQETGLV WFKAGMIPAQ GTYDYWASPF TIFWINAFLM N IAELRRAQ DYWNPGSMGK QDFAGLEKML GGSGDPAYPG GFFNFMKQGE KDMAAMKTKE IKNGRLAMMA CFGCGAQACM TG EGPVKNL VDHVIDPFGH NLLVNFSQIG GVSPF

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分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 25.924592 KDa
配列文字列: MSAQFASTAV VGLRAPKTTK RSQRSVSVRA STQPMWFPGM DAPQHLKGEL PGDYGFDPLN LGKEPKDLEW YVQAELQHGR WAMLGVAGA AAPEILTKMG ISDLPNWHDA PNYQGYFTDA TTLFWVQMLM MNWAEVRRWQ DMRKPGSVNE DPAFSGNKLP S GIVGYPGG ...文字列:
MSAQFASTAV VGLRAPKTTK RSQRSVSVRA STQPMWFPGM DAPQHLKGEL PGDYGFDPLN LGKEPKDLEW YVQAELQHGR WAMLGVAGA AAPEILTKMG ISDLPNWHDA PNYQGYFTDA TTLFWVQMLM MNWAEVRRWQ DMRKPGSVNE DPAFSGNKLP S GIVGYPGG IFDPLGYAKG DLNKLKAKEI ANGRLAMVAF AGIMVQYDHT GVGPVANLVA HMSDPAHNNV FQAKFIGF

+
分子 #5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 23.401027 KDa
配列文字列: MIAQRSALSA RSIATPKATR RSAVVAAAAD RKMWLPAPYK APAHLDGSIA GDYGFDPLGL GTNPDRLKYY QEAELMNARW AMMAVAGIV GTEVAGIEPR WWEAGTEDYG FPPAALLAIQ FPVMGYLENK RIQGWMATGS SGVNETFPFD PMGMGSKDAN M KLKEIKNG ...文字列:
MIAQRSALSA RSIATPKATR RSAVVAAAAD RKMWLPAPYK APAHLDGSIA GDYGFDPLGL GTNPDRLKYY QEAELMNARW AMMAVAGIV GTEVAGIEPR WWEAGTEDYG FPPAALLAIQ FPVMGYLENK RIQGWMATGS SGVNETFPFD PMGMGSKDAN M KLKEIKNG RAAMIAFVGI VVQAIVYREG PVAALKDHIS NPFGCNMATN IMNIPVNLA

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分子 #6: Lhca6

分子名称: Lhca6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 26.742605 KDa
配列文字列: MFAQTAKTAI ALKTTTARST RASARSTRSV AVRAASDREL WYPGAVAPEY LNGSMAGDYG FDPLRLGANV ETLPYLQEAE LMNGRWAMA ATAGILFTDA TGLPKWWEAG AADYGYDFQT LVAFQVVVMG VLEAFRVRGL MKTGESGVLN MFPFDPAGLD A PDKRVKEV ...文字列:
MFAQTAKTAI ALKTTTARST RASARSTRSV AVRAASDREL WYPGAVAPEY LNGSMAGDYG FDPLRLGANV ETLPYLQEAE LMNGRWAMA ATAGILFTDA TGLPKWWEAG AADYGYDFQT LVAFQVVVMG VLEAFRVRGL MKTGESGVLN MFPFDPAGLD A PDKRVKEV KNGRLAMVAF LGMVSSYAVT GLSPLEALEA HMANPQAVNL FTSAVGGESV AFIAFLSCAP TFLLAQKTLG DG KEEFRPI PW

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分子 #7: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 83.249305 KDa
配列文字列: MTISPPEREI KTVKIVVDRD PVPTSFEKWA KPGHFSRTLA KGPATTTWVW DLHADAHDFD SHTTDLEDIS RKVFSAHFGQ LGVIFIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGVQ ITSGFFQLWR GSGITSELQL Y STAIGALI ...文字列:
MTISPPEREI KTVKIVVDRD PVPTSFEKWA KPGHFSRTLA KGPATTTWVW DLHADAHDFD SHTTDLEDIS RKVFSAHFGQ LGVIFIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGVQ ITSGFFQLWR GSGITSELQL Y STAIGALI CAGLMFFAGW WHYHKAAPKL EWFQNVESMM NHHLAGLLGL GSLAWAGHQI HIALPVNTLL DAGVDPKEIP LP HEFMLNR ALMAELYPSF AKGLTPFFTF NWTEYSDFLT FRGGLNPVTG GLWLTDMAHH HLAIAVLFLV AGHQYRTNWG IGH SMKEIL EAHKGPFTGE GHKGLYEILT TSWHAQLAIN LALMGSLSII VSHHMYSMPP YPYLATDYGT QLSLFTHHMW IGGF CICGA AAHAAIFMVR DYDPATNYNN VLDRVLRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMSAL GRPQDMFSDT AIQLQ PIFA QFVQHTHALA PELTAPTAAG STSASWGGDI VAVGGKIAMM PISLGTSDFM VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSI SIVIFHFSWK MQSDVWGSVT GNGVSHITGG NFAQSAN TI NGWLRDFLWA QSSQVIQSYG SALSAYGLIF LGAHFIWAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLKVAPA IQPRALSI T QGRAVGVAHY LLGGIATTWS FFLARIIAVG

+
分子 #8: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 81.421508 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ GLASDPTTRR IWFGIATAHD FETHDGMTEE KLYQKIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEKWGED PLHVRPIAH TIWDPHFGQP AVEAFTRGGA SAPVNIAYSG VYQWWYTIGM RTNVDLYNGS LFLLFVAGLF LFAGWLHLQP T FAPAVSWF ...文字列:
MATKFPKFSQ GLASDPTTRR IWFGIATAHD FETHDGMTEE KLYQKIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEKWGED PLHVRPIAH TIWDPHFGQP AVEAFTRGGA SAPVNIAYSG VYQWWYTIGM RTNVDLYNGS LFLLFVAGLF LFAGWLHLQP T FAPAVSWF KNAESRLNHH LSGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPASRGETVR WDNFLTTLPH PAGLAPFFTG QWAVYAQNPD TA GHIFGTS EGAGTAILTF LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH LAIAVVFIIA GHQYRTNFGI GHSMKEILEA HTAPSGRLGA GHT GLFDTV NNSLHFQLGL ALASVGVLCS LTAQHMYSMP PYAFLAQDFT TQAALYSHHQ YIAGFIMCGA FAHGAIFFIR DYDP EANKG NVLARMLEHK EAIISHLSWV SLFLGFHTLG LYVHNDVMQA FGTPEKQILI EPVFAQWIQA AQGKALYGFD ILLSG DNAA TAAGNSIYLP GWLAGINSST NSLFLPIGPG DFLVHHAIAL GLHTTTLILV KGALDARGSK LMPDKKDFGY SFPCDG PGR GGTCDISAWD AFYLAVFWEL NTVSWTVFYF HWKHLALWQG NSAQFDESST YIMGWLRDYL WLNSSQLING YNPFGMN SL SVWAWMFLFG HLIYATGFMF LISWRGYWQE LIETLVWAHE RTPLANFVKW NDKPVALSIV QARLVGLTHF AVGFVLTY A AFVIASTSGK FG

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分子 #9: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 8.751128 KDa
配列文字列:
MSHAVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAGQIA SAPRTEDCVG CKRCEAACPT DFLSVRVYLG SETTRSMGLA Y

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 20.560975 KDa
配列文字列:
MSVTHAPARA VAKPTAMRTR KSARSATIVR AEEAKAKTES AAPAVWTAPK LDPNTPSPIF GGSTGGLLRK AQVEEFYVLT WEAKKEAIF EMPTGGAAIM RKGPNLLKLA RKEQCLALLN TFRSKMKLDG CIYRVFPSGE VQYLHPKDGV YPEKVNKGRV G ANQNMRSI GKNTNPAKIK FQGKLGPFEV

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分子 #11: Photosystem I reaction centre subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction centre subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 11.278889 KDa
配列文字列:
MFACTKVQAN VFAVKTTKTV RRSTVTRAEG EAAKPAAKPQ VGPPRGTMVK ILRPESYWFN DYGKVISVDQ TGVRYPVVVR FEKVNYAGV STNNYALDEV EY

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分子 #12: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 24.593398 KDa
配列文字列: MHAHAQAQLT SKVTVSGLKR SARVQTRAVK TVAHCSAVDF SKKAASLAVA AAVAAAPLVA VEEAFARDVQ PYAGLTPCKT SKAFAKREK TELKALEKRL KKYDPESAPA LALQATMEKT KTRFANYGES GLLCGKDGLP HLIVDGNLEH LGEFAIPGLG F LYVAGWIG ...文字列:
MHAHAQAQLT SKVTVSGLKR SARVQTRAVK TVAHCSAVDF SKKAASLAVA AAVAAAPLVA VEEAFARDVQ PYAGLTPCKT SKAFAKREK TELKALEKRL KKYDPESAPA LALQATMEKT KTRFANYGES GLLCGKDGLP HLIVDGNLEH LGEFAIPGLG F LYVAGWIG YAGRSYIQEN KTASKPTEGE IIIDVPKALG LMFQAGAWPL LAGLELKNGT LTAPESEITV SPR

+
分子 #13: PsaG

分子名称: PsaG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 14.124991 KDa
配列文字列:
MLARTALPTK TTASFNGRVA KQTRTAKRGA KVAARAFDDV NVVMSASNAL ALYLGRFVFL PYQRAQVERV GMPTQNGQTH FAAGDTRAE EASFITSTND PAGFNLVDVF AWGSIGHAIG FLALASQSAQ QML

+
分子 #14: Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI

分子名称: Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 17.797947 KDa
配列文字列:
MAHVKVHTWT QIARNTTTPP TTTTTTTRER PARQSSMVAH AKTTAFATGA ALARSTPTTR RARATVMTRA KYGDESVYFD LSDVEATTG SWDVYGVDSA SRYPEQQAAF FEAAAQGLGR REAVYSVLAV SAGLLTVAYG VKGAKDAKLP ITVGPQQPAQ V GPRDRI

+
分子 #15: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 3.766573 KDa
配列文字列:
MAASLLPSIF VPLVGLVFPA VAMASLFLYI EKEQV

+
分子 #16: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 4.731595 KDa
配列文字列:
MKNFQIYLST APVLAAVWFT VLAGILIELN RFFPDALSFP LT

+
分子 #17: Photosystem I PsaG/PsaK protein

分子名称: Photosystem I PsaG/PsaK protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 13.573483 KDa
配列文字列:
MHATVAARPS IVSAKTSLSS TDALKRASAV AQRTKTRDVT VRADWSIGST ENMIVCFNTT AILGAMRFGL MPSVKKNFNG ASSHTAMVE QANAKTIGSR DPSGFTAVDV LAGGSLATII SAGEILAGQV PY

+
分子 #18: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 21.526773 KDa
配列文字列: MVLASKLTLD VRSCIGAKSL RTERPRNSAI GSNKTSRRQT KVSASSDKVQ IVKPINGDPF IGMLETPVTS SPDVANFLSN LPAYRTGVA PLLRGVEVGL AHGFFVTGPF IKLGPLRSTD AAELAGCLSG AGLVLILTAC LSIYGATAFQ REEVVGLKTL S GRTIAKDP ...文字列:
MVLASKLTLD VRSCIGAKSL RTERPRNSAI GSNKTSRRQT KVSASSDKVQ IVKPINGDPF IGMLETPVTS SPDVANFLSN LPAYRTGVA PLLRGVEVGL AHGFFVTGPF IKLGPLRSTD AAELAGCLSG AGLVLILTAC LSIYGATAFQ REEVVGLKTL S GRTIAKDP LQSSEGWASF TSGWLVGGLS GVAWSYVLTQ VLPYYS

+
分子 #19: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 3.413078 KDa
配列文字列:
MPLSDTQVFT ALFVALITGI LSLRLGTQLY K

+
分子 #20: Photosystem I PsaN, reaction centre subunit N

分子名称: Photosystem I PsaN, reaction centre subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 14.405324 KDa
配列文字列:
MYTVCGANII AAKAPTAAKK QDKVKRAVSL GLAGLAAATV SVAPAHADLT ADLLARTEAN KSLNDQKRAA TSSANFERSR LVTDGFCQF PQNIFGCQNA AEKGSVKFLS DDMAIECEGT ADGKTCSSKA PGAYPSFLGL

+
分子 #21: PsaO

分子名称: PsaO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 15.020308 KDa
配列文字列:
MLALAPINVQ RRSPLGVSAR GRKTQSKARF AVKVNAANAD LKFDDDWKKS NVAVHLASLF GWVIPSASPC PAFPDNASLF KVFSDRISE NLAHFPTGPS ADDPIWLYML TWHMGLFACM MFGQIGVQAR KQGYFGN

+
分子 #22: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 24.689807 KDa
配列文字列: MSALLASSFV SRVAAFKAQK VQNKSVSTTV KADIYPEFGT YPGGGESPII PFGSEKNAER EVIHGRWAML GVTGAWAAEN GTGIPWFTA GTLCTPDDCT AVADKFPGAV APLAPEGSGY PSFWNVLIIE IVLVGAAEAY RTGISDSPFD DGLTVGDVNP G GRFDPLGL ...文字列:
MSALLASSFV SRVAAFKAQK VQNKSVSTTV KADIYPEFGT YPGGGESPII PFGSEKNAER EVIHGRWAML GVTGAWAAEN GTGIPWFTA GTLCTPDDCT AVADKFPGAV APLAPEGSGY PSFWNVLIIE IVLVGAAEAY RTGISDSPFD DGLTVGDVNP G GRFDPLGL AESGDLEELK IKELKHCRLS MFAWLGCIFQ ALATQEGPIA NWQSHVADPV HSNVLTNAAK GFGFY

+
分子 #23: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 24.161299 KDa
配列文字列: (ACE)RR(TPO)KASVPA KRSAFKANKF GSLAPPDLYP EFGTYPGGGE SPVIPFGSEK NAEREIIHGR WAMLGVTGAW AA ENGTGIP WFTAGTLCTP DDCTAVADKF PGAVAPLAPA GSGYPNFWAV LAIEIFLVGS AECYRTGLFE NPFPELTQGD VTP GGRFDP ...文字列:
(ACE)RR(TPO)KASVPA KRSAFKANKF GSLAPPDLYP EFGTYPGGGE SPVIPFGSEK NAEREIIHGR WAMLGVTGAW AA ENGTGIP WFTAGTLCTP DDCTAVADKF PGAVAPLAPA GSGYPNFWAV LAIEIFLVGS AECYRTGLFE NPFPELTQGD VTP GGRFDP LGFAEAGDLE ELKIKELKHS RLAMFAWLGC IMQALATQEG PIANWTAHVA DPIHANVLTN AAKGFKFY

+
分子 #24: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 60 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

+
分子 #25: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 245 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #26: (3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4...

分子名称: (3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4~{S})-2,2-dimethyl-6-methylidene-1,4-bis(oxidanyl)cyclohexyl]-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4- ...名称: (3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4~{S})-2,2-dimethyl-6-methylidene-1,4-bis(oxidanyl)cyclohexyl]-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-2-one
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 23 / 式: IWJ
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-IWJ:
(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4~{S})-2,2-dimethyl-6-methylidene-1,4-bis(oxidanyl)cyclohexyl]-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-2-one / プラシノキサンチン

+
分子 #27: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 6 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン

+
分子 #28: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 10 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #29: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca- ...名称: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 39 / 式: Q6L
分子量理論値: 570.887 Da
Chemical component information

ChemComp-Q6L:
(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaenyl]cyclohex-3-en-1-ol

+
分子 #30: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 30 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #31: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 11 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #32: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #33: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa

+
分子 #34: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #35: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #36: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #37: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 6 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #38: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 9 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2 / Chlorophyll c

+
分子 #39: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 5288217
詳細: Template picker was used to automatically select particle images
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6932

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 80573
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 80366
詳細The selected images were normalized
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル(Chain: PDB, experimental model, PDB, experimental model, PDB, experimental model, PDB, experimental model, PDB, experimental model, PDB, experimental model, PDB, experimental model, PDB, experimental model, PDB, experimental model, PDB, experimental model, PDB, experimental model, PDB, experimental model, PDB, experimental model, PDB, experimental model, PDB, experimental model)
詳細Initial local fitting was done using Chimera and then Wincoot was usd for flexible fitting
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 110.967 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7yca:
Cryo-EM structure of the PSI-LHCI-Lhcp supercomplex from Ostreococcus tauri

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る