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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3355 | |||||||||
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タイトル | Activation of NMDA receptors and the mechanism of inhibition by ifenprodil - Class X | |||||||||
![]() | Class X, unsharpened, unmasked map | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cellular response to curcumin / cellular response to corticosterone stimulus / cellular response to magnesium starvation / regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / sensory organ development / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tajima N / Karakas E / Grant T / Simorowski N / Diaz-Avalos R / Grigorieff N / Furukawa H | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Activation of NMDA receptors and the mechanism of inhibition by ifenprodil. 著者: Nami Tajima / Erkan Karakas / Timothy Grant / Noriko Simorowski / Ruben Diaz-Avalos / Nikolaus Grigorieff / Hiro Furukawa / ![]() 要旨: The physiology of N-methyl-d-aspartate (NMDA) receptors is fundamental to brain development and function. NMDA receptors are ionotropic glutamate receptors that function as heterotetramers composed ...The physiology of N-methyl-d-aspartate (NMDA) receptors is fundamental to brain development and function. NMDA receptors are ionotropic glutamate receptors that function as heterotetramers composed mainly of GluN1 and GluN2 subunits. Activation of NMDA receptors requires binding of neurotransmitter agonists to a ligand-binding domain (LBD) and structural rearrangement of an amino-terminal domain (ATD). Recent crystal structures of GluN1-GluN2B NMDA receptors bound to agonists and an allosteric inhibitor, ifenprodil, represent the allosterically inhibited state. However, how the ATD and LBD move to activate the NMDA receptor ion channel remains unclear. Here we applied X-ray crystallography, single-particle electron cryomicroscopy and electrophysiology to rat NMDA receptors to show that, in the absence of ifenprodil, the bi-lobed structure of GluN2 ATD adopts an open conformation accompanied by rearrangement of the GluN1-GluN2 ATD heterodimeric interface, altering subunit orientation in the ATD and LBD and forming an active receptor conformation that gates the ion channel. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 19.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 434.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5fxjMC ![]() 3352C ![]() 3353C ![]() 3354C ![]() 3356C ![]() 5b3jC ![]() 5fxgC ![]() 5fxhC ![]() 5fxiC ![]() 5fxkC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Class X, unsharpened, unmasked map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : NMDA Receptor
全体 | 名称: NMDA Receptor![]() |
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要素 |
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-超分子 #1000: NMDA Receptor
超分子 | 名称: NMDA Receptor / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample was purified in the presence of agonists Glycine and L-glutamate. 集合状態: One heterotetramer of 2 GluN1 and 2 GluN2B subunits Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 370 KDa |
-分子 #1: N-methyl-D-aspartate receptor GluN1
分子 | 名称: N-methyl-D-aspartate receptor GluN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: GluN1, NR1 / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 93 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() 組換株: Sf9 CRL-1711 / 組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: Modified pFL and pUCDM |
配列 | UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 |
-分子 #2: N-methyl-D-aspartate receptor GluN2B
分子 | 名称: N-methyl-D-aspartate receptor GluN2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: GluN2B, NR2B / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 92 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() 組換株: Sf9 CRL-1711 / 組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: Modified pFL and pUCDM |
配列 | UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 詳細: 200 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 7.0, 10 mM Glycine, 10 mM L-Glutamate, 0.002% MNG-3 |
グリッド | 詳細: C-flat 1.2/1.3 Cu 400 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: 3s Blot time |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 38168 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
アライメント法 | Legacy - Electron beam tilt params: 0 |
詳細 | 21s exposure into 70 frames, with an exposure rate of ~8 electrons/pixel/s on the camera. |
日付 | 2015年8月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 1200 / 平均電子線量: 100 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Each Particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称![]() 詳細: The highest resolution included in the refinement was 8A. 使用した粒子像数: 14000 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
詳細 | The individual domains were initially fitted using coot and real space refinement was performed using Phenix |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Real Space |
得られたモデル | ![]() PDB-5fxj: |