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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33190 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the T=4 lake sinai virus 2 virus-like capsid at pH 7.5 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Viral coat protein subunit / Capsid protein alpha 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Lake Sinai virus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen NC / Wang CH / Chen CJ / Yoshimura M / Guan HH / Chuankhayan P / Lin CC | |||||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structures of honeybee-infecting Lake Sinai virus reveal domain functions and capsid assembly with dynamic motions 著者: Chen NC / Wang CH / Yoshimura M / Yeh YQ / Guan HH / Chuankhayan P / Lin CC / Lin PJ / Huang YC / Wakatsuki S / Ho MC / Chen CJ | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33190.map.gz | 483.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33190-v30.xml emd-33190.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33190.png | 143.5 KB | ||
その他 | emd_33190_half_map_1.map.gz emd_33190_half_map_2.map.gz | 474 MB 474 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33190 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33190 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xgzMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0537 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33190_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33190_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Lake Sinai virus 2
全体 | 名称: Lake Sinai virus 2 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Lake Sinai virus 2
超分子 | 名称: Lake Sinai virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1041831 / 生物種: Lake Sinai virus 2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Capsid protein alpha
分子 | 名称: Capsid protein alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lake Sinai virus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 57.344309 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNPPTTTTTT TRTIRAPKVQ LTPNSATRRR RNRRRRRPAA AIAGPLSIQP SSINRRMVSR VTRRSAVVTA AGLAWLRQYL NPMGPDTTS VTGYPDGSAV TTCIADYSNT FNVSFPPREA LYCTGSSSSE KPTLVDADNY AKIDKWSNYD ITLCVLALPM L RNVVMLRL ...文字列: MNPPTTTTTT TRTIRAPKVQ LTPNSATRRR RNRRRRRPAA AIAGPLSIQP SSINRRMVSR VTRRSAVVTA AGLAWLRQYL NPMGPDTTS VTGYPDGSAV TTCIADYSNT FNVSFPPREA LYCTGSSSSE KPTLVDADNY AKIDKWSNYD ITLCVLALPM L RNVVMLRL YPHTPTAFAL TEQTPNFPQR FPNWSVYSAD GTRFNNGDEP GYLQSYVYLP NVDKHLSAAR GYRLLSRGIT GI FSAPALE TQGFVTACQY LAEGSIQSQS IKSDAVRSVT VNSDGTVKNV ESSSQTVSSM PRYVFPLDGD NCAPSSLTET YHQ AYQSKA TDGFYMPVLS SSRDNPFHPP QPRAIAVYGS FLARGCLDPV SEAHEADGPT HDIYRLNVAD DVAPLFNTGV VWFE GISPK FSLKLKTRTV LQYIPTSGSV LANFTRHEPT YDQIALDAAD RLRNLMPHAY PAAYNDWGWL GDLLDSAISM LPGVG TVYN IAKPLIKPAW NWLGNKVSDF FGNPVARDGD IFFDAK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.72 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.25 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 46.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 30227 |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initial in cisTEM |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cisTEM |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30227 |