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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3245 | |||||||||
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タイトル | Density map of the Sec61 channel opened by a signal sequence | |||||||||
マップデータ | This is the final postprocessed, sharpened, and masked map. | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome (リボソーム) / Sec61 (Sec61) / translocation / signal sequence | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Growth hormone receptor signaling / long-day photoperiodism / response to external biotic stimulus / negative regulation of nitric oxide mediated signal transduction / peptide hormone secretion / prolactin receptor binding / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / positive regulation of lactation ...: / Growth hormone receptor signaling / long-day photoperiodism / response to external biotic stimulus / negative regulation of nitric oxide mediated signal transduction / peptide hormone secretion / prolactin receptor binding / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / positive regulation of lactation / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / pronephric nephron development / response to L-arginine / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein insertion into ER membrane / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / mammary gland development / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal transduction involved in regulation of gene expression / blastocyst formation / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to food / biosynthetic process / positive regulation of endocytosis / protein transmembrane transporter activity / response to mechanical stimulus / 授乳 / response to nutrient levels / female pregnancy / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / phospholipid binding / hormone activity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / ribosome binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / 小胞体 / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Canis lupus (オオカミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Voorhees RM / Hegde RS | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2016 タイトル: Structure of the Sec61 channel opened by a signal sequence. 著者: Rebecca M Voorhees / Ramanujan S Hegde / 要旨: Secreted and integral membrane proteins compose up to one-third of the biological proteome. These proteins contain hydrophobic signals that direct their translocation across or insertion into the ...Secreted and integral membrane proteins compose up to one-third of the biological proteome. These proteins contain hydrophobic signals that direct their translocation across or insertion into the lipid bilayer by the Sec61 protein-conducting channel. The molecular basis of how hydrophobic signals within a nascent polypeptide trigger channel opening is not understood. Here, we used cryo-electron microscopy to determine the structure of an active Sec61 channel that has been opened by a signal sequence. The signal supplants helix 2 of Sec61α, which triggers a rotation that opens the central pore both axially across the membrane and laterally toward the lipid bilayer. Comparisons with structures of Sec61 in other states suggest a pathway for how hydrophobic signals engage the channel to gain access to the lipid bilayer. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3245.map.gz | 31.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3245-v30.xml emd-3245.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3245_overview_map.png | 631.8 KB | ||
その他 | run1_half1_class001_unfil_1.map run1_half2_class001_unfil.map | 282.6 MB 282.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3245 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3245 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3245.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 276 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the final postprocessed, sharpened, and masked map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: run1 half1 class001 unfil 1.map
ファイル | run1_half1_class001_unfil_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: run1 half2 class001 unfil.map
ファイル | run1_half2_class001_unfil.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The stalled mammalian Sec61 complex opened by the pre-prolactin s...
全体 | 名称: The stalled mammalian Sec61 complex opened by the pre-prolactin signal sequence. |
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要素 |
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-超分子 #1000: The stalled mammalian Sec61 complex opened by the pre-prolactin s...
超分子 | 名称: The stalled mammalian Sec61 complex opened by the pre-prolactin signal sequence. タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: monomer / Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: mammalian ribosome
超分子 | 名称: mammalian ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 80S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Canis lupus (オオカミ) / 別称: Dog / 組織: pancreas / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum |
-分子 #1: Sec61 channel
分子 | 名称: Sec61 channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Sec61 translocon / 詳細: The heterotrimeric mammalian Sec61 channel / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Canis lupus (オオカミ) / 別称: Dog / 組織: pancreas / Organelle: Endoplasmic reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic reticulum |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES pH 7.5, 200 mM KOAc, 15 mM MgOAc2, 1 mM DTT, 0.25% digitonin |
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グリッド | 詳細: 400 mesh holey carbon grid coated with a continuous layer of amorphous carbon |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II 手法: Incubate for 30 seconds at 4 C and blot for 9 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective astigmatism was corrected at 60,000 times magnification |
日付 | 2015年3月9日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 1489 / 平均電子線量: 27 e/Å2 詳細: Every image is the average of 17 frames recorded by the direct electron detector. |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 2次元分類 | クラス数: 5 |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 101339 |
詳細 | The particles were selected using the automated particle selection in Relion. |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera and Coot |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-3jc2: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, coot, and Refmac |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-3jc2: |