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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3201 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex in DNA free state (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, and tau subunits) | |||||||||
![]() | E. coli replicative DNA polymerase complex in DNA free state (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, and tau subunits) | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fernandez-Leiro R / Conrad J / Scheres HWS / Lamers MH | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: cryo-EM structures of the replicative DNA polymerase reveal its dynamic interactions with the DNA sliding clamp, exonuclease and . 著者: Rafael Fernandez-Leiro / Julian Conrad / Sjors Hw Scheres / Meindert H Lamers / ![]() 要旨: The replicative DNA polymerase PolIIIα from is a uniquely fast and processive enzyme. For its activity it relies on the DNA sliding clamp β, the proofreading exonuclease ε and the C-terminal ...The replicative DNA polymerase PolIIIα from is a uniquely fast and processive enzyme. For its activity it relies on the DNA sliding clamp β, the proofreading exonuclease ε and the C-terminal domain of the clamp loader subunit τ. Due to the dynamic nature of the four-protein complex it has long been refractory to structural characterization. Here we present the 8 Å resolution cryo-electron microscopy structures of DNA-bound and DNA-free states of the PolIII-clamp-exonuclease-τ complex. The structures show how the polymerase is tethered to the DNA through multiple contacts with the clamp and exonuclease. A novel contact between the polymerase and clamp is made in the DNA bound state, facilitated by a large movement of the polymerase tail domain and τ. These structures provide crucial insights into the organization of the catalytic core of the replisome and form an important step towards determining the structure of the complete holoenzyme. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 4.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() | 260.3 KB 260.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 8 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 8 MB 8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | E. coli replicative DNA polymerase complex in DNA free state (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, and tau subunits) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.76 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-セグメンテーションマップ: mask for reconstructuion
注釈 | mask for reconstructuion | ||||||||||||
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ファイル | ![]() | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: ABET DNA Free C23 zFLIP ori0 half1 class001 unfil.map
ファイル | ABET_DNA_Free_C23_zFLIP_ori0_half1_class001_unfil.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: ABET DNA Free C23 zFLIP ori0 half2 class001 unfil.map
ファイル | ABET_DNA_Free_C23_zFLIP_ori0_half2_class001_unfil.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : E. coli replicative DNA polymerase complex in DNA free state (DNA...
全体 | 名称: E. coli replicative DNA polymerase complex in DNA free state (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, and tau subunits) |
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要素 |
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-超分子 #1000: E. coli replicative DNA polymerase complex in DNA free state (DNA...
超分子 | 名称: E. coli replicative DNA polymerase complex in DNA free state (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, and tau subunits) タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Individual proteins purified individually and the complex was later assembled in vitro and purified over gel filtration 集合状態: 1 DNA polymerase III alpha : 2 DNA polymerase III beta: 1 DNA polymerase III epsilon : 1 DNA polymerase III tau Number unique components: 4 |
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分子量 | 理論値: 256 KDa |
-分子 #1: DNA polymerase III alpha
分子 | 名称: DNA polymerase III alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: dnaE 詳細: amino acid residues 920-924 of E. coli PolIII alpha were changed by site directed mutagenesis from QADMF to QLDLF コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 132 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | UniProtKB: ![]() GO: ![]() ![]() ![]() InterPro: ![]() |
-分子 #2: DNA polymerase III beta
分子 | 名称: DNA polymerase III beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: DNA clamp / コピー数: 1 / 集合状態: 2 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 81 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | UniProtKB: Beta sliding clamp / GO: DNA strand elongation involved in DNA replication / InterPro: ![]() |
-分子 #3: DNA polymerase III epsilon
分子 | 名称: DNA polymerase III epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: dnaQ 詳細: amino acid residues 182-187 of E. coli PolIII epsilon were changed by site directed mutagenesis from QTSMAF to QLSLPL コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 27.3762 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | UniProtKB: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #4: DNA polymerase III tau
分子 | 名称: DNA polymerase III tau / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: dnaX / 詳細: polymerase-binding domain of tau: residues 500-643 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 16.264 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | UniProtKB: ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 25 mM Hepes pH 7.5, 50 mM Potassium Glutamate, 3 mM Magnesium Acetate, 2 mM DTT |
グリッド | 詳細: glow-discharged holey carbon cryo-EM grids (Quantifoil Cu R1.2/1.3 400 mesh) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 110 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 手法: Prior to sample preparation 0.1 volumes of 0.05% Tween 20 were added to the sample 3 microliters were pipetted onto the grid and blotted for 4 seconds |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 28409 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
温度 | 最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 64,000 times magnification |
日付 | 2014年5月12日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 1350 / 平均電子線量: 40 e/Å2 / 詳細: 20 frames/micrograph / ビット/ピクセル: 32 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |