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- EMDB-31541: CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31541
タイトルCryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1
マップデータ
試料
  • 複合体: Oxr1 bound V1 subcomplex of Yeast Vacuolar ATPase
    • 複合体: Yeast Vacuolar ATPase subunit CV-ATPase
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit C
    • 複合体: Yeast V-type proton ATPase subunits
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit E
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit G
      • タンパク質・ペプチド: Yeast Vacuolar ATPase A subunit
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit B
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit D
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit F
      • タンパク質・ペプチド: Oxidation resistance protein 1
キーワードATPase (ATPアーゼ) / proton pump (プロトンポンプ) / rotary motor enzyme / membrane protein (膜タンパク質) / MOTOR PROTEIN (モータータンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuole-mitochondrion membrane contact site / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / proteasome storage granule assembly / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / pexophagy ...vacuole-mitochondrion membrane contact site / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / proteasome storage granule assembly / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / pexophagy / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / ATP metabolic process / Neutrophil degranulation / proton transmembrane transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / transmembrane transport / cytoplasmic stress granule / intracellular calcium ion homeostasis / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / ゴルジ体 / ミトコンドリア / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
TLDc domain profile. / TLDc domain / TLD / domain in TBC and LysM domain containing proteins / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / V-type ATPase subunit E ...TLDc domain profile. / TLDc domain / TLD / domain in TBC and LysM domain containing proteins / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit B / V-type proton ATPase subunit E / V-type proton ATPase subunit C / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit F / Oxidation resistance protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Khan MM / Lee S
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM058600 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA228340 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141908 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: Oxidative stress protein Oxr1 promotes V-ATPase holoenzyme disassembly in catalytic activity-independent manner.
著者: Md Murad Khan / Seowon Lee / Sergio Couoh-Cardel / Rebecca A Oot / Hyunmin Kim / Stephan Wilkens / Soung-Hun Roh /
要旨: The vacuolar ATPase (V-ATPase) is a rotary motor proton pump that is regulated by an assembly equilibrium between active holoenzyme and autoinhibited V -ATPase and V proton channel subcomplexes. ...The vacuolar ATPase (V-ATPase) is a rotary motor proton pump that is regulated by an assembly equilibrium between active holoenzyme and autoinhibited V -ATPase and V proton channel subcomplexes. Here, we report cryo-EM structures of yeast V-ATPase assembled in vitro from lipid nanodisc reconstituted V and mutant V . Our analysis identified holoenzymes in three active rotary states, indicating that binding of V to V provides sufficient free energy to overcome V autoinhibition. Moreover, the structures suggest that the unequal spacing of V 's proton-carrying glutamic acid residues serves to alleviate the symmetry mismatch between V and V motors, a notion that is supported by mutagenesis experiments. We also uncover a structure of free V bound to Oxr1, a conserved but poorly characterized factor involved in the oxidative stress response. Biochemical experiments show that Oxr1 inhibits V -ATPase and causes disassembly of the holoenzyme, suggesting that Oxr1 plays a direct role in V-ATPase regulation.
履歴
登録2021年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月29日-
マップ公開2021年12月29日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7fde
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31541.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31541.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.7 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-1.172409 - 3.3534698
平均 (標準偏差)0.0012109595 (±0.12922302)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 432.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z432.000432.000432.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ440440440
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-1.1723.3530.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Oxr1 bound V1 subcomplex of Yeast Vacuolar ATPase

全体名称: Oxr1 bound V1 subcomplex of Yeast Vacuolar ATPase
要素
  • 複合体: Oxr1 bound V1 subcomplex of Yeast Vacuolar ATPase
    • 複合体: Yeast Vacuolar ATPase subunit CV-ATPase
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit C
    • 複合体: Yeast V-type proton ATPase subunits
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit E
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit G
      • タンパク質・ペプチド: Yeast Vacuolar ATPase A subunit
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit B
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit D
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit F
      • タンパク質・ペプチド: Oxidation resistance protein 1

+
超分子 #1: Oxr1 bound V1 subcomplex of Yeast Vacuolar ATPase

超分子名称: Oxr1 bound V1 subcomplex of Yeast Vacuolar ATPase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 600 KDa

+
超分子 #2: Yeast Vacuolar ATPase subunit C

超分子名称: Yeast Vacuolar ATPase subunit C / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
超分子 #3: Yeast V-type proton ATPase subunits

超分子名称: Yeast V-type proton ATPase subunits / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#8 / 詳細: V-ATPase subunits purified from natural source

+
分子 #1: V-type proton ATPase subunit C

分子名称: V-type proton ATPase subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 44.241352 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MATALYTAND FILISLPQNA QPVTAPGSKT DSWFNETLIG GRAFVSDFKI PEFKIGSLDT LIVESEELSK VDNQIGASIG KIIEILQGL NETSTNAYRT LPINNMPVPE YLENFQWQTR KFKLDKSIKD LITLISNESS QLDADVRATY ANYNSAKTNL A AAERKKTG ...文字列:
MATALYTAND FILISLPQNA QPVTAPGSKT DSWFNETLIG GRAFVSDFKI PEFKIGSLDT LIVESEELSK VDNQIGASIG KIIEILQGL NETSTNAYRT LPINNMPVPE YLENFQWQTR KFKLDKSIKD LITLISNESS QLDADVRATY ANYNSAKTNL A AAERKKTG DLSVRSLHDI VKPEDFVLNS EHLTTVLVAV PKSLKSDFEK SYETLSKNVV PASASVIAED AEYVLFNVHL FK KNVQEFT TAAREKKFIP REFNYSEELI DQLKKEHDSA ASLEQSLRVQ LVRLAKTAYV DVFINWFHIK ALRVYVESVL RYG LPPHFN IKIIAVPPKN LSKCKSELID AFGFLGGNAF MKDKKGKINK QDTSLHQYAS LVDTEYEPFV MYIINL

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit C

+
分子 #2: V-type proton ATPase subunit E

分子名称: V-type proton ATPase subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 26.508393 KDa
配列文字列: MSSAITALTP NQVNDELNKM QAFIRKEAEE KAKEIQLKAD QEYEIEKTNI VRNETNNIDG NFKSKLKKAM LSQQITKSTI ANKMRLKVL SAREQSLDGI FEETKEKLSG IANNRDEYKP ILQSLIVEAL LKLLEPKAIV KALERDVDLI ESMKDDIMRE Y GEKAQRAP ...文字列:
MSSAITALTP NQVNDELNKM QAFIRKEAEE KAKEIQLKAD QEYEIEKTNI VRNETNNIDG NFKSKLKKAM LSQQITKSTI ANKMRLKVL SAREQSLDGI FEETKEKLSG IANNRDEYKP ILQSLIVEAL LKLLEPKAIV KALERDVDLI ESMKDDIMRE Y GEKAQRAP LEEIVISNDY LNKDLVSGGV VVSNASDKIE INNTLEERLK LLSEEALPAI RLELYGPSKT RKFFD

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit E

+
分子 #3: V-type proton ATPase subunit G

分子名称: V-type proton ATPase subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 13.73568 KDa
配列文字列:
MDYKDDDDKS QKNGIATLLQ AEKEAHEIVS KARKYRQDKL KQAKTDAAKE IDSYKIQKDK ELKEFEQKNA GGVGELEKKA EAGVQGELA EIKKIAEKKK DDVVKILIET VIKPSAEVHI NAL

+
分子 #4: Yeast Vacuolar ATPase A subunit

分子名称: Yeast Vacuolar ATPase A subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 67.796508 KDa
配列文字列: MAGAIENARK EIKRISLEDH AESEYGAIYS VSGPVVIAEN MIGCAMYELV KVGHDNLVGE VIRIDGDKAT IQVYEETAGL TVGDPVLRT GKPLSVELGP GLMETIYDGI QRPLKAIKEE SQSIYIPRGI DTPALDRTIK WQFTPGKFQV GDHISGGDIY G SVFENSLI ...文字列:
MAGAIENARK EIKRISLEDH AESEYGAIYS VSGPVVIAEN MIGCAMYELV KVGHDNLVGE VIRIDGDKAT IQVYEETAGL TVGDPVLRT GKPLSVELGP GLMETIYDGI QRPLKAIKEE SQSIYIPRGI DTPALDRTIK WQFTPGKFQV GDHISGGDIY G SVFENSLI SSHKILLPPR SRGTITWIAP AGEYTLDEKI LEVEFDGKKS DFTLYHTWPV RVPRPVTEKL SADYPLLTGQ RV LDALFPC VQGGTTCIPG AFGCGKTVIS QSLSKYSNSD AIIYVGCGER GNEMAEVLME FPELYTEMSG TKEPIMKRTT LVA NTSNMP VAAREASIYT GITLAEYFRD QGKNVSMIAD SSSRWAEALR EISGRLGEMP ADQGFPAYLG AKLASFYERA GKAV ALGSP DRTGSVSIVA AVSPAGGDFS DPVTTATLGI TQVFWGLDKK LAQRKHFPSI NTSVSYSKYT NVLNKFYDSN YPEFP VLRD RMKEILSNAE ELEQVVQLVG KSALSDSDKI TLDVATLIKE DFLQQNGYST YDAFCPIWKT FDMMRAFISY HDEAQK AVA NGANWSKLAD STGDVKHAVS SSKFFEPSRG EKEVHGEFEK LLSTMQERFA ESTD

+
分子 #5: V-type proton ATPase subunit B

分子名称: V-type proton ATPase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 57.815023 KDa
配列文字列: MVLSDKELFA INKKAVEQGF NVKPRLNYNT VSGVNGPLVI LEKVKFPRYN EIVNLTLPDG TVRQGQVLEI RGDRAIVQVF EGTSGIDVK KTTVEFTGES LRIPVSEDML GRIFDGSGRP IDNGPKVFAE DYLDINGSPI NPYARIYPEE MISTGVSAID T MNSIARGQ ...文字列:
MVLSDKELFA INKKAVEQGF NVKPRLNYNT VSGVNGPLVI LEKVKFPRYN EIVNLTLPDG TVRQGQVLEI RGDRAIVQVF EGTSGIDVK KTTVEFTGES LRIPVSEDML GRIFDGSGRP IDNGPKVFAE DYLDINGSPI NPYARIYPEE MISTGVSAID T MNSIARGQ KIPIFSASGL PHNEIAAQIC RQAGLVRPTK DVHDGHEENF SIVFAAMGVN LETARFFKQD FEENGSLERT SL FLNLAND PTIERIITPR LALTTAEYLA YQTERHVLTI LTDMSSYADA LREVSAAREE VPGRRGYPGY MYTDLSTIYE RAG RVEGRN GSITQIPILT MPNDDITHPI PDLTGYITEG QIFVDRQLHN KGIYPPINVL PSLSRLMKSA IGEGMTRKDH GDVS NQLYA KYAIGKDAAA MKAVVGEEAL SIEDKLSLEF LEKFEKTFIT QGAYEDRTVF ESLDQAWSLL RIYPKEMLNR ISPKI LDEF YDRARDDADE DEEDPDTRSS GKKKDASQEE SLI

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit B

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分子 #6: V-type proton ATPase subunit D

分子名称: V-type proton ATPase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 29.235023 KDa
配列文字列: MSGNREQVFP TRMTLGLMKT KLKGANQGYS LLKRKSEALT KRFRDITKRI DDAKQKMGRV MQTAAFSLAE VSYATGENIG YQVQESVST ARFKVRARQE NVSGVYLSQF ESYIDPEIND FRLTGLGRGG QQVQRAKEIY SRAVETLVEL ASLQTAFIIL D EVIKVTNR ...文字列:
MSGNREQVFP TRMTLGLMKT KLKGANQGYS LLKRKSEALT KRFRDITKRI DDAKQKMGRV MQTAAFSLAE VSYATGENIG YQVQESVST ARFKVRARQE NVSGVYLSQF ESYIDPEIND FRLTGLGRGG QQVQRAKEIY SRAVETLVEL ASLQTAFIIL D EVIKVTNR RVNAIEHVII PRTENTIAYI NSELDELDRE EFYRLKKVQE KKQNETAKLD AEMKLKRDRA EQDASEVAAD EE PQGETLV ADQEDDVIF

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit D

+
分子 #7: V-type proton ATPase subunit F

分子名称: V-type proton ATPase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 13.47917 KDa
配列文字列:
MAEKRTLIAV IADEDTTTGL LLAGIGQITP ETQEKNFFVY QEGKTTKEEI TDKFNHFTEE RDDIAILLIN QHIAENIRAR VDSFTNAFP AILEIPSKDH PYDPEKDSVL KRVRKLFGE

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit F

+
分子 #8: Oxidation resistance protein 1

分子名称: Oxidation resistance protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 30.818334 KDa
配列文字列: MFGVKDAIFK IKRSIAGTDS SDSTAYTTAS ESSPQLKDSH NPFRNKTTSE RTIVEEGSLP PVRLNGYLPS TKNKLLTPEM CDEIRTLMP TRIQLYTEWN LLYSLEQHGS SLHSLYSNVA PDSKEFRRVG YVLVIKDRKN GIFGAYSNEA FHPNEHRQYT G NGECFLWK ...文字列:
MFGVKDAIFK IKRSIAGTDS SDSTAYTTAS ESSPQLKDSH NPFRNKTTSE RTIVEEGSLP PVRLNGYLPS TKNKLLTPEM CDEIRTLMP TRIQLYTEWN LLYSLEQHGS SLHSLYSNVA PDSKEFRRVG YVLVIKDRKN GIFGAYSNEA FHPNEHRQYT G NGECFLWK LDKVPDVNIS EKEESEQEGK EGKEEGDKEE RWRFSGYPYT GVNEFAIYCT SEFLSMGAGD GHYGLLCDDG LL HGVSNPC QTYGNEVLSK EGKKFSIVAL EVWRVG

UniProtKB: Oxidation resistance protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 20447 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 20447

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7fde:
CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, Oxr1 bound V1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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