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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31540 | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 | ||||||||||||
マップデータ | Postprocess | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | ATPase (ATPアーゼ) / proton pump (プロトンポンプ) / rotary motor enzyme / membrane protein (膜タンパク質) / MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport / intracellular pH reduction / vacuole-mitochondrion membrane contact site / cell wall mannoprotein biosynthetic process / Nef Mediated CD8 Down-regulation / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / synaptic vesicle lumen acidification / P-type proton-exporting transporter activity ...Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport / intracellular pH reduction / vacuole-mitochondrion membrane contact site / cell wall mannoprotein biosynthetic process / Nef Mediated CD8 Down-regulation / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / synaptic vesicle lumen acidification / P-type proton-exporting transporter activity / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / proteasome storage granule assembly / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / Transferrin endocytosis and recycling / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / vacuolar transport / pexophagy / proton-transporting V-type ATPase complex / Amino acids regulate mTORC1 / vacuole organization / protein targeting to vacuole / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / fungal-type vacuole / vacuolar acidification / cellular hyperosmotic response / ROS and RNS production in phagocytes / Nef Mediated CD4 Down-regulation / fungal-type vacuole membrane / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / transmembrane transporter complex / proton transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / regulation of macroautophagy / enzyme regulator activity / ATP metabolic process / RNA endonuclease activity / Neutrophil degranulation / Insulin receptor recycling / proton transmembrane transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / cell periphery / transmembrane transport / cytoplasmic stress granule / intracellular calcium ion homeostasis / エンドサイトーシス / ATPase binding / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / endosome membrane / lysosomal membrane / ゴルジ体 / endoplasmic reticulum membrane / extracellular exosome / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Khan MM / Lee S | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2022 タイトル: Oxidative stress protein Oxr1 promotes V-ATPase holoenzyme disassembly in catalytic activity-independent manner. 著者: Md Murad Khan / Seowon Lee / Sergio Couoh-Cardel / Rebecca A Oot / Hyunmin Kim / Stephan Wilkens / Soung-Hun Roh / 要旨: The vacuolar ATPase (V-ATPase) is a rotary motor proton pump that is regulated by an assembly equilibrium between active holoenzyme and autoinhibited V -ATPase and V proton channel subcomplexes. ...The vacuolar ATPase (V-ATPase) is a rotary motor proton pump that is regulated by an assembly equilibrium between active holoenzyme and autoinhibited V -ATPase and V proton channel subcomplexes. Here, we report cryo-EM structures of yeast V-ATPase assembled in vitro from lipid nanodisc reconstituted V and mutant V . Our analysis identified holoenzymes in three active rotary states, indicating that binding of V to V provides sufficient free energy to overcome V autoinhibition. Moreover, the structures suggest that the unequal spacing of V 's proton-carrying glutamic acid residues serves to alleviate the symmetry mismatch between V and V motors, a notion that is supported by mutagenesis experiments. We also uncover a structure of free V bound to Oxr1, a conserved but poorly characterized factor involved in the oxidative stress response. Biochemical experiments show that Oxr1 inhibits V -ATPase and causes disassembly of the holoenzyme, suggesting that Oxr1 plays a direct role in V-ATPase regulation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31540.map.gz | 226.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31540-v30.xml emd-31540.xml | 36.7 KB 36.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31540_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31540.png | 186.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31540.cif.gz | 9.5 KB | ||
その他 | emd_31540_half_map_1.map.gz emd_31540_half_map_2.map.gz | 194.7 MB 194.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31540 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31540 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31540.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocess | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_31540_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_31540_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Yeast Vacuolar ATPase in rotary state 3
+超分子 #1: Yeast Vacuolar ATPase in rotary state 3
+超分子 #2: Yeast Vacuolar ATPase C subunit
+超分子 #3: Chimeric subunit H
+超分子 #4: V-type proton ATPase subunits
+分子 #1: Yeast Vacuolar ATPase A subunit
+分子 #2: V-type proton ATPase subunit B
+分子 #3: V-type proton ATPase subunit E
+分子 #4: V-type proton ATPase subunit G
+分子 #5: V-type proton ATPase subunit D
+分子 #6: V-type proton ATPase subunit F
+分子 #7: V-type proton ATPase subunit C
+分子 #8: Fusion of yeast V-type proton ATPase subunit H(NT) and human V-ty...
+分子 #9: Yeast Vacuolar ATPase a subunit
+分子 #10: V-type proton ATPase subunit d
+分子 #11: V-type proton ATPase subunit c''
+分子 #12: V-type proton ATPase subunit c'
+分子 #13: V-type proton ATPase subunit c
+分子 #14: V-type proton ATPase subunit e
+分子 #15: V0 assembly protein 1
+分子 #16: Yeast Vacuolar ATPase f subunit
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 15741 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-7fdc: |