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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31184 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | In situ structure of capping enzyme lambda2, penetration protein mu1 of mammalian reovirus capsid asymmetric unit. | |||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell surface binding / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / : / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / GTP binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス) / Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhou ZH / Pan M | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 8件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Asymmetric reconstruction of mammalian reovirus reveals interactions among RNA, transcriptional factor µ2 and capsid proteins. 著者: Muchen Pan / Ana L Alvarez-Cabrera / Joon S Kang / Lihua Wang / Chunhai Fan / Z Hong Zhou / 要旨: Mammalian reovirus (MRV) is the prototypical member of genus Orthoreovirus of family Reoviridae. However, lacking high-resolution structures of its RNA polymerase cofactor μ2 and infectious ...Mammalian reovirus (MRV) is the prototypical member of genus Orthoreovirus of family Reoviridae. However, lacking high-resolution structures of its RNA polymerase cofactor μ2 and infectious particle, limits understanding of molecular interactions among proteins and RNA, and their contributions to virion assembly and RNA transcription. Here, we report the 3.3 Å-resolution asymmetric reconstruction of transcribing MRV and in situ atomic models of its capsid proteins, the asymmetrically attached RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) λ3, and RdRp-bound nucleoside triphosphatase μ2 with a unique RNA-binding domain. We reveal molecular interactions among virion proteins and genomic and messenger RNA. Polymerase complexes in three Spinoreovirinae subfamily members are organized with different pseudo-D symmetries to engage their highly diversified genomes. The above interactions and those between symmetry-mismatched receptor-binding σ1 trimers and RNA-capping λ2 pentamers balance competing needs of capsid assembly, external protein removal, and allosteric triggering of endogenous RNA transcription, before, during and after infection, respectively. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31184.map.gz | 663 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31184-v30.xml emd-31184.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31184_fsc.xml | 27.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31184.png | 205.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31184 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31184 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31184_validation.pdf.gz | 646.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31184_full_validation.pdf.gz | 645.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31184_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31184_validation.cif.gz | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31184 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31184 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31184.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mammalian orthoreovirus 3 Dearing
全体 | 名称: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing
超分子 | 名称: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3 / NCBI-ID: 10886 / 生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Mu1
分子 | 名称: Mu1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 4.050441 KDa |
配列 | 文字列: GNASSIVQTI NVTGDGNVFK PSAETSSTAV PSLSLSPGML N |
-分子 #2: Mu1
分子 | 名称: Mu1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 72.228719 KDa |
配列 | 文字列: PGGVPWIAVG DETSVTSPGA LRRMTSKDIP ETAIINTDNS SGAVPSESAL VPYIDEPLVV VTEHAITNFT KAEMALEFNR EFLDKMRVL SVSPKYSDLL TYVDCYVGVS ARQALNNFQK QVPVITPTRQ TMYVDSIQAA LKALEKWEID LRVAQTLLPT N VPIGEVSC ...文字列: PGGVPWIAVG DETSVTSPGA LRRMTSKDIP ETAIINTDNS SGAVPSESAL VPYIDEPLVV VTEHAITNFT KAEMALEFNR EFLDKMRVL SVSPKYSDLL TYVDCYVGVS ARQALNNFQK QVPVITPTRQ TMYVDSIQAA LKALEKWEID LRVAQTLLPT N VPIGEVSC PMQSVVKLLD DQLPDDSLIR RYPKEAAVAL AKRNGGIQWM DVSEGTVMNE AVNAVAASAL APSASAPPLE EK SKLTEQA MDLVTAAEPE IIASLVPVPA PVFAIPPKPA DYNVRTLRID EATWLRMIPK SMNTPFQIQV TDNTGTNWHL NLR GGTRVV NLDQIAPMRF VLDLGGKSYK ETSWDPNGKK VGFIVFQSKI PFELWTAASQ IGQATVVNYV QLYAEDSSFT AQSI IATTS LAYNYEPEQL NKTDPEMNYY LLATFIDSAA ITPTNMTQPD VWDALLTMSP LSAGEVTVKG AVVSEVVPAD LIGSY TPES LNTSLPNDAA RCMIDRASKI AEAIKIDDDA GPDEYSPNSV PIQGQLAISQ LETGYGVRIF NPKGILSKIA SRAMQA FIG DPSTIITQAA PVLSDKNNWI ALAQGVKTSL RTKSLSAGVK TAVSKLSSSE SIQNWTQGFL DKVSAHFPAP KPDCPTS GD SGESSNRRVK RDSYAGVVKR GYTR |
-分子 #3: mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
分子 | 名称: mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mRNA (guanine-N7)-methyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 143.998625 KDa |
配列 | 文字列: MANVWGVRLA DSLSSPTIET RTRQYTLHDL CSDLDANPGR EPWKPLRNQR TNNIVAVQLF RPLQGLVLDT QLYGFPGAFD DWERFMREK LRVLKYEVLR IYPISNYSNE HVNVFVANAL VGAFLSNQAF YDLLPLLIIN DTMIGDLLGT GASLSQFFQS H GDVLEVAA ...文字列: MANVWGVRLA DSLSSPTIET RTRQYTLHDL CSDLDANPGR EPWKPLRNQR TNNIVAVQLF RPLQGLVLDT QLYGFPGAFD DWERFMREK LRVLKYEVLR IYPISNYSNE HVNVFVANAL VGAFLSNQAF YDLLPLLIIN DTMIGDLLGT GASLSQFFQS H GDVLEVAA GRKYLQMENY SNDDDDPPLF AKDLSDYAKA FYSDTYEVLD RFFWTHDSSA GVLVHYDKPT NGHHYLLGTL TQ MVSAPPY IINATDAMLL ESCLEQFSAN VRARPAQPVT RLDQCYHLRW GAQYVGEDSL TYRLGVLSLL ATNGYQLARP IPR QLTNRW LSSFVSQIMS DGVNETPLWP QERYVQIAYD SPSVVDGATQ YGYVRKNQLR LGMRISALQS LSDTPSPVQW LPQY TIDQA AMDEGDLMVS RLTQLPLRPD YGNIWVGDAL SYYVDYNRSH RVVLSSELPQ LPDTYFDGDE QYGRSLFSLA RKIGD RSLV KDTAVLKHAY QAIDPNTGKE YLRSGQSVAY FGASAGHSGA DQPLVIEPWI QGKISGVPPP SSVRQFGYDV ARGAIV DLA RPFPSGDYQF VYSDVDQVVD GHDDLSISSG LVESLLSSCM HATAPGGSFV VKINFPTRPV WHYIEQKILP NITSYML IK PFVTNNVELF FVAFGVHQHS SLTWTSGVYF FLVDHFYRYE TLSTISRQLP SFGYVDDGSS VTGIETISIE NPGFSNMT Q AARIGISGLC ANVGNARKSI AIYESHGARV LTITSRRSPA SARRKSRLRY LPLIDPRSLE VQARTILPAD PVLFENVSG ASPHVCLTMM YNFEVSSAVY DGDVVLDLGT GPEAKILELI PATSPVTCVD IRPTAQPSGC WNVRTTFLEL DYLSDGWITG VRGDIVTCM LSLGAAAAGK SMTFDAAFQQ LIKVLSKSTA NVVLVQVNCP TDVVRSIKGY LEIDSTNKRY RFPKFGRDEP Y SDMDALEK ICRTAWPNCS ITWVPLSYDL RWTRLALLES TTLSSASIRI AELMYKYMPI MRIDIHGLPM EKRGNFIVGQ NC SLVIPGF NAQDVFNCYF NSALAFSTED VNAAMIPQVS AQFDATKGEW TLDMVFSDAG IYTMQALVGS NANPVSLGSF VVD SPDVDI TDAWPAQLDF TIAGTDVDIT VNPYYRLMTF VRIDGQWQIA NPDKFQFFSS ASGTLVMNVK LDIADKYLLY YIRD VQSRD VGFYIQHPLQ LLNTITLPTN EDLFLSAPDM REWAVKESGN TICILNSQGF VLPQDWDVLT DTISWSPSIP TYIVP PGDY TLTPL |
-分子 #4: MYRISTIC ACID
分子 | 名称: MYRISTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 10 / 式: MYR |
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分子量 | 理論値: 228.371 Da |
Chemical component information | ChemComp-MYR: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |