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万見
- EMDB-31183: In situ structure of transcriptional enzyme complex and capsid sh... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31183
タイトルIn situ structure of transcriptional enzyme complex and capsid shell protein of mammalian reovirus at initiation state
マップデータ
試料
  • ウイルス: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Minor core protein mu2
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase
    • RNA: transcript RNA
    • RNA: RNA (60-MER)
  • タンパク質・ペプチド: Lambda 1
  • タンパク質・ペプチド: Lambda 1
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードasymmetric / mu2 / lambda3 / lambda1 / VIRUS / VIRAL PROTEIN-TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral inner capsid / host cytoskeleton / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Reovirus minor core protein, Mu-2 / Reovirus minor core protein Mu-2 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase / Lambda 1 / Minor core protein mu2
類似検索 - 構成要素
生物種Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス) / Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhou ZH / Pan M
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1S10RR23057 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Asymmetric reconstruction of mammalian reovirus reveals interactions among RNA, transcriptional factor µ2 and capsid proteins.
著者: Muchen Pan / Ana L Alvarez-Cabrera / Joon S Kang / Lihua Wang / Chunhai Fan / Z Hong Zhou /
要旨: Mammalian reovirus (MRV) is the prototypical member of genus Orthoreovirus of family Reoviridae. However, lacking high-resolution structures of its RNA polymerase cofactor μ2 and infectious ...Mammalian reovirus (MRV) is the prototypical member of genus Orthoreovirus of family Reoviridae. However, lacking high-resolution structures of its RNA polymerase cofactor μ2 and infectious particle, limits understanding of molecular interactions among proteins and RNA, and their contributions to virion assembly and RNA transcription. Here, we report the 3.3 Å-resolution asymmetric reconstruction of transcribing MRV and in situ atomic models of its capsid proteins, the asymmetrically attached RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) λ3, and RdRp-bound nucleoside triphosphatase μ2 with a unique RNA-binding domain. We reveal molecular interactions among virion proteins and genomic and messenger RNA. Polymerase complexes in three Spinoreovirinae subfamily members are organized with different pseudo-D symmetries to engage their highly diversified genomes. The above interactions and those between symmetry-mismatched receptor-binding σ1 trimers and RNA-capping λ2 pentamers balance competing needs of capsid assembly, external protein removal, and allosteric triggering of endogenous RNA transcription, before, during and after infection, respectively.
履歴
登録2021年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月20日-
マップ公開2021年10月20日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.006
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7elh
  • 表面レベル: 0.006
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7elh
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31183.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31183.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.006 / ムービー #1: 0.006
最小 - 最大-0.01811592 - 0.03685395
平均 (標準偏差)0.001506305 (±0.0039825174)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 428.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z428.000428.000428.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ336210602
NX/NY/NZ227193139
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0180.0370.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mammalian orthoreovirus 3 Dearing

全体名称: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Minor core protein mu2
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase
    • RNA: transcript RNA
    • RNA: RNA (60-MER)
  • タンパク質・ペプチド: Lambda 1
  • タンパク質・ペプチド: Lambda 1
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing

超分子名称: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3, #6 / NCBI-ID: 10886 / 生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Minor core protein mu2

分子名称: Minor core protein mu2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 83.331289 KDa
配列文字列: MAYIAVPAVV DSRSSEAIGL LESFGVDAGA DANDVSYQDH DYVLDQLQYM LDGYEAGDVI DALVHKNWLH HSVYCLLPPK SQLLEYWKS NPSAIPDNVD RRLRKRLMLK KDLRKDDEYN QLARAFKISD VYAPLISSTT SPMTMIQNLN QGEIVYTTTD R VIGARILL ...文字列:
MAYIAVPAVV DSRSSEAIGL LESFGVDAGA DANDVSYQDH DYVLDQLQYM LDGYEAGDVI DALVHKNWLH HSVYCLLPPK SQLLEYWKS NPSAIPDNVD RRLRKRLMLK KDLRKDDEYN QLARAFKISD VYAPLISSTT SPMTMIQNLN QGEIVYTTTD R VIGARILL YAPRKYYAST LSFTMTKCII PFGKEVGRVP HSRFNVGTFP SIATPKCFVM SGVDIESIPN EFIKLFYQRV KS VHANILN DISPQIVSDM INRKRLRVHT PSDRRAAQLM HLPYHVKRGA SHVDVYKVDV VDMLFEVVDV ADGLRNVSRK LTM HTVPVC ILEMLGIEIA DYCIRQEDGM LTDWFLLLTM LSDGLTDRRT HCQYLINPSS VPPDVILNIS ITGFINRHTI DVMP DIYDF VKPIGAVLPK GSFKSTIMRV LDSISILGIQ IMPRAHVVDS DEVGEQMEPT FEQAVMEIYK GIAGVDSLDD LIKWV LNSD LIPHDDRLGQ LFQAFLPLAK DLLAPMARKF YDNSMSEGRL LTFAHADSEL LNANYFGHLL RLKIPYITEV NLMIRK NRE GGELFQLVLS YLYKMYATSA QPKWFGSLLR LLICPWLHME KLIGEADPAS TSAEIGWHIP REQLMQDGWC GCEDGFI PY VSIRAPRLVI EELMEKNWGQ YHAQVIVTDQ LVVGEPRRVS AKAVIKGNHL PVKLVSRFAC FTLTAKYEMR LSCGHSTG R GAAYSARLAF RSDLA

UniProtKB: Minor core protein mu2

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分子 #2: RNA-directed RNA polymerase

分子名称: RNA-directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 142.449016 KDa
配列文字列: MSSMILTQFG PFIESISGIT DQSNDVFEDA AKAFSMFTRS DVYKALDEIP FSDDAMLPIP PTIYTKPSHD SYYYIDALNR VRRKTYQGP DDVYVPNCSI VELLEPHETL TSYGRLSEAI ENRAKDGDSQ ARIATTYGRI AESQARQIKA PLEKFVLALL V AEAGGSLY ...文字列:
MSSMILTQFG PFIESISGIT DQSNDVFEDA AKAFSMFTRS DVYKALDEIP FSDDAMLPIP PTIYTKPSHD SYYYIDALNR VRRKTYQGP DDVYVPNCSI VELLEPHETL TSYGRLSEAI ENRAKDGDSQ ARIATTYGRI AESQARQIKA PLEKFVLALL V AEAGGSLY DPVLQKYDEI PDLSHNCPLW CFREICRHIS GPLPDRAPYL YLSAGVFWLM SPRMTSAIPP LLSDLVNLAI LQ QTAGLDP SLVKLGVQIC LHAAASSSYA WFILKTKSIF PQNTLHSMYE SLEGGYCPNL EWLEPRSDYK FMYMGVMPLS AKY ARSAPS NDKKARELGE KYGLSSVVGE LRKRTKTYVK HDFASVRYIR DAMACTSGIF LVRTPTETVL QEYTQSPEIK VPIP QKDWT GPIGEIRILK DTTSSIARYL YRTWYLAAAR MAAQPRTWDP LFQAIMRSQY VTARGGSGAA LRESLYAINV SLPDF KGLP VKAATKIFQA AQLANLPFSH TSVAILADTS MGLRNQVQRR PRSIMPLNVP QQQVSAPHTL TADYINYHMN LSTTSG SAV IEKVIPLGVY ASSPPNQSIN IDISACDASI TWDFFLSVIM AAIHEGVASS SIGKPFMGVP ASIVNDESVV GVRAARP IS GMQNMIQHLS KLYKRGFSYR VNDSFSPGND FTHMTTTFPS GSTATSTEHT ANNSTMMETF LTVWGPEHTD DPDVLRLM K SLTIQRNYVC QGDDGLMIID GTTAGKVNSE TIQKMLELIS KYGEEFGWKY DIAYDGTAEY LKLYFIFGCR IPNLSRHPI VGKERANSSA EEPWPAILDQ IMGVFFNGVH DGLQWQRWIR YSWALCCAFS RQRTMIGESV GYLQYPMWSF VYWGLPLVKA FGSDPWIFS WYMPTGDLGM YSWISLIRPL MTRWMVANGY VTDRCSPVFG NADYRRCFNE LKLYQGYYMA QLPRNPKKSG R AAPREVRE QFTQALSDYL MQNPELKSRV LRGRSEWEKY GAGIIHNPPS LFDVPHKWYQ GAQEAAIATR EELAEMDETL MR ARRHSYS SFSKLLEAYL LVKWRMCEAR EPSVDLRLPL CAGIDPLNSD PFLKMVSVGP MLQSTRKYFA QTLFMAKTVS GLD VNAIDS ALLRLRTLGA DKKALTAQLL MVGLQESEAD ALAGKIMLQD VNTVQLARVV NLAVPDTWMS LDFDSMFKHH VKLL PKDGR HLNTDIPPRM GWLRAILRFL GAGMVMTATG VAVDIYLEDI HGGGRSLGQR FMTWMRQEGR SA

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase

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分子 #4: Lambda 1

分子名称: Lambda 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 122.842859 KDa
配列文字列: YQCHVCSAVL FSPLDLDAHV ASHGLHGNMT LTSSDIQRHI TEFISSWQNH PIVQVSADVE NKKTAQLLHA DTPRLVTWDA GLCTSFKIV PIVPAQVPQD VLAYTFFTSS YAIQSPFPEA AVSRIVVHTR WASNVDFDRD SSVIMAPPTE NNIHLFKQLL N TETLSVRG ...文字列:
YQCHVCSAVL FSPLDLDAHV ASHGLHGNMT LTSSDIQRHI TEFISSWQNH PIVQVSADVE NKKTAQLLHA DTPRLVTWDA GLCTSFKIV PIVPAQVPQD VLAYTFFTSS YAIQSPFPEA AVSRIVVHTR WASNVDFDRD SSVIMAPPTE NNIHLFKQLL N TETLSVRG ANPLMFRANV LHMLLEFVLD NLYLNRHTGF SQDHTPFTEG ANLRSLPGPD AEKWYSIMYP TRMGTPNVSK IC NFVASCV RNRVGRFDRA QMMNGAMSEW VDVFETSDAL TVSIRGRWMA RLARMNINPT EIEWALTECA QGYVTVTSPY APS VNRLMP YRISNAERQI SQIIRIMNIG NNATVIQPVL QDISVLLQRI SPLQIDPTII SNTMSTVSES TTQTLSPASS ILGK LRPSN SDFSSFRVAL AGWLYNGVVT TVIDDSSYPK DGGSVTSLEN LWDFFILALA LPLTTDPCAP VKAFMTLANM MVGFE TIPM DNQIYTQSRR ASAFSTPHTW PRCFMNIQLI SPIDAPILRQ WAEIIHRYWP NPSQIRYGAP NVFGSANLFT PPEVLL LPI DHQPANVTTP TLDFTNELTN WRARVCELMK NLVDNQRYQP GWTQSLVSSM RGTLDKLKLI KSMTPMYLQQ LAPVELA VI APMLPFPPFQ VPYVRLDRDR VPTMVGVTRQ SRDTITQPAL SLSTTNTTVG VPLALDARAI TVALLSGKYP PDLVTNVW Y ADAIYPMYAD TEVFSNLQRD MITCEAVQTL VTLVAQISET QYPVDRYLDW IPSLRASAAT AATFAEWVNT SMKTAFDLS DMLLEPLLSG DPRMTQLAIQ YQQYNGRTFN IIPEMPGSVI ADCVQLTAEV FNHEYNLFGI ARGDIIIGRV QSTHLWSPLA PPPDLVFDR DTPGVHIFGR DCRISFGMNG AAPMIRDETG LMVPFEGNWI FPLALWQMNT RYFNQQFDAW IKTGELRIRI E MGAYPYML HYYDPRQYAN AWNLTSAWLE EITPTSIPSV PFMVPISSDH DISSAPAVQY IISTEYNDRS LFCTNSSSPQ TI AGPDKHI PVERYNILTN PDAPPTQIQL PEVVDLYNVV TRYAYETPPI TAVVMGVP

UniProtKB: Lambda 1

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分子 #5: Lambda 1

分子名称: Lambda 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 19.112762 KDa
配列文字列:
MKRIPRKTKG KSSGKGNDST ERADDGSSQL RDKQNNKAGP ATTEPGTSNR EQYKARPGIA SVQRATESAE MPMKNNDEGT PDKKGNTKG DLVNEHSEAK DEADEATKKQ AKDTDKSKAQ VTYSDTGINN ANELSRSGNV DNEGGSNQKP MSTRIAEATS A IVSKHPAR VGLPPTASSG HG

UniProtKB: Lambda 1

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分子 #3: transcript RNA

分子名称: transcript RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
分子量理論値: 1.263842 KDa
配列文字列:
AAGC

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分子 #6: RNA (60-MER)

分子名称: RNA (60-MER) / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 8
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
分子量理論値: 19.016188 KDa
配列文字列:
AUAUAUAUAU AUAUAUAUAU AUAUAUAUAU AUAUAUAUAU AUAUAUAUAU AUAUAUAUAU

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分子 #7: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Sphere
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 102966
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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