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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3064 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Slo2.2 Na+-activated K+ channel | |||||||||
![]() | Focus refinement of chicken Slo2.2 transmembrane domain | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() intracellular sodium-activated potassium channel activity / outward rectifier potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hite RK / Yuan P / Li Z / Hsuing Y / Walz T / MacKinnon R | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the Slo2.2 Na(+)-activated K(+) channel. 著者: Richard K Hite / Peng Yuan / Zongli Li / Yichun Hsuing / Thomas Walz / Roderick MacKinnon / ![]() 要旨: Na(+)-activated K(+) channels are members of the Slo family of large conductance K(+) channels that are widely expressed in the brain, where their opening regulates neuronal excitability. These ...Na(+)-activated K(+) channels are members of the Slo family of large conductance K(+) channels that are widely expressed in the brain, where their opening regulates neuronal excitability. These channels fulfil a number of biological roles and have intriguing biophysical properties, including conductance levels that are ten times those of most other K(+) channels and gating sensitivity to intracellular Na(+). Here we present the structure of a complete Na(+)-activated K(+) channel, chicken Slo2.2, in the Na(+)-free state, determined by cryo-electron microscopy at a nominal resolution of 4.5 ångströms. The channel is composed of a large cytoplasmic gating ring, in which resides the Na(+)-binding site and a transmembrane domain that closely resembles voltage-gated K(+) channels. In the structure, the cytoplasmic domain adopts a closed conformation and the ion conduction pore is also closed. The structure reveals features that can explain the unusually high conductance of Slo channels and how contraction of the cytoplasmic gating ring closes the pore. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 55 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 188 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Focus refinement of chicken Slo2.2 transmembrane domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : chicken Slo2.2
全体 | 名称: chicken Slo2.2 |
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要素 |
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-超分子 #1000: chicken Slo2.2
超分子 | 名称: chicken Slo2.2 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: tetramer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 550 KDa |
-分子 #1: Slo2.2
分子 | 名称: Slo2.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Slack, KCNT1 / コピー数: 4 / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 550 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() 組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pFastbac |
配列 | UniProtKB: Potassium channel subfamily T member 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 20 mM HEPES pH 7.4, 300 mM KCl, 1.5 mM dodecyl maltoside, 0.05 mg/ml POPE:POPG (3:1) |
グリッド | 詳細: 300 mesh Cu Quantifoil R1.2 / 1.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 84 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: 4 second blot prior to plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 30.0 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: FEI Image corrector |
日付 | 2014年7月7日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 2243 / 平均電子線量: 40 e/Å2 詳細: 25 sub-frames were recorded for each image in super-resolution counting mode. |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Each Image |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称![]() |
詳細 | Manually picked particles with BOXER. 2D and 3D classification in RELION. Final map generated with FREALIGN using a mask that included only the transmembrane domain. |