[日本語] English
万見
- EMDB-28906: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome - wild type bound to ZYA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28906
タイトルThermoplasma acidophilum 20S proteasome - wild type bound to ZYA
マップデータT20S ZYA EM Map unsharpened
試料
  • 複合体: Wild-type Thermoplasma acidophilum 20S proteasome bound to ZYA
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit betaプロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alphaプロテアソーム
  • リガンド: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-tyrosyl-D-alanine
キーワードProtease (プロテアーゼ) / threonine protease / endopeptidase activity (エンドペプチダーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peptidase T1A, proteasome beta-subunit, archaeal / Proteasome alpha subunit, archaeal / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit ...Peptidase T1A, proteasome beta-subunit, archaeal / Proteasome alpha subunit, archaeal / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit alpha / Proteasome subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Chuah J / Smith D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01AG064188. 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: High resolution structures define divergent and convergent mechanisms of archaeal proteasome activation.
著者: Janelle J Y Chuah / Matthew S Rexroad / David M Smith /
要旨: Considering the link between neurodegenerative diseases and impaired proteasome function, and the neuro-protective impact of enhanced proteasome activity in animal models, it's crucial to understand ...Considering the link between neurodegenerative diseases and impaired proteasome function, and the neuro-protective impact of enhanced proteasome activity in animal models, it's crucial to understand proteasome activation mechanisms. A hydrophobic-tyrosine-any residue (HbYX) motif on the C-termini of proteasome-activating complexes independently triggers gate-opening of the 20S core particle for protein degradation; however, the causal allosteric mechanism remains unclear. Our study employs a structurally irreducible dipeptide HbYX mimetic to investigate the allosteric mechanism of gate-opening in the archaeal proteasome. High-resolution cryo-EM structures pinpoint vital residues and conformational changes in the proteasome α-subunit implicated in HbYX-dependent activation. Using point mutations, we simulated the HbYX-bound state, providing support for our mechanistic model. We discerned four main mechanistic elements triggering gate-opening: 1) back-loop rearrangement adjacent to K66, 2) intra- and inter- α subunit conformational changes, 3) occupancy of the hydrophobic pocket, and 4) a highly conserved isoleucine-threonine pair in the 20S channel stabilizing the open and closed states, termed the "IT switch." Comparison of different complexes unveiled convergent and divergent mechanism of 20S gate-opening among HbYX-dependent and independent activators. This study delivers a detailed molecular model for HbYX-dependent 20S gate-opening, enabling the development of small molecule proteasome activators that hold promise to treat neurodegenerative diseases.
履歴
登録2022年11月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_28906.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28906.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈T20S ZYA EM Map unsharpened
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73636 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.1406939 - 0.41346094
平均 (標準偏差)0.00092631526 (±0.016885256)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 323.99844 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: T20S ZYA Denmod Map

ファイルemd_28906_additional_1.map
注釈T20S ZYA Denmod Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: T20S ZYA EM Map Half A

ファイルemd_28906_half_map_1.map
注釈T20S ZYA EM Map Half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: T20S ZYA EM Map Half B

ファイルemd_28906_half_map_2.map
注釈T20S ZYA EM Map Half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Wild-type Thermoplasma acidophilum 20S proteasome bound to ZYA

全体名称: Wild-type Thermoplasma acidophilum 20S proteasome bound to ZYA
要素
  • 複合体: Wild-type Thermoplasma acidophilum 20S proteasome bound to ZYA
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit betaプロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alphaプロテアソーム
  • リガンド: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-tyrosyl-D-alanine

-
超分子 #1: Wild-type Thermoplasma acidophilum 20S proteasome bound to ZYA

超分子名称: Wild-type Thermoplasma acidophilum 20S proteasome bound to ZYA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1
由来(天然)生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性)
分子量理論値: 700 kDa/nm

-
分子 #1: Proteasome subunit alpha

分子名称: Proteasome subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性)
分子量理論値: 25.441996 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GQMAYDRAIT VFSPDGRLFQ VEYAREAVKK GSTALGMKFA NGVLLISDKK VRSRLIEQNS IEKIQLIDDY VAAVTSGLVA DARVLVDFA RISAQQEKVT YGSLVNIENL VKRVADQMQQ YTQYGGVRPY GVSLIFAGID QIGPRLFDCD PAGTINEYKA T AIGSGKDA ...文字列:
GQMAYDRAIT VFSPDGRLFQ VEYAREAVKK GSTALGMKFA NGVLLISDKK VRSRLIEQNS IEKIQLIDDY VAAVTSGLVA DARVLVDFA RISAQQEKVT YGSLVNIENL VKRVADQMQQ YTQYGGVRPY GVSLIFAGID QIGPRLFDCD PAGTINEYKA T AIGSGKDA VVSFLEREYK ENLPEKEAVT LGIKALKSSL EEGEELKAPE IASITVGNKY RIYDQEEVKK FL

UniProtKB: Proteasome subunit alpha

-
分子 #2: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性)
分子量理論値: 22.294848 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: TTTVGITLKD AVIMATERRV TMENFIMHKN GKKLFQIDTY TGMTIAGLVG DAQVLVRYMK AELELYRLQR RVNMPIEAVA TLLSNMLNQ VKYMPYMVQL LVGGIDTAPH VFSIDAAGGS VEDIYASTGS GSPFVYGVLE SQYSEKMTVD EGVDLVIRAI S AAKQRDSA ...文字列:
TTTVGITLKD AVIMATERRV TMENFIMHKN GKKLFQIDTY TGMTIAGLVG DAQVLVRYMK AELELYRLQR RVNMPIEAVA TLLSNMLNQ VKYMPYMVQL LVGGIDTAPH VFSIDAAGGS VEDIYASTGS GSPFVYGVLE SQYSEKMTVD EGVDLVIRAI S AAKQRDSA SGGMIDVAVI TRKDGYVQLP TDQIESRIRK LGLIL

UniProtKB: Proteasome subunit beta

-
分子 #3: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-tyrosyl-D-alanine

分子名称: N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-tyrosyl-D-alanine / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 14 / 式: XIB
分子量理論値: 386.398 Da
Chemical component information

ChemComp-XIB:
N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-tyrosyl-D-alanine

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1ya7

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 871770
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8f7k:
Thermoplasma acidophilum 20S proteasome - wild type bound to ZYA

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る