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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28896 | |||||||||
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タイトル | Human olfactory receptor OR51E2 bound to propionate in complex with miniGs399 | |||||||||
マップデータ | Sharpened map from cryoSPARC | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 melanocyte proliferation / olfactory receptor activity / positive regulation of renin secretion into blood stream / Expression and translocation of olfactory receptors / intracellular organelle / melanocyte differentiation / positive regulation of blood pressure / cellular response to fatty acid / nuclear steroid receptor activity / PKA activation in glucagon signalling ...melanocyte proliferation / olfactory receptor activity / positive regulation of renin secretion into blood stream / Expression and translocation of olfactory receptors / intracellular organelle / melanocyte differentiation / positive regulation of blood pressure / cellular response to fatty acid / nuclear steroid receptor activity / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / steroid hormone mediated signaling pathway / developmental growth / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / Hedgehog 'off' state / positive regulation of cAMP-mediated signaling / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / adenylate cyclase activator activity / trans-Golgi network membrane / G protein-coupled receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Activation of the phototransduction cascade / 骨 / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / 血小板 / photoreceptor disc membrane / 認識 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / positive regulation of GTPase activity / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / sensory perception of taste / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / 遊走 / signaling receptor complex adaptor activity / sensory perception of smell / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / GTPase binding / signaling receptor activity / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / early endosome membrane / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / シナプス / protein-containing complex binding / GTP binding / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Billesboelle CB / Manglik A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural basis of odorant recognition by a human odorant receptor. 著者: Christian B Billesbølle / Claire A de March / Wijnand J C van der Velden / Ning Ma / Jeevan Tewari / Claudia Llinas Del Torrent / Linus Li / Bryan Faust / Nagarajan Vaidehi / Hiroaki ...著者: Christian B Billesbølle / Claire A de March / Wijnand J C van der Velden / Ning Ma / Jeevan Tewari / Claudia Llinas Del Torrent / Linus Li / Bryan Faust / Nagarajan Vaidehi / Hiroaki Matsunami / Aashish Manglik / 要旨: Our sense of smell enables us to navigate a vast space of chemically diverse odour molecules. This task is accomplished by the combinatorial activation of approximately 400 odorant G protein-coupled ...Our sense of smell enables us to navigate a vast space of chemically diverse odour molecules. This task is accomplished by the combinatorial activation of approximately 400 odorant G protein-coupled receptors encoded in the human genome. How odorants are recognized by odorant receptors remains unclear. Here we provide mechanistic insight into how an odorant binds to a human odorant receptor. Using cryo-electron microscopy, we determined the structure of the active human odorant receptor OR51E2 bound to the fatty acid propionate. Propionate is bound within an occluded pocket in OR51E2 and makes specific contacts critical to receptor activation. Mutation of the odorant-binding pocket in OR51E2 alters the recognition spectrum for fatty acids of varying chain length, suggesting that odorant selectivity is controlled by tight packing interactions between an odorant and an odorant receptor. Molecular dynamics simulations demonstrate that propionate-induced conformational changes in extracellular loop 3 activate OR51E2. Together, our studies provide a high-resolution view of chemical recognition of an odorant by a vertebrate odorant receptor, providing insight into how this large family of G protein-coupled receptors enables our olfactory sense. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28896.map.gz | 85.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28896-v30.xml emd-28896.xml | 21.4 KB 21.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28896_fsc.xml | 10.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28896.png | 82.2 KB | ||
マスクデータ | emd_28896_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_28896_additional_1.map.gz emd_28896_half_map_1.map.gz emd_28896_half_map_2.map.gz | 44.1 MB 84.5 MB 84.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28896 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28896 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8f76MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28896.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map from cryoSPARC | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_28896_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map from cryoSPARC
ファイル | emd_28896_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map from cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A from cryoSPARC
ファイル | emd_28896_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A from cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B from cryoSPARC
ファイル | emd_28896_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B from cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : OR51E2-Gs complex
全体 | 名称: OR51E2-Gs complex |
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要素 |
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-超分子 #1: OR51E2-Gs complex
超分子 | 名称: OR51E2-Gs complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 100 KDa |
-分子 #1: Olfactory receptor 51E2
分子 | 名称: Olfactory receptor 51E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 36.651543 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DYKDDDDASI DSSCNFTHAT FVLIGIPGLE KAHFWVGFPL LSMYVVAMFG NCIVVFIVRT ERSLHAPMYL FLCMLAAIDL ALSTSTMPK ILALFWFDSR EISFEACLTQ MFFIHALSAI ESTILLAMAF DRYVAICHPL RHAAVLNNTV TAQIGIVAVV R GSLFFFPL ...文字列: DYKDDDDASI DSSCNFTHAT FVLIGIPGLE KAHFWVGFPL LSMYVVAMFG NCIVVFIVRT ERSLHAPMYL FLCMLAAIDL ALSTSTMPK ILALFWFDSR EISFEACLTQ MFFIHALSAI ESTILLAMAF DRYVAICHPL RHAAVLNNTV TAQIGIVAVV R GSLFFFPL PLLIKRLAFC HSNVLSHSYC VHQDVMKLAY ADTLPNVVYG LTAILLVMGV DVMFISLSYF LIIRTVLQLP SK SERAKAF GTCVSHIGVV LAFYVPLIGL SVVHRFGNSL HPIVRVVMGD IYLLLPPVIN PIIYGAKTKQ IRTRVLAMFK ISC DKDLQA VGGK |
-分子 #2: Nanobody 35
分子 | 名称: Nanobody 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 15.931698 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSSL EVLFQGPGHH HHHHHH |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 30.137025 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GGSLEVLFQG PSGNSKTEDQ RNEEKAQREA NKKIEKQLQK DKQVYRATHR LLLLGADNSG KSTIVKQMRI LHGGSGGSGG TSGIFETKF QVDKVNFHMF DVGGQRDERR KWIQCFNDVT AIIFVVDSSD YNRLQEALNL FKSIWNNRWL RTISVILFLN K QDLLAEKV ...文字列: GGSLEVLFQG PSGNSKTEDQ RNEEKAQREA NKKIEKQLQK DKQVYRATHR LLLLGADNSG KSTIVKQMRI LHGGSGGSGG TSGIFETKF QVDKVNFHMF DVGGQRDERR KWIQCFNDVT AIIFVVDSSD YNRLQEALNL FKSIWNNRWL RTISVILFLN K QDLLAEKV LAGKSKIEDY FPEFARYTTP EDATPEPGED PRVTRAKYFI RDEFLRISTA SGDGRHYCYP HFTCAVDTEN AR RIFNDCR DIIQRMHLRQ YELL |
-分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 40.786566 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MHHHHHHLEV LFQGPEDQVD PRLIDGKGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR E GNVRVSRE ...文字列: MHHHHHHLEV LFQGPEDQVD PRLIDGKGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR E GNVRVSRE LAGHTGYLSC CRFLDDNQIV TSSGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KL WDVREGM CRQTFTGHES DINAICFFPN GNAFATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYD DFNCNV WDALKADRAG VLAGHDNRVS CLGVTDDGMA VATGSWDSFL KIWN |
-分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L |
-分子 #6: PROPANOIC ACID
分子 | 名称: PROPANOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: PPI |
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分子量 | 理論値: 74.079 Da |
Chemical component information | ChemComp-PPI: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |