[日本語] English
万見
- EMDB-28888: CryoEM structure of designed modular protein oligomer C8-71 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28888
タイトルCryoEM structure of designed modular protein oligomer C8-71
マップデータCryoEM structure of designed modular protein oligomer C8-71
試料
  • 複合体: Self-assembled homo-octamer of de novo designed protein C8-71
    • タンパク質・ペプチド: C8-71
キーワードSynthetic / Self-assembling / Oligomeric (オリゴマー) / Helical repeats / DE NOVO PROTEIN (De novo)
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Redler RL / Edman NI / Baker D / Ekiert D / Bhabha G
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128777 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01AG063845 米国
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2024
タイトル: Modulation of FGF pathway signaling and vascular differentiation using designed oligomeric assemblies
著者: Edman NI / Redler RL / Phal A / Schlichthaerle T / Srivatsan SR / Etemadi A / An SJ / Favor A / Ehnes D / Li Z / Praetorius F / Gordon M / Yang W / Coventry B / Hicks DR / Cao L / Bethel N / ...著者: Edman NI / Redler RL / Phal A / Schlichthaerle T / Srivatsan SR / Etemadi A / An SJ / Favor A / Ehnes D / Li Z / Praetorius F / Gordon M / Yang W / Coventry B / Hicks DR / Cao L / Bethel N / Heine P / Murray A / Gerben S / Carter L / Miranda M / Negahdari B / Lee S / Trapnell C / Stewart L / Ekiert DC / Schlessinger J / Shendure J / Bhabha G / Ruohola-Baker H / Baker D
履歴
登録2022年11月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_28888.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28888.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM structure of designed modular protein oligomer C8-71
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.069 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.484
最小 - 最大-1.2570164 - 1.977028
平均 (標準偏差)0.00071950746 (±0.084274925)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 213.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_28888_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_28888_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Self-assembled homo-octamer of de novo designed protein C8-71

全体名称: Self-assembled homo-octamer of de novo designed protein C8-71
要素
  • 複合体: Self-assembled homo-octamer of de novo designed protein C8-71
    • タンパク質・ペプチド: C8-71

-
超分子 #1: Self-assembled homo-octamer of de novo designed protein C8-71

超分子名称: Self-assembled homo-octamer of de novo designed protein C8-71
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

-
分子 #1: C8-71

分子名称: C8-71 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.435004 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MGPEEILERA KESLERAREA SERGDEEEFR KAAEKALELA KRLVEQAKKE GDPELVLEAA RVALWVAELA AKNGDKEVFK KAAESALEV AKRLVEVASK EGDPDLVAWA ALVALWVAFL AFLNGDKEVF KKAAESALEV AKALMEVAMK VGAPWLVELA I AVARAVWL ...文字列:
MGPEEILERA KESLERAREA SERGDEEEFR KAAEKALELA KRLVEQAKKE GDPELVLEAA RVALWVAELA AKNGDKEVFK KAAESALEV AKRLVEVASK EGDPDLVAWA ALVALWVAFL AFLNGDKEVF KKAAESALEV AKALMEVAMK VGAPWLVELA I AVARAVWL LAELFGDEEV RRRAEAFEII LRIAAIAVKA WLGGGGSLEH HHHHH

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製 #1

Preparation ID1
濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time = 4s; blot force = 0.
詳細Sample present within the ice layer as both isolated homo-octameric rings and fibrils of variable length

-
試料調製 #2

Preparation ID2
濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time = 4s; blot force = 0.
詳細Sample present within the ice layer as both isolated homo-octameric rings and fibrils of variable length

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3092 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 61.3 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio model generated in Cryosparc
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 132391

-
原子モデル構築 1

詳細Designed oligomer was used as initial model and was initially fit into map using UCSF Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficients
得られたモデル

PDB-8f6q:
CryoEM structure of designed modular protein oligomer C8-71

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る