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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27735 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SIVmac239 SOS-2P Env trimer in complex with human bNAb PGT145 | |||||||||
マップデータ | sharpened | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.12 Å | |||||||||
データ登録者 | Gorman J / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of prefusion SIV envelope trimer. 著者: Jason Gorman / Chunyan Wang / Rosemarie D Mason / Alexandra F Nazzari / Hugh C Welles / Tongqing Zhou / Julian W Bess / Tatsiana Bylund / Myungjin Lee / Yaroslav Tsybovsky / Raffaello Verardi ...著者: Jason Gorman / Chunyan Wang / Rosemarie D Mason / Alexandra F Nazzari / Hugh C Welles / Tongqing Zhou / Julian W Bess / Tatsiana Bylund / Myungjin Lee / Yaroslav Tsybovsky / Raffaello Verardi / Shuishu Wang / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Reda Rawi / Brandon F Keele / Jeffrey D Lifson / Jun Liu / Mario Roederer / Peter D Kwong / 要旨: Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are lentiviruses that naturally infect non-human primates of African origin and seeded cross-species transmissions of HIV-1 and HIV-2. Here we report prefusion ...Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are lentiviruses that naturally infect non-human primates of African origin and seeded cross-species transmissions of HIV-1 and HIV-2. Here we report prefusion stabilization and cryo-EM structures of soluble envelope (Env) trimers from rhesus macaque SIV (SIV) in complex with neutralizing antibodies. These structures provide residue-level definition for SIV-specific disulfide-bonded variable loops (V1 and V2), which we used to delineate variable-loop coverage of the Env trimer. The defined variable loops enabled us to investigate assembled Env-glycan shields throughout SIV, which we found to comprise both N- and O-linked glycans, the latter emanating from V1 inserts, which bound the O-link-specific lectin jacalin. We also investigated in situ SIV-Env trimers on virions, determining cryo-electron tomography structures at subnanometer resolutions for an antibody-bound complex and a ligand-free state. Collectively, these structures define the prefusion-closed structure of the SIV-Env trimer and delineate variable-loop and glycan-shielding mechanisms of immune evasion conserved throughout SIV evolution. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27735.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27735-v30.xml emd-27735.xml | 25.3 KB 25.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27735.png | 91.5 KB | ||
マスクデータ | emd_27735_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_27735_additional_1.map.gz emd_27735_additional_2.map.gz emd_27735_half_map_1.map.gz emd_27735_half_map_2.map.gz | 44.5 MB 62 MB 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27735 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27735 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27735_validation.pdf.gz | 974.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27735_full_validation.pdf.gz | 974.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27735_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27735_validation.cif.gz | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27735 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27735 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8dvdMC 8duaC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27735.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.083 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27735_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: density modified (resolve)
ファイル | emd_27735_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | density modified (resolve) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened
ファイル | emd_27735_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_27735_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_27735_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SIVmac239 SOS-2P in complex with PGT145
全体 | 名称: SIVmac239 SOS-2P in complex with PGT145 |
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要素 |
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-超分子 #1: SIVmac239 SOS-2P in complex with PGT145
超分子 | 名称: SIVmac239 SOS-2P in complex with PGT145 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) |
-分子 #1: Envelope glycoprotein gp160
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 16.822201 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GVFVLGFLGF LATAGSAMGA ASLTLTAQSR TLLAGIVQQQ QQLLDVPKRQ QELLRLPVWG TKNLQTRVTA IEKYLKDQAQ LNAWGCAFR QVCCTTVPWP NASLTPKWNN ETWQEWERKV DFLEENITAL LEEAQIQQEK NMYELQKLN |
-分子 #2: Envelope glycoprotein gp160
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 57.1955 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TLYVTVFYGV PAWRNATIPL FCATKNRDTW GTTQCLPDNG DYSEVALNVT ESFDAWNNTV TEQAIEDVWQ LFETSIKPCV KLSPLCITM RCNKSETDRW GLTKSITTTA STTSTTASAK VDMVNETSSC IAQDNCTGLE QEQMISCKFN MTGLKRDKTK E YNETWYSA ...文字列: TLYVTVFYGV PAWRNATIPL FCATKNRDTW GTTQCLPDNG DYSEVALNVT ESFDAWNNTV TEQAIEDVWQ LFETSIKPCV KLSPLCITM RCNKSETDRW GLTKSITTTA STTSTTASAK VDMVNETSSC IAQDNCTGLE QEQMISCKFN MTGLKRDKTK E YNETWYSA DLVCEQGNNT GNESRCYMNH CNTSVIQESC DKHYWDAIRF RYCAPPGYAL LRCNDTNYSG FMPKCSKVVV SS CTRMMET QTSTWFGFNG TRAENRTYIY WHGRDNRTII SLNKYYNLTM KCRRPGNKTV LPVTIMSGLV FHSQPINDRP KQA WCWFGG KWKDAIKEVK QTIVKHPRYT GTNNTDKINL TAPGGGDPEV TFMWTNCRGE FLYCKMNWFL NWVEDRNTAN QKPK EQHKR NYVPCHIRQI INTWHKVGKN VYLPPREGDL TCNSTVTSLI ANIDWIDGNQ TNITMSAEVA ELYRLELGDY KLVEI TPIG LAPTDCKRYT TGGTSR |
-分子 #3: PGT145 Heavy
分子 | 名称: PGT145 Heavy / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 26.393357 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGNSFS NHDVHWVRQA TGQGLEWMGW MSHEGDKTGL AQKFQGRVTI TRDSGASTVY MELRGLTAD DTAIYYCLTG SKHRLRDYFL (TYS)NE(TYS)GPNYEE WGDYLATLDV WGHGTAVTVS SASTKGPSVF PLA PSSKST ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGNSFS NHDVHWVRQA TGQGLEWMGW MSHEGDKTGL AQKFQGRVTI TRDSGASTVY MELRGLTAD DTAIYYCLTG SKHRLRDYFL (TYS)NE(TYS)GPNYEE WGDYLATLDV WGHGTAVTVS SASTKGPSVF PLA PSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNT KVDKK VEPKSCD |
-分子 #4: PGT145 Light
分子 | 名称: PGT145 Light / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.95375 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVVITQSPLF LPVTPGEAAS LSCKCSHSLQ HSTGANYLAW YLQRPGQTPR LLIHLATHRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVESDDVG TYYCMQGLHS PWTFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列: EVVITQSPLF LPVTPGEAAS LSCKCSHSLQ HSTGANYLAW YLQRPGQTPR LLIHLATHRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVESDDVG TYYCMQGLHS PWTFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C |
-分子 #15: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #16: alpha-D-mannopyranose
分子 | 名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: MAN |
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分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ChemComp-MAN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.15 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 使用した粒子像数: 61881 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) |