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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27345 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of TRPM3 ion channel in complex with Gbg in the presence of PIP2, tethered by ALFA-nanobody | |||||||||
マップデータ | map sharpened by local B-factor in cryoSPARC v2 | |||||||||
試料 |
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キーワード | TRPM3 / ion channel (イオンチャネル) / Gbg / PIP2 (ホスファチジルイノシトール4,5-ビスリン酸) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / protein tetramerization / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation ...monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / protein tetramerization / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / GTPase binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / シナプス / protein-containing complex binding / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao C / MacKinnon R | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 2023 タイトル: Structural and functional analyses of a GPCR-inhibited ion channel TRPM3. 著者: Chen Zhao / Roderick MacKinnon / 要旨: G-protein coupled receptors (GPCRs) govern the physiological response to stimuli by modulating the activity of downstream effectors, including ion channels. TRPM3 is an ion channel inhibited by GPCRs ...G-protein coupled receptors (GPCRs) govern the physiological response to stimuli by modulating the activity of downstream effectors, including ion channels. TRPM3 is an ion channel inhibited by GPCRs through direct interaction with G protein (Gβγ) released upon their activation. This GPCR-TRPM3 signaling pathway contributes to the analgesic effect of morphine. Here, we characterized Gβγ inhibition of TRPM3 using electrophysiology and single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). From electrophysiology, we obtained a half inhibition constant (IC50) of ∼240 nM. Using cryo-EM, we determined structures of mouse TRPM3 expressed in human cells with and without Gβγ and with and without PIP, a lipid required for TRPM3 activity, at resolutions of 2.7-4.7 Å. Gβγ-TRPM3 interfaces vary depending on PIP occupancy; however, in all cases, Gβγ appears loosely attached to TRPM3. The IC50 in electrophysiology experiments raises the possibility that additional unknown factors may stabilize the TRPM3-Gβγ complex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27345.map.gz | 5.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27345-v30.xml emd-27345.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27345_fsc.xml | 13.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27345.png | 141.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-27345.cif.gz | 7.1 KB | ||
その他 | emd_27345_half_map_1.map.gz emd_27345_half_map_2.map.gz | 172.3 MB 172.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27345 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27345 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ddxMC 8ddqC 8ddrC 8ddsC 8ddtC 8dduC 8ddvC 8ddwC 8ed7C 8ed8C 8ed9C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27345.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | map sharpened by local B-factor in cryoSPARC v2 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_27345_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_27345_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TRPM3
全体 | 名称: TRPM3 |
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要素 |
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-超分子 #1: TRPM3
超分子 | 名称: TRPM3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 157.681734 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GKKWRDAGEL ERGCSDREDS AESRRRSRSA SRGRFAESWK RLSSKQGSTK RSGLPAQQTP AQKSWIERAF YKRECVHIIP STKDPHRCC CGRLIGQHVG LTPSISVLQN EKNESRLSRN DIQSEKWSIS KHTQLSPTDA FGTIEFQGGG HSNKAMYVRV S FDTKPDLL ...文字列: GKKWRDAGEL ERGCSDREDS AESRRRSRSA SRGRFAESWK RLSSKQGSTK RSGLPAQQTP AQKSWIERAF YKRECVHIIP STKDPHRCC CGRLIGQHVG LTPSISVLQN EKNESRLSRN DIQSEKWSIS KHTQLSPTDA FGTIEFQGGG HSNKAMYVRV S FDTKPDLL LHLMTKEWQL ELPKLLISVH GGLQNFELQP KLKQVFGKGL IKAAMTTGAW IFTGGVNTGV IRHVGDALKD HA SKSRGKI CTIGIAPWGI VENQEDLIGR DVVRPYQTMS NPMSKLTVLN SMHSHFILAD NGTTGKYGAE VKLRRQLEKH ISL QKINTR IGQGVPVVAL IVEGGPNVIS IVLEYLRDTP PVPVVVCDGS GRASDILAFG HKYSEEGGLI NESLRDQLLV TIQK TFTYT RTQAQHLFII LMECMKKKEL ITVFRMGSEG HQDIDLAILT ALLKGANASA PDQLSLALAW NRVDIARSQI FIYGQ QWPV GSLEQAMLDA LVLDRVDFVK LLIENGVSMH RFLTISRLEE LYNTRHGPSN TLYHLVRDVK KGNLPPDYRI SLIDIG LVI EYLMGGAYRC NYTRKRFRTL YHNLFGPKRP KALKLLGMED DIPLRRGRKT TKKREEEVDI DLDDPEINHF PFPFHEL MV WAVLMKRQKM ALFFWQHGEE AMAKALVACK LCKAMAHEAS ENDMVDDISQ ELNHNSRDFG QLAVELLDQS YKQDEQLA M KLLTYELKNW SNATCLQLAV AAKHRDFIAH TCSQMLLTDM WMGRLRMRKN SGLKVILGIL LPPSILSLEF KNKDDMPYM TQAQEIHLQE KEPEEPEKPT KEKDEEDMEL TAMLGRSNGE SSRKKDEEEV QSRHRLIPVG RKIYEFYNAP IVKFWFYTLA YIGYLMLFN YIVLVKMERW PSTQEWIVIS YIFTLGIEKM REILMSEPGK LLQKVKVWLQ EYWNVTDLIA ILLFSVGMIL R LQDQPFRS DGRVIYCVNI IYWYIRLLDI FGVNKYLGPY VMMIGKMMID MMYFVIIMLV VLMSFGVARQ AILFPNEEPS WK LAKNIFY MPYWMIYGEV FADQIDPPCG QNETREDGKT IQLPPCKTGA WIVPAIMACY LLVANILLVN LLIAVFNNTF FEV KSISNQ VWKFQRYQLI MTFHERPVLP PPLIIFSHMT MIFQHVCCRW RKHESDQDER DYGLKLFITD DELKKVHDFE EQCI EEYFR EKDDRFNSSN DERIRVTSER VENMSMRLEE VNEREHSMKA SLQTVDIRLA QLEDLIGRMA TALERLTGLE RAESN KIRS RTSSDCTDAA YIVRQSSFNS QEGNTFKLQE SIDPAGEETI SPTSPTLMPR MRSHSFYSVN VKDKGGIEKL ESIFKE RSL SLHRATS UniProtKB: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3 |
-分子 #2: Unidentified segment at the N-terminus of TRPM3
分子 | 名称: Unidentified segment at the N-terminus of TRPM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 1.464797 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.41693 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 7.713882 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ASNNTASIAQ ARKLVEQLKM EANIDRIKVS KAAADLMAYC EAHAKEDPLL TPVPASENPF REKKFFSAIL UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #5: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: 3PH |
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分子量 | 理論値: 704.998 Da |
Chemical component information | ChemComp-3PH: |
-分子 #6: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...
分子 | 名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: PIO |
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分子量 | 理論値: 746.566 Da |
Chemical component information | ChemComp-PIO: |
-分子 #7: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...
分子 | 名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: 9Z9 |
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分子量 | 理論値: 544.805 Da |
Chemical component information | ChemComp-9Z9: |
-分子 #8: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.4 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |