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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27190 | ||||||||||||
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タイトル | Subtomogram average of AP-1, Arf1 and Nef complexes on wide(r) membrane tubes centered on beta-Arf1 dimers | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | nef / AP / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / trafficking / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 basolateral protein secretion / perturbation by virus of host immune response / negative regulation of CD4 production / symbiont-mediated suppression of host T-cell mediated immune response / AP-1 adaptor complex / endosome to melanosome transport / positive regulation of natural killer cell degranulation / Lysosome Vesicle Biogenesis / platelet dense granule organization / protein trimerization ...basolateral protein secretion / perturbation by virus of host immune response / negative regulation of CD4 production / symbiont-mediated suppression of host T-cell mediated immune response / AP-1 adaptor complex / endosome to melanosome transport / positive regulation of natural killer cell degranulation / Lysosome Vesicle Biogenesis / platelet dense granule organization / protein trimerization / melanosome assembly / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Golgi to lysosome transport / Golgi to vacuole transport / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / GTP-dependent protein binding / suppression by virus of host autophagy / clathrin adaptor activity / MHC class II antigen presentation / melanosome organization / thioesterase binding / CD4 receptor binding / determination of left/right symmetry / クラスリン / Lysosome Vesicle Biogenesis / clathrin binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / host cell Golgi membrane / kinesin binding / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / protein targeting / MHC class I protein binding / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / TAP binding / regulation of calcium-mediated signaling / クラスリン / vesicle-mediated transport / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / ウイルスのライフサイクル / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class II antigen presentation / detection of bacterium / Neutrophil degranulation / T cell receptor binding / trans-Golgi network membrane / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / kidney development / virion component / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle membrane / ゴルジ体 / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / small GTPase binding / SH3 domain binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / protein transport / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / heart development / ER-Phagosome pathway / ATPase binding / antibacterial humoral response / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / postsynaptic density / エンドソーム / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / ゴルジ体 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hooy RM / Hurley JH | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Self-assembly and structure of a clathrin-independent AP-1:Arf1 tubular membrane coat. 著者: Richard M Hooy / Yuichiro Iwamoto / Dan A Tudorica / Xuefeng Ren / James H Hurley / 要旨: The adaptor protein (AP) complexes not only form the inner layer of clathrin coats but also have clathrin-independent roles in membrane traffic whose mechanisms are unknown. HIV-1 Nef hijacks AP-1 to ...The adaptor protein (AP) complexes not only form the inner layer of clathrin coats but also have clathrin-independent roles in membrane traffic whose mechanisms are unknown. HIV-1 Nef hijacks AP-1 to sequester major histocompatibility complex class I (MHC-I), evading immune detection. We found that AP-1:Arf1:Nef:MHC-I forms a coat on tubulated membranes without clathrin and determined its structure. The coat assembles via Arf1 dimer interfaces. AP-1-positive tubules are enriched in cells upon clathrin knockdown. Nef localizes preferentially to AP-1 tubules in cells, explaining how Nef sequesters MHC-I. Coat contact residues are conserved across Arf isoforms and the Arf-dependent AP complexes AP-1, AP-3, and AP-4. Thus, AP complexes can self-assemble with Arf1 into tubular coats without clathrin or other scaffolding factors. The AP-1:Arf1 coat defines the structural basis of a broader class of tubulovesicular membrane coats as an intermediate in clathrin vesicle formation from internal membranes and as an MHC-I sequestration mechanism in HIV-1 infection. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27190.map.gz | 3.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27190-v30.xml emd-27190.xml | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27190_fsc.xml | 4.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27190.png | 40.5 KB | ||
マスクデータ | emd_27190_msk_1.map | 5.4 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-27190.cif.gz | 5.2 KB | ||
その他 | emd_27190_half_map_1.map.gz emd_27190_half_map_2.map.gz | 4.9 MB 4.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27190 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27190 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8d9sMC 7ux3C 8d4cC 8d4dC 8d4eC 8d4fC 8d4gC 8d9rC 8d9tC 8d9uC 8d9vC 8d9wC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.2 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27190_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27190_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27190_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of AP-1, Arf1, Nef and MHC-I cytosolic tail on a tubulate...
全体 | 名称: Complex of AP-1, Arf1, Nef and MHC-I cytosolic tail on a tubulated lipid bilayer |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of AP-1, Arf1, Nef and MHC-I cytosolic tail on a tubulate...
超分子 | 名称: Complex of AP-1, Arf1, Nef and MHC-I cytosolic tail on a tubulated lipid bilayer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8 詳細: Subtomogram average encompasses multiple beta-Arf1 linked AP-1 dimers |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: AP-1 heterotetramer
超分子 | 名称: AP-1 heterotetramer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5, #7-#8 詳細: All four subunits are co-expressed from the same plasmid. Assembly occurs in situ during expression. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
詳細: HEPES/KOAc concentrated stocks are diluted to their final concentrations then pH'd to 7.2 with KOH prior to use in experiments. | |||||||||||||||
グリッド | モデル: EMS Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 42000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 3.0 e/Å2 詳細: Tilt images were collected in movie-mode. Each movie/tilt consisted of 3-4 frames each |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8d9s: |