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万見
- EMDB-26827: Citrus V-ATPase State 2, Highest-Resolution Class -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26827
タイトルCitrus V-ATPase State 2, Highest-Resolution Class
マップデータCitrus V-ATPase State 2, Highest-Resolution Class
試料
  • 複合体: Citrus V-ATPase
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
キーワードV-ATPase / rotary ATPase / complex / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / 液胞 / vacuolar membrane / ATP metabolic process ...proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / 液胞 / vacuolar membrane / ATP metabolic process / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
ATPase, V1 complex, subunit A / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic ...ATPase, V1 complex, subunit A / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-ATPase proteolipid subunit / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit G / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase subunit e1 / V-type proton ATPase subunit D / Vacuolar proton pump subunit B / V-type proton ATPase subunit / V-type proton ATPase subunit C / V-type proton ATPase subunit c1 / Vacuolar membrane ATPase subunit c / V-type proton ATPase subunit E ...V-type proton ATPase subunit G / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase subunit e1 / V-type proton ATPase subunit D / Vacuolar proton pump subunit B / V-type proton ATPase subunit / V-type proton ATPase subunit C / V-type proton ATPase subunit c1 / Vacuolar membrane ATPase subunit c / V-type proton ATPase subunit E / V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit a
類似検索 - 構成要素
生物種Citrus limon (レモン)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Tan YZ / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structure of V-ATPase from citrus fruit.
著者: Yong Zi Tan / Kristine A Keon / Rana Abdelaziz / Peter Imming / Waltraud Schulze / Karin Schumacher / John L Rubinstein /
要旨: We used the Legionella pneumophila effector SidK to affinity purify the endogenous vacuolar-type ATPases (V-ATPases) from lemon fruit. The preparation was sufficient for cryoelectron microscopy, ...We used the Legionella pneumophila effector SidK to affinity purify the endogenous vacuolar-type ATPases (V-ATPases) from lemon fruit. The preparation was sufficient for cryoelectron microscopy, allowing structure determination of the enzyme in two rotational states. The structure defines the ATP:H ratio of the enzyme, demonstrating that it can establish a maximum ΔpH of ∼3, which is insufficient to maintain the low pH observed in the vacuoles of juice sac cells in lemons and other citrus fruit. Compared with yeast and mammalian enzymes, the membrane region of the plant V-ATPase lacks subunit f and possesses an unusual configuration of transmembrane α helices. Subunit H, which inhibits ATP hydrolysis in the isolated catalytic region of V-ATPase, adopts two different conformations in the intact complex, hinting at a role in modulating activity in the intact enzyme.
履歴
登録2022年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26827.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26827.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Citrus V-ATPase State 2, Highest-Resolution Class
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.617 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-0.46321112 - 5.6956472
平均 (標準偏差)0.12572032 (±0.2900597)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140200
Spacing140140200
セルA: 226.38 Å / B: 226.38 Å / C: 323.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Citrus V-ATPase State 2, Highest-Resolution Class

ファイルemd_26827_additional_1.map
注釈Citrus V-ATPase State 2, Highest-Resolution Class
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Citrus V-ATPase State 2, Highest-Resolution Class

ファイルemd_26827_half_map_1.map
注釈Citrus V-ATPase State 2, Highest-Resolution Class
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Citrus V-ATPase State 2, Highest-Resolution Class

ファイルemd_26827_half_map_2.map
注釈Citrus V-ATPase State 2, Highest-Resolution Class
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Citrus V-ATPase

全体名称: Citrus V-ATPase
要素
  • 複合体: Citrus V-ATPase
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit B2
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit E
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit G
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit F
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit C
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit H
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit a3
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit AP1 fragment
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit c"
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit d2
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit e1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit c
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit AP2 fragment

+
超分子 #1: Citrus V-ATPase

超分子名称: Citrus V-ATPase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)

+
分子 #1: V-type proton ATPase catalytic subunit A

分子名称: V-type proton ATPase catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ATP合成酵素
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 68.755219 KDa
配列文字列: MPSVYGARLT TFEDEEKESE YGYVRKVSGP VVIADGMNGA AMYELVRVGH DNLIGEIIRL EGDSATIQVY EETAGLMVND PVLRTHKPL SVELGPGILG NIFDGIQRPL KTIAIRSGDV YIPRGVSVPA LDKDTLWEFQ PKKIGEGDLL TGGDLYATVF E NSLMQHHV ...文字列:
MPSVYGARLT TFEDEEKESE YGYVRKVSGP VVIADGMNGA AMYELVRVGH DNLIGEIIRL EGDSATIQVY EETAGLMVND PVLRTHKPL SVELGPGILG NIFDGIQRPL KTIAIRSGDV YIPRGVSVPA LDKDTLWEFQ PKKIGEGDLL TGGDLYATVF E NSLMQHHV ALPPDAMGKV TYVAPAGQYS LKDTVLELEF QGVKKSFTML QAWPVRTPRP VSSKLAADTP LLTGQRVLDA LF PSVLGGT CAIPGAFGCG KTVISQALSK YSNSDTVVYV GCGERGNEMA EVLMDFPQLT MTLPDGREES VMKRTTLVAN TSN MPVAAR EASIYTGITI AEYFRDMGYN VSMMADSTSR WAEALREISG RLAEMPADSG YPAYLAARLA SFYERAGKVK CLGG PERTG SVTIVGAVSP PGGDFSDPVT SATLSIVQVF WGLDKKLAQR KHFPSVNWLI SYSKYSTALE SFYEQFDPDF INIRT KARE VLQREDDLNE IVQLVGKDAL AEGDKITLET AKLLREDYLA QNAFTPYDKF CPFYKSVWMM RNIIHFYNLA NQAVEK GAG MDGQKITYTL IKHRLGDLFY RLVSQKFEDP AEGEPALVAK FKKLHEDLTA GFRALEDETR

UniProtKB: V-type proton ATPase catalytic subunit A

+
分子 #2: V-type proton ATPase subunit B2

分子名称: V-type proton ATPase subunit B2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 54.417594 KDa
配列文字列: MGVAQNNVDM EEGTLEVAME YRTVTGVAGP LVILDKVKGP KYYEIVNIRL GDGTMRRGQV LEVDGEKAVV QVFEGTSGID NKFTTVQFT GEVLKTPVSL DMLGRIFNGS GKPIDNGPPI LPEAYLDISG SSINPSERTY PEEMIQTGIS TIDVMNSIAR G QKIPLFSA ...文字列:
MGVAQNNVDM EEGTLEVAME YRTVTGVAGP LVILDKVKGP KYYEIVNIRL GDGTMRRGQV LEVDGEKAVV QVFEGTSGID NKFTTVQFT GEVLKTPVSL DMLGRIFNGS GKPIDNGPPI LPEAYLDISG SSINPSERTY PEEMIQTGIS TIDVMNSIAR G QKIPLFSA AGLPHNEIAA QICRQAGLVK RLEKTDNLLE DGEEDNFAIV FAAMGVNMET AQFFKRDFEE NGSMERVTLF LN LANDPTI ERIITPRIAL TTAEYLAYEC GKHVLVILTD MSSYADALRE VSAAREEVPG RRGYPGYMYT DLAQIYERAG RIE GRKGSI TQIPILTMPN DDITHPTPDL TGYITEGQIY IDRQLQNRQI YPPINVLPSL SRLMKSAIGE GMTRRDHSDV SNQL YANYA IGKDVQAMKA VVGEEALSSE DLLYLEFLDK FERKFVAQGA YDSRNIFQSL DLAWTLLRIF PRELLHRIPG KTLDQ YYSR DAAN

UniProtKB: Vacuolar proton pump subunit B

+
分子 #3: V-type proton ATPase subunit E

分子名称: V-type proton ATPase subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 26.331332 KDa
配列文字列: MNDADVSKQI QQMVRFIRQE AEEKANEISV SAEEEFNIEK LQLVEAEKKK IRQEYERKEK QVEIRKKIEY SMQLNASRIK VLQAQDDLV SNMMEAASKE VLNVSRDHNS YKKLLKGLIV QSLLRLKEPA VLLRCRKDDH HLVESVLESA KEEYAQKLQV H PPEIIVDH ...文字列:
MNDADVSKQI QQMVRFIRQE AEEKANEISV SAEEEFNIEK LQLVEAEKKK IRQEYERKEK QVEIRKKIEY SMQLNASRIK VLQAQDDLV SNMMEAASKE VLNVSRDHNS YKKLLKGLIV QSLLRLKEPA VLLRCRKDDH HLVESVLESA KEEYAQKLQV H PPEIIVDH HIYLPPGPGH HNAHGPSCSG GVVVASRDGK IVCENTLDAR LDVVFRKKLP EIRKQLVSQV AA

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit E

+
分子 #4: V-type proton ATPase subunit G

分子名称: V-type proton ATPase subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 12.354938 KDa
配列文字列:
MASNRGHGGI QQLLAAEQEA QHIVAAARNA KMARLRQAKE EAEREIAEHR AQVEREFQRK LAESSGDSGA NVKRLEQETE VKIHHLNAG AEKIQYDVVQ MLLKHVTTVK N

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit G

+
分子 #5: V-type proton ATPase subunit D

分子名称: V-type proton ATPase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 29.235746 KDa
配列文字列: MAQNQRLTVV PTVTMLGVMK SRLVGATRGH ALLKKKSDAL TVQFRQILKN IVTTKESMGE VMKDSSFALI EAKYVAGENI KHIVLENVQ NASIKVRSRQ ENIAGVKIPK FEYFTDGETK NDLTGLARGG QQVQQCRAAY VKAIELLVEL ASLQTSFLTL D EAIKTTNR ...文字列:
MAQNQRLTVV PTVTMLGVMK SRLVGATRGH ALLKKKSDAL TVQFRQILKN IVTTKESMGE VMKDSSFALI EAKYVAGENI KHIVLENVQ NASIKVRSRQ ENIAGVKIPK FEYFTDGETK NDLTGLARGG QQVQQCRAAY VKAIELLVEL ASLQTSFLTL D EAIKTTNR RVNALENVVK PRLENTITYI KGELDELERE DFFRLKKIQG YKKREIERQL ASSKQFVEEQ FAEKVSLQKG IS IKSAQNL LSAGEKDEDI IF

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit D

+
分子 #6: V-type proton ATPase subunit F

分子名称: V-type proton ATPase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 14.301398 KDa
配列文字列:
MAGRAQIPTK SSALIAMIAD EDTVTGFLLA GVGNVDLRRK TNYLIVDSKT TVKAIEDAFK EFTTKEDIAI VLISQYVANM IRFLVDSYN KPIPAILEIP SKDHPYDPAH DSVLSRVKNL FSAESVASGR R

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit F

+
分子 #7: V-type proton ATPase subunit C

分子名称: V-type proton ATPase subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 42.498875 KDa
配列文字列: MASRYWVVSL PVQNSAASVW NRLQEQISKH SFDTPLYRFN IPNLRVGTLD SLLALSDDLV KSNSFVESVS HKIRRQIEEL ERVSGIESS SLSVDGVPVD TYLTRFVWDE AKYPTMSPLR EIVDGIHTLV AKIEDDLKVR VAEYNNVRSQ LNAINRKQSG S LAVRDLSN ...文字列:
MASRYWVVSL PVQNSAASVW NRLQEQISKH SFDTPLYRFN IPNLRVGTLD SLLALSDDLV KSNSFVESVS HKIRRQIEEL ERVSGIESS SLSVDGVPVD TYLTRFVWDE AKYPTMSPLR EIVDGIHTLV AKIEDDLKVR VAEYNNVRSQ LNAINRKQSG S LAVRDLSN LVKPEDIITS EHLVTLLAVV PKYSQKDWLA SYETLTSYVV PRSSKLLYED NEYALYTVTL FGRVADNFRI AA REKGFQI RDFEYSSEAQ ESRNQELEKL VHDQESLRSS LLQWCYTSYG EVFSSWMHFC AVRVFAESIL RYGLPPSFLA CVL APSVKG EKKVRSILEE LCGNANSTFW KSEDDGGMMA GLGGDADSHP YVSFTINLV

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit C

+
分子 #8: V-type proton ATPase subunit H

分子名称: V-type proton ATPase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 51.609539 KDa
配列文字列: MDHAELTTEQ VLKRDIPWET YMTTKLISGT GLQLLRRYDN RSESHRAQLL DDDGPSYVRV FVSILRDIYK EETVEYVLAL IDEMLTANP KRARLFHDKS LASEDTYEPF LRLLWKGNWF IQEKSCKILA SIVSARPKPQ DRFFANGEAS NSKSKSTTID D VLKLLVEW ...文字列:
MDHAELTTEQ VLKRDIPWET YMTTKLISGT GLQLLRRYDN RSESHRAQLL DDDGPSYVRV FVSILRDIYK EETVEYVLAL IDEMLTANP KRARLFHDKS LASEDTYEPF LRLLWKGNWF IQEKSCKILA SIVSARPKPQ DRFFANGEAS NSKSKSTTID D VLKLLVEW LCAQLKKPSH PSRGVPVAIN CLAALLKEPM VRSSFVQADG VKLLTPLISP ASTQQSIQLL YETCLCVWLL SY YEPAVEY LATTRTLPRL IDVVKSSTKE KVVRVVVLIL RNLLPKGNFA AQMIDLGLPQ VVQSLKAQAW SDEDLLEGLN QLE EGLKDN IKRLSSFDKY KQEVLLGHLD WSPMHKDPLF WRDNITNFEE NDFQILRVLL TILDTSSDPR ALAVACFDLS QFIQ YHPAG RVIVTDLKAK ERVMKLMNHE NTEVTKSALL CIQRLFLGAK YASFLQA

+
分子 #9: V-type proton ATPase subunit a3

分子名称: V-type proton ATPase subunit a3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 92.939797 KDa
配列文字列: MAELQSGGGG GCCPPMDLFR SEPMQLVQII IPIESAHLTV SYLGELGLLQ FKDLNSEKSP FQRTYAAQIK KCAEMARKLR FFKEQMLKA GILSSVKSTT RADNNTDDLE VKLGDLEAEL VEINANGDKL QRAHSELVEY KLVLQKAGEF FSSALTSAAA Q QREMESQQ ...文字列:
MAELQSGGGG GCCPPMDLFR SEPMQLVQII IPIESAHLTV SYLGELGLLQ FKDLNSEKSP FQRTYAAQIK KCAEMARKLR FFKEQMLKA GILSSVKSTT RADNNTDDLE VKLGDLEAEL VEINANGDKL QRAHSELVEY KLVLQKAGEF FSSALTSAAA Q QREMESQQ TGEMTIETPL LTDKEMSADP SKQIKLGFIA GLVPREKSMS FERMLFRATR GNVFLRQAVV DEPVVDPVSG EK MEKNVFV VFYSGERAKN KILKICDAFG ANRYPFNEEF DKQAQAISEV SGRLSELKTT LDAGLLHRGN LLQTIGDQFE QWN LLVKRE KSIYHTLNML SLDVTKKCLV GEGWSPVFAT KQIQDALERA AFDSNSQVGA IFQVLHTKES PPTYFRTNKF TSAF QEIVD AYGVAKYREA NPGVFTIVTF PFLFAVMFGD WGHGICLLLG TLVLIVREKK LASQKLDDIT DMTFGGRYVI LMMAL FSIY TGLIYNEFFS VPFEIFSHSA YACRDLSCSE ATTVGLIKVR DTYPFGVDPV WHGSRSELPF LNSLKMKMSI LLGVAQ MNL GIILSYFNAT FFRIGVNIWC QFIPQIIFLN SLFGYLSLLI ILKWITGSQA DLYHVMIYMF LSPTDELGDN QLFPGQK TA QLVLLLLAFV SVPWMLLPKP FILKMQHQDR HQGQSYEALQ STDESLQPDT NHDSHGHEEF EFSEVFVHQM IHTIEFVL G AVSNTASYLR LWALSLAHSE LSSVFYEKVL LLAWGYNNIL ILIVGIIVFI FATVGVLLVM ETLSAFLHAL RLHWVEFQN KFYEGDGYKF SPFSFALLDD EDE

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit a

+
分子 #10: V-type proton ATPase subunit AP1 fragment

分子名称: V-type proton ATPase subunit AP1 fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 2.74137 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #11: V-type proton ATPase subunit c"

分子名称: V-type proton ATPase subunit c" / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 18.581932 KDa
配列文字列:
MSGSVMLGES SSWSRALVKI SPYTFSAIGI AVAIGVSVLG AAWGIYITGS SLIGAAIKAP RITSKNLISV IFCEAVAIYG VIVAIILQT KLESVPASQI YAPESLRAGY AIFASGIIVG FANLVCGLCV GIIGSSCALS DAQNSSLFVK ILVIEIFGSA L GLFGVIVG IIMSAQASWP AKPV

UniProtKB: Vacuolar membrane ATPase subunit c

+
分子 #12: V-type proton ATPase subunit d2

分子名称: V-type proton ATPase subunit d2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 40.69341 KDa
配列文字列: MYGFEAMTFN IHGGYLEAIV RGYRAGLLTA ADYNNLCQCE TLDDIKMHLS ATEYGPYLQN EPSPLHTTTI VEKCTLKLVD EYKHMLCQA TEPLSTFLEY ITYGHMIDNV VLIVTGTLHE RDVQELLEKC HPLGMFDSIA TLAVAQNMRE LYRLVLVDTP L APYFSECI ...文字列:
MYGFEAMTFN IHGGYLEAIV RGYRAGLLTA ADYNNLCQCE TLDDIKMHLS ATEYGPYLQN EPSPLHTTTI VEKCTLKLVD EYKHMLCQA TEPLSTFLEY ITYGHMIDNV VLIVTGTLHE RDVQELLEKC HPLGMFDSIA TLAVAQNMRE LYRLVLVDTP L APYFSECI TSEDLDDMNI EIMRNTLYKA YLEDFYKFCQ KLGGATAEIM SDLLAFEADR RAVNITINSI GTELTRDDRR KL YSNFGLL YPYGHEELAV CEDIDQVRGV MEKYPPYQSI FSKLSYGESQ MLDKAFYEEE VKRLCLAFEQ QFHYGVFFAY MRL REQEIR NLMWISECVA QNQKSRVHDS VVFIF

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit

+
分子 #13: V-type proton ATPase subunit e1

分子名称: V-type proton ATPase subunit e1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 7.75746 KDa
配列文字列:
MGFLVTTLVF LVIGIIASLC TRICCNRGPS TNLLHLTLVI TATVSCWMMW AIVYLAQMKP LIVPILSEEE

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit e1

+
分子 #14: V-type proton ATPase subunit c

分子名称: V-type proton ATPase subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 16.581588 KDa
配列文字列:
MSTFSGDETA PFFGFLGAAA ALVFSCMGAA YGTAKSGVGV ASMGVMRPEL VMKSIVPVVM AGVLGIYGLI IAVIISTGIN PKAKSYYLF DGYAHLSSGL ACGLAGLSAG MAIGIVGDAG VRANAQQPKL FVGMILILIF AEALALYGLI VGIILSSRAG Q SRAE

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit c1

+
分子 #15: V-type proton ATPase subunit AP2 fragment

分子名称: V-type proton ATPase subunit AP2 fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Citrus limon (レモン)
分子量理論値: 2.060531 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.414211 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.677558 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 31.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 104874
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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