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- EMDB-26434: Structure of RecT protein from Listeria innoccua phage A118 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26434
タイトルStructure of RecT protein from Listeria innoccua phage A118 in complex with 83-mer annealed duplex
マップデータDensity modified map from Phenix-Resolve, including 10-fold NCS averaging.
試料
  • 複合体: RecT protein from Listeria innocua phage A118, complexed with two complementary strands of ssDNA that were added to the protein sequentially矩形関数
    • タンパク質・ペプチド: RecT矩形関数
    • DNA: DNA (49-mer)
    • DNA: DNA (49-mer)
キーワードDNA Recombination / DNA Annealing / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性DNA single-strand annealing protein RecT / RecT family / RecT family / DNA metabolic process / DNA binding / Recombinase [Bacteriophage A118]
機能・相同性情報
生物種Listeria innocua Clip11262 (バクテリア) / Escherichia virus M13 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bell CE / Caldwell BJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1616105 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of a RecT/Redβ family recombinase in complex with a duplex intermediate of DNA annealing.
著者: Brian J Caldwell / Andrew S Norris / Caroline F Karbowski / Alyssa M Wiegand / Vicki H Wysocki / Charles E Bell /
要旨: Some bacteriophage encode a recombinase that catalyzes single-stranded DNA annealing (SSA). These proteins are apparently related to RAD52, the primary human SSA protein. The best studied protein, ...Some bacteriophage encode a recombinase that catalyzes single-stranded DNA annealing (SSA). These proteins are apparently related to RAD52, the primary human SSA protein. The best studied protein, Redβ from bacteriophage λ, binds weakly to ssDNA, not at all to dsDNA, but tightly to a duplex intermediate of annealing formed when two complementary DNA strands are added to the protein sequentially. We used single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine a 3.4 Å structure of a Redβ homolog from a prophage of Listeria innocua in complex with two complementary 83mer oligonucleotides. The structure reveals a helical protein filament bound to a DNA duplex that is highly extended and unwound. Native mass spectrometry confirms that the complex seen by cryo-EM is the predominant species in solution. The protein shares a common core fold with RAD52 and a similar mode of ssDNA-binding. These data provide insights into the mechanism of protein-catalyzed SSA.
履歴
登録2022年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26434.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26434.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density modified map from Phenix-Resolve, including 10-fold NCS averaging.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.899 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.46
最小 - 最大-1.6565504 - 2.563766
平均 (標準偏差)-0.000000000000006 (±0.065611586)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 251.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Un-masked half map

ファイルemd_26434_half_map_1.map
注釈Un-masked half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Un-masked half map

ファイルemd_26434_half_map_2.map
注釈Un-masked half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RecT protein from Listeria innocua phage A118, complexed with two...

全体名称: RecT protein from Listeria innocua phage A118, complexed with two complementary strands of ssDNA that were added to the protein sequentially矩形関数
要素
  • 複合体: RecT protein from Listeria innocua phage A118, complexed with two complementary strands of ssDNA that were added to the protein sequentially矩形関数
    • タンパク質・ペプチド: RecT矩形関数
    • DNA: DNA (49-mer)
    • DNA: DNA (49-mer)

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超分子 #1: RecT protein from Listeria innocua phage A118, complexed with two...

超分子名称: RecT protein from Listeria innocua phage A118, complexed with two complementary strands of ssDNA that were added to the protein sequentially
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The protein was purified by Nickel affinity and anion exchange chromatography. The DNA was chemically synthesized and HPLC purified.
由来(天然)生物種: Listeria innocua Clip11262 (バクテリア)
分子量理論値: 602 KDa

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分子 #1: RecT

分子名称: RecT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria innocua Clip11262 (バクテリア) / 株: ATCC BAA-680 / CLIP 11262
分子量理論値: 30.9391 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: GSHMATNDEL KNQLANKQNG GQVASAQSLD LKGLLEAPTM RKKFEKVLDK KAPQFLTSLL NLYNGDDYLQ KTDPMTVVTS AMVAATLDL PIDKNLGYAW IVPYKGRAQF QLGYKGYIQL ALRTGQYKSI NVIEVREGEL LKWNRLTEEI ELDLDNNTSE K VVGYCGYF ...文字列:
GSHMATNDEL KNQLANKQNG GQVASAQSLD LKGLLEAPTM RKKFEKVLDK KAPQFLTSLL NLYNGDDYLQ KTDPMTVVTS AMVAATLDL PIDKNLGYAW IVPYKGRAQF QLGYKGYIQL ALRTGQYKSI NVIEVREGEL LKWNRLTEEI ELDLDNNTSE K VVGYCGYF QLINGFEKTV YWTRKEIEAH KQKFSKSDFG WKKDYDAMAK KTVLRNMLSK WGILSIDMQT AVTEDEAEPR ER KDVTDDE SIPDIIDAPV TPSDTLEAGS VVQGSMI

UniProtKB: Recombinase [Bacteriophage A118]

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分子 #2: DNA (49-mer)

分子名称: DNA (49-mer) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 15.30217 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)

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分子 #3: DNA (49-mer)

分子名称: DNA (49-mer) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
分子量理論値: 14.86049 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMKH2PO4Potassium phosphate
10.0 mMMgCl2Magnesium chloride
0.075 mMn-dodecyl-beta-maltoside

詳細: The LiRecT protein was mixed at 37C with two oligonucleotides added sequentially, and placed on ice for 90 min. Then immediately prior to vitrification, 1 ul of 1.5 mM n-dodecyl-beta- ...詳細: The LiRecT protein was mixed at 37C with two oligonucleotides added sequentially, and placed on ice for 90 min. Then immediately prior to vitrification, 1 ul of 1.5 mM n-dodecyl-beta-maltoside (Anatrace) was added (0.5 CMC).
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 20 mA with Pelco easiGlow
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 1.5 second blot time. Ted Pella 595 filter paper..
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
特殊光学系球面収差補正装置: Cs corrector was used / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 6000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2038 / 平均露光時間: 2.7 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 / 詳細: 36 fractions, 24.28 e-/A2/s
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
詳細: Tight Mask FSC resolution was 3.4; No mask FSC resolution was 4.3
使用した粒子像数: 390000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Phenix Real Space Refinement included secondary restraints and 10-fold NCS constraints.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7ub2:
Structure of RecT protein from Listeria innoccua phage A118 in complex with 83-mer annealed duplex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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